简介：摘要目的分析2020年青海省风疹流行特点和流行风疹病毒(rubella virus, RV)基因特征，为当地优化和完善风疹防控策略提供科学依据。方法汇总国家法定传染病报告系统中的青海省2020年风疹发病数据，分析其流行病学特征；依托青海省麻疹/风疹实验室网络，采集并鉴定2020年疑似风疹暴发和散发病例咽拭子标本，阳性标本盲传3代后获得RV分离株，提取病毒核酸后扩增并测定E1基因的739个核苷酸片段，用于鉴定2020年青海RV株基因型和亚型，并分析其与我国流行RV的分子差异。结果2020年青海省风疹发病呈现明显回升态势，发病年龄已后移至10~19岁年龄组青少年(占比94.9%)；2020年从青海省4个风疹高发市州共分离到29株RV病毒株，经鉴定所有RV株均属于2B-L2c基因亚型，也是目前我国RV流行的优势基因亚型。此外，病毒学监测数据显示，2020年青海省存在着不同的2B-L2c基因亚型RV传播链，且一起暴发疫情可能由不同的传播链病毒引起。结论2020年青海省流行RV为2B-L2c基因亚型，该病毒的流行导致了青海省2020年风疹疫情的回升以及部分市州的暴发流行。

简介：摘要目的了解青海省流行风疹病毒(Rubella virus，RV)基因型及基因特征。方法2010年和2019年分别采集2个市州疑似风疹病例的咽拭子标本，经核酸检测和病毒分离后，扩增并测定阳性病毒分离株基因分型靶基因序列，即E1基因的739个核苷酸片段，然后与世界卫生组织(World Health Organization, WHO)推荐的13个基因型的32株参考株序列进行比对以确定基因型别，同时与我国其他省份流行RV株序列进行基因亲缘性关系分析。结果本研究分离获得4株RV病毒株，经基因亲缘性关系分析显示，这些病毒株分属于1E-Cluster A基因亚型和2B-Cluster C基因亚型，与我国同期其他省份RV流行趋势基本一致。青海省4株病毒株在氨基酸水平高度保守，但也存在地区特异性的突变位点。结论本研究为青海省风疹防控策略的制定提供了一定的实验室数据。

简介：摘要目的了解2016—2018年星状病毒基因型流行情况，为防治星状病毒感染引起的疾病提供实验依据。方法用星状病毒实时荧光PCR试剂盒进行星状病毒阳性核酸的筛查。用星状病毒特异性引物Mn289/270进行RT-PCR扩增，阳性产物回收纯化并直接测序，用Clustal和MEGA3.0生物软件对星状病毒序列进行序列比对和系统进化分析。结果496例儿童腹泻中病毒性腹泻136例，占17.4%，其中17例检测到星状病毒，占3.4%；男性多于女性；年龄分布均是5岁以下儿童，而且小于1岁的儿童12例，占70.58%(12/17)；在地区分布上，西宁市占64.70%(11/17)、湟中县占29.41%(5/17)、黄南州占5.88%(1/17)。从标本收集的时间分布来看，阳性病例主要集中在4~6月份，到10~12月又有一个小高峰。7个核酸片段经过测序，6个为基因型1型、1个为基因型2型，在基因1型中4个核酸片段间的同源性为99.0%~100%，与同一型别的其他2个核酸片段的同源性为在88.4-95.7%之间。结论青海省2016—2018年引起婴幼儿腹泻的星状病毒以HAstV-1型为主，同时还存在HAstV-2基因型。

简介：摘要目的对2018年青海省一例流感样病例中分离得到的柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5, CV-B5)分离株QH/CVB5/2018进行全基因组测序及遗传特性分析。方法采用二代高通量测序对QH/CVB5/2 018分离株进行全基因组序列测定，利用SPAdes、DNAStar 7.1、MEGA 6.0、Simplot 3.5.1以及RDP4软件对病毒进行全基因组序列拼接以及遗传进化、基因重组和氨基酸突变分析。结果QH/CVB5/2018全基因组核苷酸序列长度为7 369 bp，编码含2 185个氨基酸残基的多聚蛋白。基于基因组的序列同源性和系统进化分析，显示QH/CVB5/2018与417/JS/CHN/2013同源性最高，核苷酸序列一致性为96.9%(氨基酸序列同源性为99.5%)；基于VP1序列的系统进化分析显示QH/CVB5/2018处于CVB5-C基因型；重组分析显示QH/CVB5/2018可能为CHN_SH/CVB5/2008和CHN_YN-CVB3/2009的重组株，重组发生在6 114～7 199 bp；氨基酸突变位点分析显示，相比于其他CVB5毒株，139S、864S、1086R、1693C、1814D和1819N为QH/CVB5/2018特异突变位点。结论QH/CVB5/2018分离株属于柯萨奇病毒B组5型的C组基因型，可能为重组株。