简介：摘要目的了解杭州地区临床和食品来源德尔卑沙门菌的耐药特征，并进行溯源分析。方法对2015—2020年杭州地区分离的60株德尔卑沙门菌进行药敏分析、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型和全基因组测序，并下载公共数据库基因组进行比较；利用测序数据对菌株进行多位点序列分型(MLST)、核心基因组多位点序列分型(cgMLST)和耐药基因扫描，并构建基于单核苷酸多态性(SNP)位点的系统发育树。结果杭州地区德尔卑沙门菌临床株和食品株对28种药物的耐药率差异均无统计学意义，多重耐药率为76.7%(46/60)；所有菌株均检出氨基糖苷乙酰转移酶基因aac(6′)-Iaa和磷霉素耐药基因fosA7；60株德尔卑沙门菌共分为46种PFGE带型、53种cgMLST(HC2)型别，除1株为ST3220型外，其余均为ST40型；基于439株德尔卑沙门菌(包括60株杭州菌株和379株公共数据库菌株)SNP位点构建的系统发育树显示：部分杭州菌株与东南亚菌株进化距离较近，提示可能存在跨境传播，食品株主要来自猪肉和水产类；其他杭州菌株与北京、广州、湖北、重庆等省市的菌株距离较近，提示可能存在跨省传播，食品株主要来自猪肉、牛肉和鸡肉。结论杭州地区德尔卑沙门菌的流行主要由ST40型引起，其多重耐药现象普遍，推测其临床感染与猪牛肉、鸡肉和水产类的消费密切相关，与东南亚地区和境内其他省市可能存在跨地传播。

简介：摘要目的分析杭州市首例感染新型冠状病毒（2019-nCoV）病例病毒全基因组序列特征。方法采集杭州市首例新型冠状病毒肺炎病例咽拭子和深咳痰液呼吸道标本，对标本进行病毒核酸提取和实时逆转录PCR检测，对病毒进行高通量基因组测序；从美国国立生物技术信息中心GenBank数据库中获取29条（分别来自武汉、深圳、日本、美国、澳大利亚和芬兰）2019-nCoV基因组序列和其他物种来源的30条β冠状病毒基因组进行系统发育分析。对15株武汉地区毒株基因组以突变位点进行分组，鉴定其他地区相同和特异性突变位点。结果获得29 833 bp长度的杭州首例感染2019-nCoV病例病毒的基因组序列，覆盖病毒编码区全长。系统发育分析表明，该病毒与云南蝙蝠中分离到的严重急性呼吸综合征样冠状病毒RaTG13株最为接近，相似性为96.11%；相较其他基因，E基因间相似性最高（99.56%），而编码病毒表面刺突蛋白的S基因间相似性最低（92.87%）。与来自武汉、深圳、日本、美国、澳大利亚和芬兰的29株2019-nCoV基因组序列进行比对，相似性均大于99.9%，但在一些毒株中也发现了一些单位点核苷酸多态性。结论杭州首例感染2019-nCoV病例病毒基因组序列和来自国内外疫情早期病毒基因组高度近源。

简介：摘要目的了解浙江省衢州地区儿童病毒性脑炎埃可病毒(Echovirus, ECHOV)优势血清型与变迁并分析ECHOV VP1基因分子特征。方法采集53例病毒性脑炎患儿脑脊液标本进行病毒分离培养。采用荧光RT-PCR和PCR分别检测脑脊液标本中人肠道病毒(human enterovirus，HEV)包括ECHOV、柯萨奇病毒(coxsackie virus，CV)和新型肠道病毒(enterovirus，EV)，以及流行性乙型脑炎病毒(japanese encephalitis virus, JEV)、腮腺炎病毒(mumps virus, MuV)、西尼罗病毒(west nile virus，WNV)、基孔肯雅病毒(chikungunya virus，CHIKV)、单纯疱疹病毒(herpes simplex virus，HSV)和巨细胞病毒(cytomegalovirus，CMV)。HEV阳性脑脊液标本采用RT-PCR法扩增HEV-B组全长VP1基因序列，测序后用多种生物信息学软件分析ECHOV VP1基因型、基因重组和遗传进化特征。结果RD细胞分离培养出6株毒株，但Hep-2细胞分离培养结果均阴性。11份标本HEV通用荧光RT-PCR结果阳性，但其他病毒检测结果均阴性。11份HEV阳性标本中6份检出ECHOV，与分离培养结果一致，分别为4株ECHO6、1株为ECHO7和1株ECHO30血清型，柯萨奇病毒和EV检测结果均阴性。4株ECHO6病毒属于ECHO6-C2基因亚型，但分为ECHO6-41/46和ECHO6-45/48两个流行克隆，ECHO7和ECHO30分别属于ECHO7-C和ECHO30-C基因型。ECHO6与ECHO30病毒在进化过程中存在VP1基因重组。结论ECHOV是该地区儿童病毒性脑炎主要病原体，且可能存在局部暴发流行。ECHO6与ECHO30病毒VP1基因存在重组可能性，ECHO6有成为ECHOV优势血清型的可能。

简介：摘要目的研究杭州市儿童流感样病例中肠道病毒(enterovirus，EV)病原谱构成及特征。方法收集2019年杭州市1 060份儿童流感样病例咽拭子样本，实时荧光RT-PCR方法对流感病毒和EV进行筛查，采用SPSS16.0软件卡方(χ2)检验对春夏秋冬四季的流感病毒和EV检测阳性率进行比较。EV阳性的标本用PCR方法扩增VP1序列进行血清型分型，并对VP1序列进行BLAST比对和进化关系分析。同时对EV阳性病例的临床诊断进行分类分析。结果1 060份流感样病例中，检出流感病毒283例，阳性率为26.70%；检出EV 75例，阳性率为7.08%；检出流感病毒和EV均阳性3例，阳性率为0.28%。春夏秋冬四季检测阳性率比较发现，流感病毒主要在冬、春季流行；而EV主要在夏季流行。51例肠道病毒VP1序列扩增阳性，BLAST序列分析结果显示分属10个血清型，包括5种EV-A、4种EV-B和1种EV-D。10个血清型分别是CVA2、CVA4、CVA5、CVA6、CVA9、CVA10、ECHO7、ECHO11、ECHO18、EV-D68，阳性构成比分别为16.00%、16.00%、5.33%、12.00%、5.33%、1.33%、1.33%、5.33%、4.00%和1.33%。EV VP1序列遗传进化关系分析显示51株杭州市EV株相比参考株均存在不同程度的变异。EV阳性患儿的临床诊断主要以急性上呼吸道感染为主，有44例占58.67%；其次是急性扁桃体炎14例占18.67%。接下来依次为疱疹性咽峡炎、急性支气管炎、哮喘性支气管炎、肺炎，分别占12.00%、8.00%、1.33%、1.33%。结论引起杭州市儿童流感样病例的EV有10个血清型，CVA2和CVA4为主要流行血清型，且夏季EV阳性率较高。