简介:壳聚糖酶是制备低聚壳聚糖的关键酶。本研究对已报道可培养微生物的壳聚糖酶序列特征进行分析,筛选出海洋宏基因组测序数据中的新假定壳聚糖酶。应用结构模建和分子对接的方法探讨假定壳聚糖酶的催化机制。结果表明:1)已报道的214个已知壳聚糖酶主要分布在GH46(201),GH8(7),GH75(3),GH5(2)和GH3(1)家族。氨基酸长度、分子质量和等电点分别集中于200-400aa,20-40ku和4.0-7.0;2)从海洋宏基因组测序数据中共获得237个假定壳聚糖酶,分布在GH8(13),GH46(27),GH5(85),GH3(100),GH18(3),GH25(2),GH10(1),GH30(1),GH35(2),GH42(1),GH77(1),GH16(1)家族。这些新酶序列与已知壳聚糖酶相似度低,其一级结构关键区域保守,结构域、氨基酸长度、分子质量和等电点与已知壳聚糖酶相似;3)应用I-TASSER对来源于4个不同家族的蛋白序列进行结构模建,发现与已知壳聚糖酶的结构相似,用autodock与壳寡糖进行分子对接,从理论上验证了海洋宏基因组新壳聚糖酶的功能。
简介:乳酸菌胞外多糖具有良好的功能特性。从泡菜中分离乳酸菌,初筛到11株产胞外多糖的乳酸菌。经黏度及EPS产量测定,复筛出1株高产EPS的乳酸菌,其产量为771.97μg/mL。采用CTAB法提取该菌株基因组,测定其16SrRNA序列,在NCBI上进行同源序列比对,建立系统发育树。结果初步确定该菌株为干酪乳杆菌ZJ-4(LactobacilluscaseiZJ-4)。以该菌株基因组为模板,参照干酪乳杆菌BL23(HM162415)的galU序列设计引物。采用Touch-downPCR扩增得到大约900bp的galU序列,经TA克隆、测序,与干酪乳杆菌BL23(HM162415)的galU序列同源率为98%,表明克隆正确。
简介:酒酒球菌是与葡萄酒相关的乳酸菌,具有糖苷酶活性,能够通过水解葡萄衍生的芳香化合物前体以增强葡萄酒香气。采用PCR法从酒酒球菌基因组DNA中克隆得到一个磷酸-β-葡萄糖苷酶基因。序列分析显示:该基因包含一个完整的开放阅读框,全长1443bp,编码480个氨基酸残基。其编码的氨基酸序列与酒酒球菌PSU-1的磷酸-β-葡萄糖苷酶序列同源性在99%以上。生物信息学分析显示,该基因编码的蛋白分子质量为55164.4u;理论等电点为6.14,疏水性较弱;无信号肽,无跨膜区,为可溶性酶,主要存在于细胞质内,属于糖苷酶家族1,bglB超家族。对酒酒球菌bgl-2基因的克隆与分析,为进一步探究β-葡萄糖苷在酒酒球菌细胞内的代谢研究奠定了理论基础。