高校科研项目间接成本的形成具有和教育成本的共生交互性、项目间的差异性以及分类分摊等特点。根据相关性与合理性的成本计量原则,本文运用作业成本法和权重比例法的理论与方法,综合运用项目分类与权值的协调控制,根据构成科研间接成本的不同的资源消耗情况,科学地对高校科研项目间接成本进行分类分摊。实证表明,相对于以往研究中用单一模型对科研间接成本进行分摊的方法,模型综合考量了科研项目的差异性及间接成本的复杂性,使得分摊过程以及分摊结果更具合理性和科学性。同时,提出了与模型运用相应的配套建议:完善我国高校科研间接成本核算体系、建立符合科研间接成本分摊的科研成本管理模式、建立支持科研间接成本分摊的项目管理信息系统。