五、国民政府派专使入藏册封致祭，批准摄政，建立驻藏办事处，主持达赖班禅坐床典礼，行使对藏主权
1933年12月7日，十三世达赖喇嘛不幸圆寂。西藏地方按照 历史 定例，于20日电告西藏驻京代表将此讯“呈报中央”。南京政府即行使中央职责，为褒扬达赖“护持正法、卫国安民”的功绩，追赠他“护国弘化普慈圆觉大师”封号，特命派参谋本部次长黄慕松为专使，入藏对十三世达赖喇嘛进行册封致祭。此时，出任摄政的热振活佛亦遵照历史定例，向国民政府呈报西藏政情及自己出任摄政一事，以得到法定认可。“三十日行政院会议议决，即日呈请国民政府以热振呼图克图代摄达赖职权，深信热振呼图克图必能益闳智慧，敷施教化，巩固中央，以副翊教保民之至意。”
1934年8月28日，黄慕松一行抵达拉萨。9月23日，国府专使在布达拉宫正殿代表中央册封达赖，颁发了玉册玉印。10月1日，为达赖灵堂致祭黄慕松进藏的另一使命是与噶厦进一步磋商中央与西藏地方的关系 问题 ，噶厦表示“对外西藏为 中国 领土，中国政府须答应不将西藏改为行省”，“西藏内外大小权力暨法规等，无危害政教者可以依从中央政府之谕。”11月黄慕松回京后，专使行署总参议刘朴忱等仍常川驻藏，设置电台、测候站诊疗所及小学等，进一步 发展 了中央与西藏地方的直接关系。
1934年，在国民政府的精心安排下，九世班禅欣然出任国民政府委员。1935年6月，行政院就班禅返藏经费、卫队及派大员随同入藏事作出决定后，英国提出所谓“抗议”和干涉，派人帮助噶厦出谋划策，多方阻挠班禅返藏。1936年12月，班禅一行受阻于青海玉树。不久，抗日战争爆发，蒋介石指望西方提供援助，只好命令班禅暂缓入藏。次年12月，九世班禅病逝。迁往重庆的蒋介石国民政府发令追赠九世班禅“护国宣化广慧圆觉大师”封号，并派致祭专使于1938年8月在甘孜主持了九世班禅的致祭大典。
1938年12月，在十三世达赖的三名转世灵童寻访完成后，热振摄政依照历史定例向中央呈报提出“三灵儿迎到后举行掣签典礼之际，为昭大信悦遐迩计，中央应当派员参加。”国民政府为行使治藏主权，特派蒙藏委员会委员长吴忠信会同热振呼图克图主持第十四辈达赖喇嘛转世事宜。吴忠信入藏后，西藏地方内部主张认定青海灵童者占压倒多数。在吴忠信坚持下，热振同意由中央大员亲自验看灵童后上报中央审批。1940年2月5日国民政府批准免于抽签，并发布主席令说：“青海灵童拉木登珠，慧性湛深，灵异特著，查系第十三辈达赖喇嘛转世，应即免于抽签，特准继任为第十四辈达赖喇嘛。”随后，经过努力，在热振活佛支持下，又解决了英人挑唆制造的与中央代表参加达赖喇嘛坐床大典的坐位问题。2月22日，中央代表吴忠信在与达赖喇嘛坐位平行的礼仪下，主持了坐床大典。3月8日，噶厦致电国民政府林森主席和蒋委员长，表示“承中央特派代表蒙藏委员会吴委员长亲临，并赐赠礼品，祥瑞十分，感戴无际。至于中日战争，现正由三大寺喇嘛大举祈祷，祝祷中央胜利。”与此同时，民国中央政府于1940年4月1日在拉萨成立蒙藏委员会驻藏办事处，正式办理中央与西藏地方的有关事务。这是国民政府治理西藏的一项重大举措，办事处在藏一直工作到1949年7月，它也是中央继续行使对藏主权的铁证。为褒奖热振活佛努力改善及推进西藏地方与中央政府关系的功绩，国民政府除己于1935年5月册封其为“辅国普化禅师”名号外，又于1940年2月15日由吴忠信代表国民政府主席为热振授勋、戴采玉大绫勋章、赐金印和封册。热振摄政特致函中央政府感戴授勋及派员主持典礼。1941年，当热振辞职达扎呈报继任摄政事宜时，亦是由国民政府行政院审批后“准予备案”方才合法。
1937年九世班禅圆寂后，国民政府行政院专门通过了“征认班禅呼毕勒罕办法”，规定：“一、班禅转世灵童由班禅徒属寻访。二、班禅呼毕勒罕候选人，准由西藏宗教首领就班禅徒属所报灵童负责认定三名。三、呼毕勒罕候选人三名决定后，由西藏政府呈报中央派员在拉萨大昭举行掣签，签定一名为呼毕勒罕。”1944年，班禅堪厅认定官保慈丹为转世灵童后，噶厦也于1947年宣称寻到两名灵童，但对中央派员主持签定灵童一事避而不答。为早日决定灵童人选，蒙藏各地高僧及王公、千户纷纷要求中央出面，援引七世达赖先例，批准青海灵童免于抽签，在青海坐床后再行入藏。国民政府经长期考虑，为粉碎达扎一伙分裂势力的图谋，维护中央威权，代总统李宗仁于1949年6月3日发布训令，准予青海灵童官保慈丹免于抽签，继任为第十世班禅额尔德尼。!并特派蒙藏委员会委员长关吉玉为专使，前往塔尔寺主持坐床大典，宣读总统训令，颁发金印。主持十世班禅坐床大典是民国时期中央政府行使对藏主权完成的最后一件大事。
需要说明的是，在达扎接任摄政以后，西藏地方政权逐步被亲英分裂势力所把持，在英方的怂恿下，西藏和中央的关系又由好转坏，逐步恶化。达扎一伙先是阻挠中央测量队入藏，又于1942年7月将十三世达赖藏事改革中设立的“外交局”正式成立，企图制造“西藏独立”，但没有得逞。国民政府行政院发布训令，指出西藏涉及 政治 问题“必须秉承中央意旨处理”，西藏地方政府擅自成立“外交局”是非法的。正式通知西藏地方当局，如不撤销前议，中央将派军队入藏，不惜以武力解决。在中央坚决维护对藏主权的强硬立场下，达扎一伙不得不用“全藏民众大会”决议形式向国民政府表示：“现仅向中央声辩外交局非新创机关，但中央如仍拒绝接洽，拟让步，另设机关与驻藏办事处往还”，又声明“西藏应与中央保持感情，不应与中央西藏办事处断绝关系。”实际上，驻藏办事处此后照旧与噶厦直接往来，从而挫败了亲英分裂势力的阴谋。
