简介：动态贝叶斯网络（dynamicbayesiannetwork,DBN）是一种基于时序表达数据构建基因调控网络的重要方法。然而目前的DBN方法因计算时间太长,结构不稳定,准确度低,对有效性有很大影响。根据动态贝叶斯网络的度量可分解性质,将动态贝叶斯网络分为初始网络与转移网络分别进行结构寻优,在寻优时将基于静态贝叶斯网络的最大权重生成树算法与贪婪搜索算法相结合,移植入动态贝叶斯网络中,建立基因调控网络模型。提出了一种从时序数据中构建基因调控网络的方法,克服了贝叶斯网络不能描述循环调控的缺陷,也从规模上简化了网络构建问题。通过与相关实验文献的对照,验证了提出方法的有效性,网络学习时间明显缩短,网络结构更加稳定。

简介：研制人线粒体DNA（mitochondrialDNA,mtDNA）表达谱芯片,鉴定芯片的特异性和稳定性,完善芯片的制备和使用程序,优化实验参数,为线粒体功能研究提供物质基础及技术保障。以人mtDNA剑桥序列为标准,设计mtDNA编码的13种mRNA、2种rRNA和9种tRNA基因及蛋白产物定位于线粒体的核DNA（nDNA）编码的5种凋亡相关基因寡核苷酸探针。芯片点样仪点制芯片,进行荧光显示和洗脱,用其检测人宫颈癌上皮Hela细胞和人肾小管上皮Hc1细胞cDNA文库mtDNA编码基因及nDNA编码凋亡相关基因的差异表达情况。所点制的芯片扫描结果显示,样点分布均匀、清晰,规整度好,无漏点、连点。cDNA文库杂交鉴定结果显示,整张芯片荧光信号均匀一致,背景清晰,各基因重复样点杂交结果一致,各质控点能正常显示。成功制备了人mtDNA基因表达谱芯片,完善了该芯片的制备和使用程序,通过初步应用,证明所研制的人mtDNA基因表达谱芯片具有特异性高、稳定性好等优点,可用于不同组织或细胞样本cDNA文库mtDNA基因的差异表达分析。

简介：据2012年7月31日GovanJM（AngewChemIntEdEngl,2012Jul31.doi：10.1002/anie.2012.3222.）报道,美国北卡罗来纳州立大学的研究人员利用细胞内自然产生的过氧化氢开发出一种开启基因表达的方法。该方法也可用作一种高度敏感的过氧化氢检测器，从而可能有助于科学家们确定这种分子在细胞健康和疾病中所发挥的作用。在功能正常的细胞中，过氧化氢作为一种信使发挥作用：它携带信号进入细胞以便让细胞对外部刺激或事件作出反应。一旦信息传递完毕。过氧化氢就扩散开来并消失掉。过氧化氢通过氧化或修饰蛋白中的某些氨基酸从而影响蛋白的功能。研究人员研究目的是是否能够利用过氧化氢的氧化能力来控制基因表达．为此他们利用一种让萤火虫发光的基因作为测试对象，设计出一种分子：它对过氧化氢比较敏感，而且能够让活的哺乳动物细胞中的萤火虫荧光素酶基因表达。当过氧化氢存在时．荧光素酶基因表达．从而导致细胞发光。

简介：Nkx2.5,Mef2c,Gata4/5/6,Tbx5和Hand1等基因作为脊椎动物心脏发育相关基因调控网络的核心基因,对脊椎动物的心脏发育起核心调控作用。本研究主要通过对小鼠心脏发育相关核心基因的生物信息学分析,研究Nkx2.5,Mef2c,Gata4,Gata6,Tbx5和Hand1等核心转录因子之间的相互调控关系,得到小鼠心脏发育的核心基因调控网络（GRNs）。与文献中总结的小鼠的GRNs作比较,发现Nkx2.5在小鼠心脏发育基因调控网络中的核心地位没有改变,并且Nkx2.5在网络中主要扮演了调控者的角色,它直接调控很多转录因子。Gata4是另一个主要起调控者作用的转录因子。另外小鼠的Mef2c和Hand1处于被多个转录因子调控的地位。变化比较大的是Tbx5所涉及的调控网络,主要有两点：Nkx2.5对Tbx5的表达有没有调控作用以及Tbx5对自身的表达有没有调控作用。研究表明生物信息学分析对具体实验研究有一定方向性指导意义。

简介：探索烟酒成瘾者的差异表达基因及成瘾机理。基于烟酒成瘾者的基因表达数据,利用方差分析方法分别提取吸烟成瘾与饮酒成瘾样本中的差异表达基因,根据其对应的生物过程对成瘾机理展开研究。吸烟成瘾的特征基因数量为197,饮酒成瘾的特征基因数量为77,七条基因在吸烟和饮酒特征基因中均有出现。TMEM53基因和TLN2基因的表达量对吸烟与饮酒均成明显的负相关;IGFBP7、FN1、HNRNPA2B1、FLJ59422、SYNJ1基因对吸烟与饮酒均成明显的正相关。其中TLN2、FN1、IGFBP7、HNRNPA2B1均与癌症存在密切的相关性,故烟酒成瘾可能对癌症的发病和治疗产生影响。

简介：分析慢性移植肾肾病(CAN)患者与移植物功能稳定肾移植受者外周血基因表达差异,探索CAN免疫致病机制。从GEO数据库获取GSE12187和GSE22229两个肾移植受者外周血的基因芯片表达谱数据集,选取其中13个CAN样本为实验组,15个移植物功能稳定的样本为对照组。以SAM筛选两组样本的差异表达基因。应用DAVID及GENECODIS网络工具对差异基因进行功能富集分析。通过Cytoscape软件的MiMI插件进行差异基因的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析。SAM筛选出上调基因168个,下调基因141个。基因富集结果显示,上调基因主要为调控转录和翻译过程的基因,而下调基因参与广泛信号传导通路以及基因表达的调控。Cytoscape软件的PPI分析筛选出19个CAN相关核心基因。CAN患者与移植肾功能稳定受者的免疫功能状态存在显著差异;CAN致病机制涉及免疫细胞复杂的基因表达调控及细胞增值、凋亡、迁移等广泛的信号传导通路变化;免疫细胞在基因的转录、RNA加工、翻译及蛋白质代谢等环节的改变可能在CAN的致病中发挥了关键作用;TAGAP、EIF3F、NUDT21、PAPOLA、RPL等CAN核心基因的免疫调控机制需要深入探索。

简介：目的观察羊体外循环模型中肺损伤的存在，探讨体外循环下肺损伤与水通道蛋白1（AQP-1）基因表达之间的关系。方法健康成年羊16只，雌雄不拘，体质量15-30kg，羊龄8个月。分为脂多糖组和对照组，每组8只。通过建立浅低温体外循环模型，停跳90min，复跳6h，分别比较其血流动力学的指标变化及普通病理组织和超微病理组织的各自特点，测定AQP-1mRNA表达。结果利用体外循环前指标作为自身对照，进行单因素方差分析和Q检验。体外循环缺血再灌注之后，血流动力学较平稳[中心静脉压在体外循环前、心脏复跳前、再灌注至平稳时分别为（5.86±1.12）kPa、（6.52±1.33）kPa、（6.36±1.04）kPa]，肺干质量/肺湿质量比值（体外循环前、心脏复跳前、复跳后1h、复跳后3h、复跳后6h分别为0.232±0.025、0.224±0.021、0.187±0.022、0.153±0.018、0.134±0.023）与体外循环时间呈反相关（P〈0.001），血浆总渗透压与体外循环时间呈正相关（P〈0.01）。病理组织证实，复跳之后3-6h可以见到明显的肺间质水肿及血管内皮细胞损伤。肺内AQP-1mRNA表达与体外循环时间呈反相关（体外循环前、心脏复跳前、复跳后1h、复跳后3h、复跳后6h分别为100.0、98.1±24.4、80.2±20.3、78.1±17.7、55.3±16.4），在复跳后3h与6h分别降至术前水平的77.8%和54.6%（P〈0.01）。结论体外循环造成的肺损伤在心脏复跳后3-6h内表现严重，同时AQP-1的表达下降，存在肺血管内皮损伤。

简介：比较分析本课题组原创的急性、亚急性创伤性深静脉血栓形成大鼠模型中炎症相关基因的表达变化,探讨炎症在创伤性深静脉血栓形成中的意义。分别将急性、亚急性血栓形成模型各150只大鼠,随机分为正常组和模型组。急性血栓模型组采用直接钳夹股静脉＋双后肢石膏固定,亚急性组采用定量击打双侧大腿＋双后肢石膏固定的方式造模。根据深静脉血栓形成过程中不同的生物学状态,将实验动物分为正常对照、创伤即刻、血栓形成初始期、血栓形成高峰期、血栓消退、血栓不消退和血栓不形成7组。采用GenechipRatGenome4302.0芯片,动态测定股静脉RNA表达情况,运用基因芯片数据分析方法（倍数变化分析）,筛选出差异性表达基因。重点分析和比较2种模型中炎症相关基因的表达变化。结果表明：两种模型中共有28个（急性模型中23个,亚急性模型中24个;其中2种模型中均出现差异性的基因19个;仅出现于一种模型中的8个）炎症相关基因呈现差异性表达,但两组的基因表达水平具有统计学差异（Z=-2.513,P=0.012〈0.05）。说明炎症相关基因的变化与创伤性深静脉血栓形成密切相关,它可能通过影响内皮细胞的功能参与血栓形成。

简介：目的探索急性脊髓损伤后大鼠脊髓组织中c-Jun氨基末端激酶（c-Junamino-terminalkinase,JNK)基因表达与神经功能修复状态的关联。方法取健康成年雄性大鼠50只，随机选取，假手术对照组18只，实验组32只。损伤后1、12、24、72h行PCR检测，比较大鼠脊髓组织中JNK(JNK1、JNK2、JNK3)表达水平变化；损伤后12、72h选取L4/5节段脊髓行HE染色、，比较脊髓损伤大鼠脊髓组织细胞凋亡情况、神经功能变化状态(NSSh结果PCR结果显示，髓损伤大鼠脊髓组织中JNK1、JNK2、JNK3的表达，在损伤后1、12、24、72h除JNK3在相应时点表达水平与假手术组比较水平下降外，其他两项表达与假手术对照组无明显差别。L4/5脊髓HE染色结果提示，与假手术组比较，损伤后12h损伤的脊髓皮质周边EHE染色阳性细胞显著增多。随着时间推移，染色阳性细胞出现明显减少的趋势，损伤后12h的染色阳性细胞明显少于72纪损伤组NSS评分则明显更高，但脊髓损伤组损伤后不同时点比较，NSS评分渐减。结论脊髓损伤后出现JNK3表达下调的情况，可能与神经细胞凋亡以及促进损伤后神经功能的恢复有关联。

简介：目的探讨急性髓系白血病（AML）患者MDR1和Nrf2基因表达水平及其临床意义。方法选择2011年10月至2014年1月南方医科大学南方医院血液科110例初治AML患者,其中男性66例,女性44例;年龄14~77岁,中位年龄36岁。通过实时荧光定量聚合酶链反应（PCR）方法联合检测患者MDR1和Nrf2基因的表达水平,分析其表达水平与疾病特征及临床疗效之间的关系。结果以110例初治AML患者MDR1和Nrf2基因表达量的中位数为分界点,将患者分别分为MDR1基因低表达组和MDR1基因高表达组及Nrf2基因低表达组和Nrf2基因高表达组各55例,而初治AML患者MDR1和Nrf2基因表达水平在不同分层的年龄、性别、法国（France）、美国（American）和英国（Britain）（FAB）分型、外周血象、骨髓原始细胞比例、遗传学危险度分层、免疫分型CD34表达间差异无统计学意义（P〉0.05）。MDR1基因低表达组完全缓解（CR）率和总生存（OS）率均显著高于MDR1基因高表达组（P=0.032、0.045）,而Nrf2基因低表达组和Nrf2基因高表达组CR率和OS率差异无统计学意义（P〉0.05）。在MDR1基因低表达组患者中Nrf2基因表达水平高、低两组患者CR率及OS率差异均无统计学意义（P〉0.05）。但在MDR1基因高表达组患者中Nrf2基因高表达组患者CR率和OS率皆优于Nrf2基因低表达组患者（P=0.007和P=0.001）。结论MDR1基因是AML预后差的指标之一,Nrf2基因不同表达水平患者的危险度分层、疗效、预后差异均无统计学意义;但在MDR1基因高表达组患者中Nrf2基因高表达可能是预后好的指标。

简介：目的探讨初治急性髓系白血病（AML）成年患者I-mfa基因表达水平及其与疾病发展、预后的临床意义。方法选择110例AML患者,其中男性66例,女性44例;年龄14-77岁,中位年龄32岁。通过实时荧光定量聚合酶链反应（realtimePCR）方法检测初治AML成年患者骨髓标本I-mfa基因的表达水平,分析其与疾病特征、临床疗效间的关系。结果以110例初治AML成年患者I-mfa基因表达量的中位数为分界点,将患者分为I-mfa基因低表达组66例和高表达组44例。在初治AML成年患者中,I-mfa基因表达水平在年龄、性别、FAB分型、外周血象、原始细胞比例、遗传学危险度分层及CD34表达间差异无统计学意义（P〉0.05）。I-mfa基因低表达组完全缓解（CR）率高于高表达组,差异有统计学意义（81.8%vs59.1%,P=0.032）。I-mfa基因低表达组中位生存时间622d（17-1787d）,而高表达组患者中位生存时间418d（14-1806d）,差异有统计学意义（P=0.021）。结论I-mfa基因低表达组初治AML成年患者CR率显著高于高表达组,其中位生存时间亦较高表达组长,提示I-mfa基因高表达AML成年患者可能预后较差,值得进一步研究。

简介：目的目前基因治疗方面存在的重要问题是缺乏有效的基因转运体系可以足量、安全地将治疗基因(无论病毒载体或非病毒载体)运送至体内靶细胞并提高其转染效率,以得到基因的高效表达。心血管内基因治疗的特殊性还在于很难把基因专一递送至血管组织的病灶处而不进入血液循环系统。实验研究提出了一种携带质粒DNA的烷基化壳聚糖纳米粒的血管内支架,可以有效地将质粒DNA递送至血管壁靶细胞并达到了高效转染的效果。

简介：据SchmollerKM2015年10月8日[Nature,2015,526（7572）：268-272.]报道,美国斯坦福大学的研究人员在出芽酵母中发现在细胞分裂之前,周期蛋白Cln3的合成速率随细胞尺寸变化,而转录抑制因子Whi5的浓度会随细胞生长而得到稀释,通过这种机制实现了细胞尺寸对增殖的调控。细胞的大小是影响细胞内所有生物合成过程的基础,它决定了细胞器的尺寸还影响着细胞的物质运输。虽然大量研究已经发现了许多影响细胞大小的基因,但细胞尺寸调控之下隐藏的分子机制仍然没有得到完全揭示。

简介：据2012年6月6日KitzmanJO[SciTranslMed，2012，4（137）：137ra76]报道，用从1例孕妇及12例即将成为父亲的人身上获取的DNA样本重构了一个人类胎儿的全部基因组序列。

简介：据BerteroA2016年12月1日[Development，2016，143（23）：4405—4418．]报道，英国韦尔科姆基金会桑格研究所和剑桥大学的研究人员构建出一种更加高效的和可控的CRISPR基因组编辑平台——80蹦K0或sOPTiKD。该优化单步骤系统能了解基因如何在体内每个细胞和每个发育步骤中发挥作用。该新方法将有助科学家们开展发育生物学、组织再生和癌症研究。

简介：新加坡基因组研究院科学家最近成功绘制了4000多个基因开关位置图谱,干细胞如何启动或抑制基因表达的谜底有望随着这项发现而解开。

简介：一项在体内表达功能性RNA分子的方法，为简化RNA样品的准备打开了一扇方便之门，也为体外、体内研究RNA结构、相互作用和功能提供了一套有用工具。

简介：据vanderHarstP2012年12月6日（Nature,2012.doi：10.1038/nature11677.）报道,在一项新的研究中,研究人员揭示出红细胞是如何形成的和身体如何调节包裹在红细胞中的血红蛋白数量。研究人员还利用基因组分析技术让可能参与红细胞形成的基因区域数量增加了1倍,随后对果蝇进行研究。研究人员利用全基因组关联研究鉴定出似乎影响红细胞形成和它们的血红蛋白含量的基因区域。

简介：瓣膜血栓形成、血栓栓塞及抗凝有关的出血是机械瓣替换天然心脏瓣膜后最常见和最严重的并发症，也是术后的主要死亡原因。其发生涉及瓣膜本身的血流动力学特性和材料特性、患者罹患的疾病状态，以及个体抗凝强度的控制水平等多个方面。因此，对不同个体、不同类型的人造心脏瓣膜，维持不同的抗凝强度，是预防瓣膜相关并发症的最重要措施。

简介：目的通过功能富集与网络分析方法,对肝癌浸润相关候选基因进行生物信息学分析,旨在从分子水平系统探究肝癌浸润的发病机制,并为后续实验提供一些有意义的信息。方法首先,从与肝癌相关公共数据库Liverome下载与肝癌浸润相关的差异表达基因,共涉及278个相关候选基因。然后,通过ToppFun、STRING、NetworkAnalyzer等生物信息学分析工具,对涉及的278个与肝癌浸润相关候选基因进行系统的分析。最后,通过网络映射分析方法,对与肝癌浸润相关候选基因进行关键基因（HubGene）筛选,并通过iHOP在线软件,以及Pubmed文献检索方法对这些基因进行文献挖掘分析。结果通过对与肝癌浸润相关候选基因进行功能富集分析发现,这些基因主要参与细胞周期与增殖、细胞迁移与黏附、细胞骨架、血管形成等生物过程,而且这些基因共表达于肝癌与肝癌转移上调和下调等基因功能。对相关基因进行通路富集分析发现,这些基因参与调控细胞周期与增殖、能量供给、赖氨酸降解等生物通路,对肝癌浸润的发生、发展发挥调控作用。除此之外,通过网络分析方法,找到PLK1、AURKB、CDC20、CDK4、MCM3等20个处于网络关键节点的基因（HubGene）。之后,通过文献检索方式,对关键基因进行与肝癌浸润相关的功能验证,发现并预测CDC20、CDCA8、NUP37、ZWINT基因与肝癌浸润过程存在关联但作用机制尚未被挖掘。结论利用生物信息学手段,能够有效分析肝癌浸润的相关基因,并可以从分子水平系统探究其发病机制,为临床诊疗及后续实验提供一些有价值的信息。