2019新型冠状病毒刺突蛋白表位预测及变异分析

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摘要 摘要目的预测2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)刺突蛋白的抗原表位,分析刺突蛋白的变异规律。方法从基因库(GenBank)和全球共享禽流感数据倡议组织数据库下载2019-nCoV的基因序列(截至2020年3月4日)。应用ClustalW、MEGA 7.0、免疫表位数据库等生物信息学软件,预测刺突蛋白潜在的B淋巴细胞和T淋巴细胞表位,分析比较刺突蛋白的变异在表位区与非表位区的特点。统计学分析采用χ2检验。结果刺突蛋白有130个潜在表位,包括25个线性B淋巴细胞表位、18个非线性B淋巴细胞表位、71个人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)Ⅰ类限制性T淋巴细胞表位和16个HLA Ⅱ类限制性T淋巴细胞表位。S404-426肽段有较高的抗原性,且在中国的人群覆盖率达73.4%。与1月31日之前的2019-nCoV刺突蛋白相比,其在1月31日之后的变异频率在非表位区(15.4%比21.7%)和表位区(6.2%比8.7%)都有所增加,但差异均无统计学意义(均P>0.05)。结论2019-nCoV刺突蛋白有多个抗原表位,为2019-nCoV疫苗的研究提供了参考依据。刺突蛋白的变异有增加趋势,需进一步关注和研究。
出处 《中华传染病杂志》 2020年11期
出版日期 2020年11月08日(中国期刊网平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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