简介:基于菰黑粉菌全基因组测序结果及其酵母型和菌丝型转录组差异化表达数据库,结合RACE技术克隆获得一个长度为7625bp的基因,其中编码序列为5874bp,无内含子.结构及聚类分析结果表明该基因编码的MAPKKK蛋白激酶,属于Hogl信号途径,与大麦坚黑粉菌中的Ssk2亲缘关系最近.表达分析结果显示:UeSsk2在菌丝诱导形成过程中持续上调表达,而在生长受到抑制的菌丝细胞中其表达无显著变化或受到抑制,表明UeSsk2与菌丝形成具有相关性.同时,经生物传感器进行的蛋白互作检测结果表明,UeSsk2与前期发现的UeMkkl不存在蛋白互作关系,表明该蛋白参与其他MAPK途径来影响菌丝形成及生长.
简介:目的研究结直肠癌细胞炎症模型中基因表达的变化以及所涉及的信号通路。方法利用脂多糖(LPS)刺激SW480细胞1、3、6小时后提取RNA构建测序文库进行转录组测序,对表达有变化的基因归类,并进行京都基因与基因组百科全书(Kyotoencyclopediaofgenesandgenomes,KEGG)分析,对分析结果进行实时荧光定量PCR验证。结果发现LPS刺激SW480细胞1、3、6小时后,3个时间点表达均有显著变化的基因有250个。对这些差异表达的基因进行了KEGG信号通路富集分析发现利用脂多糖刺激构建的炎症模型里,TNF-α激活和NF-κB信号通路活化最显著。利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库进一步对表达持续上调或下调的基因进行分析发现,部分基因在结肠癌标本中的表达趋势与LPS刺激结肠癌细胞引起的表达变化趋势一致。结论在利用脂多糖刺激构建的结肠癌细胞炎症模型中,炎症过程中的基因表达变化可能与结肠癌的发生发展密切相关。
简介:采用PCR技术克隆获得一个编码7个WD-重复序列蛋白的基因UeRak1.UeRak1基因全长1994bp,有1个974bp大小的内含子,开放阅读框1020bp,编码339个氨基酸,UeRak1具有保守的WD40结构域,为Gβ同源蛋白,结构及聚类分析结果表明UeRak1与玉米瘤黑粉菌(Ustilagomaydis)中的Rak1亲缘关系最近.实时荧光定量PCR结果显示UeRak1的表达量在细胞融合生长期急剧升高;当气生菌丝开始生长后表达量开始下降;在菰黑粉菌MT-1和T-1中UeRak1的表达趋势基本没有差别;但是MT-1菌株中UeRak1基因的表达量均不到T-1菌株的一半.表明UeRak1基因与菰黑粉菌细胞融合和菌丝生长具有紧密的联系.