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  • 简介:摘要目的对呼吸道标本中新型冠状病毒进行二代测序(NGS),获取基因组序列并分析测序影响因素。方法2020年1月,收集广东省新型冠状病毒感染病例的上呼吸道和下呼吸道标本共计8份,运用RNA建库的方法进行测序,获得新型冠状病毒的基因组序列,采用生物信息学软件包(CLC Genomics Workbench 12.0)对基因组序列进行分析比较。结果从8例呼吸道标本中获得5个新型冠状病毒基因组序列,其中2份来自下呼吸道标本。与新冠病毒的核苷酸同源性为97.74%~99.90%。Ct值低的样本,测序深度、覆盖度和相对丰度高。结论标本中新型冠状病毒的Ct值低,测序质量好。

  • 标签: 新型冠状病毒 二代测序 影响因素
  • 简介:摘要目的分析杭州市首例感染新型冠状病毒(2019-nCoV)病例病毒基因组序列特征。方法采集杭州市首例新型冠状病毒肺炎病例咽拭子和深咳痰液呼吸道标本,对标本进行病毒核酸提取和实时逆转录PCR检测,对病毒进行高通量基因组测序;从美国国立生物技术信息中心GenBank数据库中获取29条(分别来自武汉、深圳、日本、美国、澳大利亚和芬兰)2019-nCoV基因组序列和其他物种来源的30条β冠状病毒基因组进行系统发育分析。对15株武汉地区毒株基因组以突变位点进行分组,鉴定其他地区相同和特异性突变位点。结果获得29 833 bp长度的杭州首例感染2019-nCoV病例病毒的基因组序列,覆盖病毒编码区全长。系统发育分析表明,该病毒与云南蝙蝠中分离到的严重急性呼吸综合征样冠状病毒RaTG13株最为接近,相似性为96.11%;相较其他基因,E基因间相似性最高(99.56%),而编码病毒表面刺突蛋白的S基因间相似性最低(92.87%)。与来自武汉、深圳、日本、美国、澳大利亚和芬兰的29株2019-nCoV基因组序列进行比对,相似性均大于99.9%,但在一些毒株中也发现了一些单位点核苷酸多态性。结论杭州首例感染2019-nCoV病例病毒基因组序列和来自国内外疫情早期病毒基因组高度近源。

  • 标签: 基因组 新型冠状病毒 新型冠状病毒肺炎
  • 简介:摘要:磷含量是土壤肥力的重要评价指标。土壤中的磷是通过植物根系主动吸收,使其营养素进到植物体内,从而提供相应的代谢能,促进植物生长。磷的测定对土壤农业、种植业、环境等评价具有指导意义。目前,测定方法有主要有电感耦合等离子发射光谱法(ICP-OES)是以电感耦合等离子矩为激发光源的光谱分析,具有准确度、精密度高,检出限低,仪器稳定性高,测定快速,节省时间,线性范围宽,同时检测多元素等优点,已经广泛应用在环境、土壤、地矿冶金等领域。

  • 标签: 全磷 方法验证报告
  • 简介:摘要目的了解1株人流感H3N2毒株的基因组序列特征、遗传进化及生物学特性。方法对浙江省丽水市分离的1株H3N2流感毒株进行基因组测序,从美国国立生物信息中心(NCBI)和全球倡议分享流感数据库(GISAD)获取其他流感毒株基因组序列,通过BioEdit7.0.9将该毒株8节段基因与其他序列比对,MEGA7.0软件邻接法构建进化树,并全面分析该毒株的进化、致病力和抗原性等特征。结果测序得到该毒株为人流感分离株A/Homo sapien/China/LS340/2019(H3N2)株(LS340),LS340为典型的季节性人流感病毒,血凝素基因属于3C.2a1进化分支,具备人际传播能力,部分位点呈现高传播性和高致病性特征,对金刚烷胺耐药。与当季推荐疫苗株相比,抗原区出现涉及A、B两个表位3个位点突变。结论LS340未出现重组、缺失等较大变异,但与当季推荐疫苗株相比已经发生抗原漂变,应及时更新疫苗,同时加强此类病毒变异监测,防止流感大流行发生。

  • 标签: 流感病毒A型 H3N2亚型 分子特征 遗传进化
  • 简介:为研究人血小板因子4(hPF4)的生物学性能和用于肿瘤生物治疗的可能性,运用反转录聚合酶链反应(RTPCR)从人红白血病细胞系HEL细胞总RNA中扩增出hPF4基因cDNA序列,将其克隆至pUC18载体中.序列分析证实克隆片段与文献报道的hPF4基因cDNA序列完全一致,说明已成功克隆到hPF4基因cDNA.

  • 标签: 人血小板因子4 CDNA克隆 序列测定
  • 简介:摘要目的了解福建省莆田市2015年G基因型腮腺炎病毒(mumps virus,MuV)基因组序列特征。方法选择福建省莆田市2015年分离得到的2株腮腺炎流行株进行研究,命名为MuV15-01和MuV15-23。采用逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction,Rt-PCR)对分离株基因组进行扩增,并对产物进行测序拼接,结合GenBank下载的不同基因型腮腺炎参考株及现有疫苗株序列比对分析分离株基因序列遗传差异及抗原位点变异情况。结果福建省莆田市MuV分离株基因全长15 384个核苷酸,与其它基因型毒株相比,基因组核苷酸差异在3.7%~6.0%之间,其中与A基因型(疫苗株)的遗传差异最大,与N和B基因型的遗传差异最小;在基因组编码7种病毒蛋白核苷酸序列上,SH基因变异最大,M和L基因最为保守;在N基因和HN基因已知抗原相关位点上分别存在7和11个氨基酸位点变异;相比于疫苗株福建分离株在HN基因的464位点上多增加了一个N-糖基化位点。结论现流行于福建省莆田市的G基因型MuV与腮腺炎其他基因型及疫苗株之间在基因上存在较大的差异,提示需要进一步加强腮腺炎流行株与疫苗株之间的遗传差异性监测,为更好的腮腺炎防控提供科学依据。

  • 标签: 腮腺炎病毒 全基因组 氨基酸变异
  • 简介:采用聚合酶链反应从炭疽芽孢杆菌减毒株YB1中扩增其保护性抗原(PA)的编码区基因,将其克隆至pGEM-T载体中,并分步测定序列序列测定表明,该基因长2205bp,编码735个氨基酸残基,与文献报道的标准菌株Sterne株的PA序列只有4个碱基的差异。

  • 标签: 炭疽杆菌 保护性抗原 基因克隆 序列分析
  • 简介:在此,我们报道一个黄龙病菌亚洲种(‘CandidatusLiberibacterasiaticus’)(广西-1菌株)的基因组序列。该菌株基因组由1个环状染色体构成,大小为1,268,237bp,G+C含量为36.5%,包含1,141个开放阅读框,44个tRNA,3个完整的rRNA。

  • 标签: 全基因组序列 中国菌株 亚洲 病菌 黄龙 开放阅读框
  • 简介:目的对我国登革2型病毒1998年广东省南海市流行株GD08/98结构蛋白基因进行序列测定及分析,为追踪其地域来源、基因组结构与致病性的关系及研究开发登革病毒新型疫苗奠定基础.方法根据登革2型国际标准株NGC序列,设计2对重叠引物,RT-PCR扩增,分别克隆到pMD18-T载体,转化受体菌DH5α,挑取阳性克隆进行PCR、酶切鉴定及序列测定.结果此登革病毒株结构蛋白基因序列长度为2325bp,编码775个氨基酸.与其它登革2型病毒株ThNH81/93、NGC、44、TSV01、04及S1进行比较,其核酸序列同源性分别为98%、94%、94%、92%、92%、90%.结论GD08/98病毒株的结构基因序列基本类似于已发表的其它登革2型病毒株.GD08/98株与ThNH81/93株同源性最高,推测其可能来源于泰国.

  • 标签: 南海市 登革病毒 流行株结构 基因序列 结构基因 致病性
  • 简介:目的探讨水分测定仪(直接)法测定鲜牛乳中乳固体新方法与经典测定方法相比的优点。方法本方法是采用水分测定仪直接测定鲜牛乳中乳的固体。结果本法与经典测定方法之间的测定结果没有差异。结论水分测定仪法直接测定结果的精密度和不确定度都要优于国家标准方法。

  • 标签: 全乳固体 水分测定仪 直接测定法 鲜牛乳
  • 简介:摘要:本报告通过对精密度/准确度1-1~3-6标准样品以及实际样品的检测,对《固体废物 金属元素的测定-电感耦合等离子体质谱法》(HJ 766-2015)微波消解电感耦合等离子体质谱法测定固体废物中锰的方法进行验证,其线性关系、检出限、精密度、正确度均符合《固体废物 金属元素的测定-电感耦合等离子体质谱法》(HJ 766-2015)中的要求,说明本实验室具备采用微波消解电感耦合等离子体质谱法测定固体废物中锰的的能力。

  • 标签: 固体废物 ICP-MS 方法验证
  • 简介:目的:研究老年人短周期义齿修复技术的临床运用原则并初步评价其临床疗效。方法:2008年6月至2009年8月从我院口腔门诊就诊患者中选择需要义齿修复的老年人,随机分为短周期序列修复组:年龄65-92岁,平均:74.14±6.93岁,男性7例,女性10例;正常修复组:年龄65-85岁,平均:72±5.15岁,男性:8例,女性:6例。应用微创拔牙、无翻瓣种植、即刻种植即刻修复、附着体义齿修复、即刻临时义齿等技术,完成咬合重建,随访三个月到十个月。结果:短周期修复序列组患者咬合重建时间为:47±30天,正常修复序列组患者修复时间95±25天,两者比较有明显差异(P〈0.05)。短周期序列修复序列组的29枚种植体骨结合良好,目前种植体存留率为100%,行使功能良好。短周期序列修复序列组患者对义齿修复效果均满意。结论:老年人短周期义齿修复的临床效果是可以预期的。可以缩短患者缺牙时间,减少手术创伤和拔牙后的牙槽骨吸收,并在最短的时间内重建患者口内咬合功能,明显改善老年人的生活质量。

  • 标签: 种植牙 即刻负重 序列治疗 老年人 修复 短周期
  • 简介:以从我国湖南长沙和湘西犬小肠中采集的2条泡状带绦虫作为研究对象,用引物JB11及JB12扩增泡状带绦虫的pnad1片段,应用ClustalX1.81程序对序列进行比对,同时利用DNAscar5.0中的Megalign程序进行同源性分析。结果显示来自湖南长沙和湘西的2条泡状带绦虫的pnad1序列均为391bp。研究结果为泡状带绦虫进一步的分类、鉴定和遗传变异研究奠定了基础。

  • 标签: 泡状带绦虫 线粒体DNA nad1基因 序列分析
  • 简介:设计合成两对覆盖PCV2基因组奎长的引物,对PCV2分离株S2、P11、L进行基因测序。将所测序列与GenBank上已公布的PCV2毒株序列进行同泺性比较,并绘制系统发育进化树。结果显示。所测毒株与其它地城的24株PCV2分离株的基因组序列同源性很高。3个分离株之问的奎基因核苷酸同源性在95.4%-99.3%。序列分析表明欧洲分离株和美洲分离株分别构成PCV2的两个夫的分支:欧洲系和美洲系。S2、P11属于欧洲系,L属于美洲系。

  • 标签: 猪圆环病毒 克隆 序列测定与分析
  • 简介:摘要试验中,库仑定硫仪耗电量大,且大量消耗作催化剂用的三氧化钨。本文对化验室现用的库仑定硫仪做了废三氧化钨的回收再利用和采取降低管式炉电力消耗的节能措施,收到很好效果。

  • 标签: 煤的全硫 测定 节能和降耗
  • 简介:摘要近年来,随着火力发电以及锅炉供热等领域的不断发展,二氧化硫在空气中的浓度越来越高,随之产生的大气环境恶化现象也愈发严重。而对煤中测定不确定度的有效探究,能在一定程度上缓解大气环境恶化的现象。所以相关部门加大了对煤中测定不确定度的重视力度,也加大了对煤中测定不确定度的研究力度。那么如何有效的对煤中测定的不确定度进行研究及分析,便是相关人员需要思考及解决的问题。

  • 标签: 煤中全硫测定 不确定度 煤样检测
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  • 简介:十二音体系的建立,对传统的旋律组织法作了彻底的变革,在音乐中奠定了序列主义的基础。但作曲家们并没有满足于“音高”的序列化,为了创造全新的音乐语言,他们的下一个目标是彻底改革传统的“节奏”组织法。

  • 标签: 序列主义 音乐语言 二音 序列化 三十二分音符 布列兹
  • 简介:摘要目的分析天津市1例输入性基孔肯亚病毒(CHIKV)的基因组序列特征与进化,为CHIKV的监测与防控提供科学依据。方法收集2019年11月4日于天津市第二人民医院采集的血清标本200 μl提取核酸,设计叠瓦式引物扩增CHIKV基因组全长,然后利用Illumina Miniseq平台进行高通量测序。结果本研究的CHIKV属于ECSA基因型印度洋分支,与大部分中国分离株一致,相似性为92.72%~99.86%,在国际上与巴基斯坦分离株亲缘关系最近(99.74%)。天津CHIKV在关键位点E1-D284E和E2-I211T处有两处突变,与ECSA基因型一致。此外,天津CHIKV还具备两个关键毒力位点E2-12T和E2-82G,以及nsP3-R524Opal终止子突变。结论天津CHIKV具备较强毒力,且具备在白纹伊蚊中传播的能力,提示应继续加强对CHIKV的监测。

  • 标签: 高通量核苷酸测序 基孔肯亚病毒 毒力
  • 简介:目的研究江苏口岸小家鼠的基因多态性和遗传进化规律,为国境口岸小家鼠的鉴定和溯源提供技术支持。方法通过基因扩增、测序和比对,研究江苏10个口岸小家鼠线粒体基因组成,结合GenBank中小家鼠线粒体基因组信息,对小家鼠进行遗传多态性分析和系统发育研究。结果小家鼠的线粒体基因组序列全长约16300bp,由13种蛋白质编码基因、2种rRNA基因、22种tRNA基因、1个轻链复制起始区和1个控制区等构成。生物信息学分析发现小家鼠线粒体基因多态性丰富,其遗传进化规律与地理位置有一定的联系,不同地区小家鼠之间的分化程度大于同一地区小家鼠之间的分化程度。结论小家鼠的种内差异程度与不同个体所处地理位置有很大联系,我国的小家鼠大致可以长江为界限进行划分。

  • 标签: 线粒体 口岸 小家鼠 地理分布