简介：【摘要】受饮食结构和不良生活习惯等多方面因素的影响，现如今疾病越来越多样化和年轻化，给人们的身体健康乃至生命安全造成了极大的威胁。这就需要加大生物制药研发力度，保证药物生产能够满足人类发展需求。药物研发是指新药研究和开发，涉及了计算机科学、生命科学、医学、药学、化学。药物研究的对象包括药物、受体，直接针对该对象的理想策略。计算机技术能够模拟受体大分子性质，预测配体与受体结构变化产生的新性质，并通过观察受体大分子与小分子在靶点的互相作用，确定药物与受体结合位点，同事还可修饰配体小分子结构，不断完善药物的动力学性质、药效学。

简介：摘要目的通过网络药理学方法及分子对接技术，分析蒙药嘎日迪十三味丸中诃子-珍珠干预脑卒中的药效物质基础、作用靶点及作用通路，为理解其"解毒"机制奠定基础。方法利用中医药整合药理学研究平台(TCMIP)、中药分子作用机制的网络药理学在线分析工具(BATMAN-TCM)预测诃子-珍珠成分靶点，利用GeneCards数据库检索脑卒中相关靶点。将2个平台的重叠靶点导入Metascape软件，进行GO生物过程分析、KEGG通路分析。应用LEDOKE进行关键分子及靶点的分子对接。结果共收集诃子-珍珠活性成分22个，预测得到与脑卒中相关靶点217个。其中1-O-没食子酰基-葡萄糖、铜、鞣花酸、诃子鞣酸、科里拉京等为诃子-珍珠发挥"解毒"作用的关键物质，IL6、TNF、热休克蛋白90 AA1 (HSP90AA1)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、CASP3、孕烷X受体(NR1I2)、维生素K环氧化物还原酶复合体亚单位1(VKORC1)、Na+/K+ATP酶A1亚基(ATP1A1)等靶点为其"解毒"关键靶点。这些靶点显著富集在有机环状化合物的细胞反应、体液水平调节、止血、对类固醇激素的反应、类固醇代谢过程、凝血等生物过程及氮代谢、IL-17信号通路等通路。分子对接从计算机模拟层面上验证了前期预测结果的准确性。结论诃子-珍珠干预脑卒中的过程与清除有害代谢产物、平息体内的炎症反应密切相关，与现代医学对脑卒中的病理过程的研究结论相符，也与蒙医理论对"邪毒"的阐释相符。

简介：计算机技术的发展极大地促进了生命科学研究进程。利用分子对接技术研究受体蛋白和药物相互作用是当前的热点课题。通过分别建立蛋白质和药物分子模型，并对它们的相互作用进行研究，进而为发现并设计出更加理想、安全、有效的药物打下深厚的基础。分子模型建立的问题已经得到很好的解决，但是分子与分子间以什么方式对接、怎样对接等问题尚待深入研究。本文就当前分子对接的研究进展作一综述，着重介绍了分子对接的方法和常用工具的研究情况。

简介：鲍曼不动杆菌已成为最普遍的医院致病菌,且耐药情况严峻.LpxC作为新抗菌药物靶点被大量研究,但鲍曼不动杆菌LpxC晶体尚未解析得到,基于其结构的药物设计等工作无法开展.以铜绿假单胞菌LpxC晶体结构为模板,通过同源模建方法获得鲍曼不动杆菌LpxC结构模型.较好的Ramachandranplot分布和Profile-3D结果验证了模型的合理性.用分子动力学模拟优化鲍曼不动杆菌LpxC模型,修补部分不合理构象.后续分子对接结果显示S构型的苄氧乙酰基羟肟酸类抑制剂比R构型分子能更有效地结合在F191,H237和K238组成的较浅口袋中,这可能是S构型抑制剂活性更高的主要因素,模拟结果与实验数据吻合较好.

简介：摘要凝集素Tachylectin-2是从鲎属日本马蹄蟹（Tachypleustridentatus）血细胞大颗粒中分离出来的，其具有236个氨基酸的蛋白质。Tachylectin-2具有五个结合位点，它能特异性地结合NAG、NDG等结构相似的配体，其单个多肽链中包含五个结合位点的特性，强烈地表明该结构具有与碳水化合物结合的特性，可以与病原体表面特异性识别。通过DiscoveryStudio和modeler等手段对tachylectin-2的三维结构进行预测，并验证其与具某些包含N-乙酰基的多糖的配体具有严格的特异性。基于此进一步探究其生物学活性与药物分子设计。

简介：【摘要】目的：利用网络药理学方法筛选葛根抗阿尔茨海默病（AD）的成分及靶点，初步探讨葛根多成分、多靶点抗AD的物质基础及机制。方法：采用TCMSP数据库（OB≥30、DL≥0.18）筛选葛根活性成分，TCMSP和SwissTargetPrediction数据库预测并分析葛根的关键靶点，DisGenet、GeneCards和PharmGKB数据库获取AD相关靶点，Uniprot数据库查询靶点对应的基因，String数据库联合Cystoscope（3.9.0）软件构建蛋白质相互作用（PPI）网络图，DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析，AutoDockTools和Pymbol软件进行分子对接，验证关键成分与靶点的结合性。结果：从葛根中筛选出4个成分，303个靶点，其中与AD相关靶点257个，显著影响MAPK级联、类固醇代谢、外来刺激等2388条生物过程，涉及钙、MAPK、PI3K-Akt、cAMP等多个信号通路，经分子对接验证PPI网络中葛根抗AD的关键化合物与靶点之间有较好的结合性。结论：利用网络药理学方法初步确定了葛根抗AD的药效成分、作用靶点及其可能调控的信号通路，为进一步研究葛根抗AD的物质基础与机制提供了科学依据。

简介：摘要:目的：利用LMSDF数据库探究阻断RBD-ACE2结合或能特异性识别RBD-ACE2结合物的脂质分子。方法：借助Pymol、Autodock、Ligplot等软件及LMSDF 数据库。结果：筛选出可紧密与RBD-ACE2结合物结合的脂质分子。

简介：摘要目的基于网络药理学方法和分子对接技术，探讨越鞠丸治疗功能性消化不良（functional dyspepsia，FD）的作用机制。方法检索TCMSP筛选出越鞠丸的化学成分及其作用靶点，利用HERB、BATMAN-TCM数据库结合文献对越鞠丸有效成分靶点进行补充。通过GeneCards数据库、OMIM数据库筛选出FD靶点，将二者靶点取交集利用String平台进行蛋白质相互作用分析，构建蛋白相互作用网络。利用Metascape平台进行GO及KEGG通路富集分析，通过Cytoscape 3.7.2软件构建“越鞠丸成分-FD靶点-通路”网络，运用在线作图工具获取越鞠丸与FD及其相关发病机制的交集靶点韦恩图，利用AutoDock软件进行分子对接。结果越鞠丸治疗FD的主要有效成分为槲皮素、汉黄芩素、木犀草素、山柰酚等，主要靶点有AKT1、MAPK1、JUN、RELA、IL6、BCL2、BAX、MAPK8、EGFR、ESR1等，分子对接结果显示靶点与药物活性成分结合能力较好。GO富集分析得到生物学过程2 273个，分子功能152个，细胞组成91个条目。KEGG富集分析结果显示有344条通路与FD相关，主要有PI3K-Akt信号通路、AGE-RAGE通路、IL-17信号通路等。结论越鞠丸可能通过AKT1、MAPK1、JUN、RELA、IL6、BCL2、BAX、MAPK8、EGFR、ESR1等靶点，调控PI3K-Akt信号通路、AGE-RAGE信号通路和IL-17信号通路来达到治疗FD的作用。

简介：摘要：定量构效关系（QSAR）和分子对接是药物分析化学领域中两个重要的研究方法，它们可用于预测和评估药物的活性、理解药物与靶标间的相互作用机制，并为药物设计和优化提供指导。定量构效关系和分子对接方法在药物分析化学中的应用，可以加速药物发现和优化的进程。它们能够提供定量的结构-活性信息和有关药物-靶标相互作用的理论解释，为合理设计和选择具有预期活性的药物分子提供依据。

简介：摘要目的基于网络药理学及分子对接技术研究当归拈痛汤治疗痛风性关节炎的分子机制。方法利用TCMSP筛选当归拈痛汤的有效成分与相应靶点，检索GeneCards、OMIM、PharmGKB及DrugBank数据库得到痛风性关节炎相关靶点，映射取交集得到当归拈痛汤治疗痛风性关节炎的潜在作用靶点。借助Cytoscape软件绘制当归拈痛汤治疗痛风性关节炎的中药复方调控网络及PPI网络，使用David数据库对当归拈痛汤治疗痛风性关节炎的靶点进行GO及KEGG通路富集分析，采用Autodock软件进行分子对接。结果当归拈痛汤治疗痛风性关节炎的有效成分有198个，关键有效成分为槲皮素、山柰酚；关键靶点有46个，其中NFE2L2、HMOX1、PPARA、PTGS2、IL1β、CXCL8为核心靶点；GO功能富集结果显示，关键基因主要介导炎症反应调节、对氧化应激的反应、脂肪酸代谢过程、类固醇代谢过程、对脂多糖的反应、活性氧类代谢过程等生物过程；KEGG通路富集结果显示，当归拈痛汤重点介导IL-17信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路、AGE-RAGE信号通路等发挥治疗痛风性关节炎的作用；分子对接结果显示，当归拈痛汤相关中药的有效成分与痛风性关节炎的作用靶点可高效结合，且结构稳定。结论当归拈痛汤具有多成分-多通路-多靶点的治疗特点，通过对免疫炎症反应和对氧化应激反应的调控作用来治疗痛风性关节炎。

简介：应用ABEEMσπ/MM方法,对乙酰胆碱酯酶抑制剂Tacrine（塔克宁）与组胺转甲基酶进行了分子对接.然后对乙酰胆碱酯酶与4种乙酰胆碱酯酶抑制剂的分子对接进行了研究.在研究中将受体分子固定,配体分子可自由移动,采用半柔性对接方式.通过对4种乙酰胆碱酯酶抑制剂与乙酰胆碱酯酶结合能大小的计算,得到结合能力大小顺序依次为：Donpezil（多奈哌齐）〉Huperzine（石杉碱甲）〉Rivastigmine（利发斯的明）〉Tacrine（塔克宁）.这个顺序与实验中得到的乙酰胆碱酯酶（AChE）抑制活性IC50值大小顺序相一致.为使用该方法进行抑制剂设计提供参考.

简介：我服刑八年，走时儿子12岁，回家时儿子已长成20岁的成人。面对高我一头的青年人，身上已找不到孩提时的稚嫩。这8年来，我们在两个不同的社会环境中生活，犹如两颗在不同轨道上运行的飞行器，如今要实现“对接”。面对这个挑战我心中没底，但我知道这是我回归社会的第一步，我必须走好。

简介：摘要目的基于网络药理学及分子对接技术探讨复元醒脑汤治疗脑梗死的作用机制。方法利用TCMSP、中医药综合数据库（TCMID）、有机小分子生物活性数据库（PubChem）、Uniprot及Swiss Target Prediction数据库对复元醒脑汤的药物活性成分及作用靶点进行筛选，应用GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank和PharmGKB数据库筛选脑梗死疾病靶点，将复元醒脑汤中药物靶基因与脑梗死疾病靶基因相交集，将交集靶点导入Cytoscape 3.8.2软件构建成分-靶点网络，使用STRING数据库及Cytoscape 3.8.2软件构建PPI网络，筛选核心靶点。对复元醒脑汤-脑梗死疾病共同靶点基因进行GO功能富集及KEGG通路富集分析，得出相关信号通路，运用AutoDock与Pymol软件对预测靶标与其对应的成分进行分子对接。结果得到复元醒脑汤治疗脑梗死的有效成分80个，复元醒脑汤-脑梗死共同靶点214个，核心靶点MAPK1、RELA、TP53、JUN、AKT1、HSP90AA1等与脑梗死疾病的关键靶点相互关联，参与调控对药物的反应、对脂多糖的反应、对含氧量的反应等生物过程，细胞组成涉及膜筏、膜微区、神经元胞体等；分子功能主要集中于核受体活性、配体激活转录因子活性、DNA-结合转录因子结合等；并涉及脂质和动脉粥样硬化、化学致癌-受体激活、流体剪切应力和动脉粥样硬化等信号通路；分子对接显示，槲皮素与HSP90AA1（-9.4 kJ/mol）、山柰酚与HSP90AA1（-9.4 kJ/mol）、异鼠李素与HSP90AA1（-9.1 kJ/mol）、槲皮素与JUN（-8.6 kJ/mol）具有较好的结合活性。结论复元醒脑汤通过调控血管内皮功能、促进血液循环、修复及改善神经功能、保护血脑屏障、减少细胞凋亡及调节免疫和炎症反应等机制防治脑梗死。

简介：用分子对接和三维全息原子场作用矢量方法对36个来曲唑类衍生物和34个阿那曲唑类衍生物与芳香化酶的作用模式进行了研究,建立了三维定量构效关系模型,并在分子水平上阐述了其结合机制.运用多元线性回归（MLR）建模,同时采用内部及外部双重验证的办法对所得模型稳定性能进行深入分析和检验.MLR建模的复相关系数（Rcum）、留一法交互校验复相关系数（QCV）和外部样本校验复相关系数（Qext）分别为0.863,0.782,0.796和0.931,0.825和0.641.预测模型具有良好的稳定性和预测能力.采用AutoDock4.2软件对药物与受体之间的结合方式进行了研究.运用这些信息能为进一步设计合成强效芳香化酶抑制剂,或筛选潜在的具有更强抑制活性的天然化合物提供帮助.

简介：摘要目的通过网络药理学和分子对接方法探讨半夏厚朴汤治疗紧张型头痛的有效成分及作用机制。方法通过TCMSP筛选得到半夏厚朴汤有效成分与靶点，运用GeneCards、PharmGKB、TTD、Drugbank和OMIM获取紧张型头痛作用靶点，利用Perl软件得到“半夏厚朴汤-紧张型头痛”交集靶点，上传至STRING数据库绘制蛋白相互作用网络并进行拓扑分析，借助Cytoscape 3.8.0软件构建“半夏厚朴汤-药物成分-靶点-紧张型头痛”可视化网络，利用R 4.1.0语言及相关程序对交集靶点进行GO及KEGG通路富集分析。采用AutoDockTools-1.5.6软件进行分子对接分析。结果半夏厚朴汤与紧张型头痛的交集靶点有33个，拓扑属性分析提示MAPK1、TP53、ESR1、PTGS2、MYC、CYP1A2、CYP3A4、GSTP1等可能是半夏厚朴汤防治紧张型头痛的重要潜在靶点。GO富集分析得到516个细胞生物学过程，62个细胞组分，149个分子功能；KEGG通路富集分析得到G蛋白偶联受体途径、胆碱能突触通路、5-羟色胺能突触通路和TNF信号通路等94条等相关信号通路。结论半夏厚朴汤防治紧张型头痛具有多成分、多靶点、多通路的作用特点，主要通过ESR1、TP53、PGTS2等多靶点，作用于5-HT突触通路、TNF信号通路、胆碱能突触通路、G蛋白偶联受体途径等多种通路发挥作用。

简介：摘要: 通过生信分析、分子对接技术研究黄芪中活性成分改善胰岛素抵抗的作用机制。方法：通过网站、数据库及文献检索获取黄芪的有效成分及胰岛素抵抗疾病靶点，并进行整理与筛选，预测黄芪改善胰岛素抵抗可能的作用靶点并用数据库进行生信分析。从CTD数据库选择5个与胰岛素抵抗相关的重要蛋白受体，确定结合位点后分别与黄芪符合筛选标准的有效成分进行分子对接，根据对接结果虚拟筛选其改善胰岛素抵抗的活性成分。结果：槲皮素、蛇床子素等18个化合物可能是黄芪改善胰岛素抵抗的重要活性成分，涉及对化学，内源性物质的反应等多个生物过程及钙离子、IL17、PI3K/Akt等多个信号通路； INSR、NOS3、PTGS2、TNF、CCL2是胰岛素抵抗的重要蛋白受体。某些黄芪中经筛选的活性成分与重要蛋白受体的结合程度好，多数优于罗格列酮，从分子层面上体现了黄芪改善胰岛素抵抗的潜在研究价值。结论：黄芪改善胰岛素抵抗是通过多成分、多靶点、多生物过程、多通路等多种途径实现的；生信分析、分子对接技术可以成为阐释单味药物作用机制的一种高效的方法，但需要结合一定的动物实验和细胞实验才会增强说服力。

简介：管路对接器由对接主体、双侧密封接头、双向压盘、密封件和压紧螺栓组成，用于不同管径管材的补孔、对接、补漏，从而达到封闭管路内输送介质的目的。工作原理是利用压紧螺栓调节双向压盘的压紧程度，使管路两侧对接密封。调整管路两侧的密封段还可以对接两端不同的管径。用该产品对管线穿孔、泄漏和对接进行处理，简单，方便，易行，尤其是对当前广泛使用的非金属管材的管线处理意义尤为重要，它克服了非金属管线不能正常焊接的困难，同时也避免了处理非金属管线繁索的工艺技术要求和高额的费用，提高了工作效率，达到了增产节约的目的。

简介：目的:设计合成新型2-喹诺酮类Polo样激酶1(Plk1)抑制剂。方法:以Plk1抑制剂ON01910为先导化合物,利用生物电子等排原理设计一系列2-喹诺酮类衍生物,用Autodock软件将该类化合物与Plk1进行分子对接和虚拟筛选,计算结合自由能;以取代的氯(溴)苄为起始原料,先后经巯基乙酸取代、双氧水氧化、与(对甲氧基)苯胺酰化,再经环合、水解制得目标化合物。结果:设计的化合物大多数与Plk1的结合自由能均比ON01910的低,结合强度高、稳定性好;合成了16个2-喹诺酮类衍生物,产物结构经1H-NMR确证。结论:所得化合物中有15个为新化合物,化合物的结构设计科学合理,虚拟筛选结果良好,为后续实体筛选和化合物结构优化提供了理论依据和参考。

简介：摘要目的探讨虎杖干预类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的分子作用机制。方法通过TCMSP筛选虎杖的有效活性成分并预测相关靶点，通过GeneCards数据库预测RA相关靶点，将虎杖药效靶点与RA相关靶点取交集，得到虎杖干预RA的共同靶点，使用Cytoscape 3.7.2构建药物-活性成分-靶点-疾病网络。将获得的共同靶点导入STRING数据库进行蛋白质相互作用分析，经R语言计算筛选出虎杖干预RA的核心靶点。运用DAVID在线数据库及R语言对共同靶点进行GO分子功能富集分析和KEGG通路富集分析。使用AutoDock Vina软件对活性成分和前5位核心靶点进行分子对接。结果筛选获得10个虎杖有效活性成分和对应的203个药效靶点，检索得到4 424个RA相关靶基因，取交集后得到139个虎杖干预RA的共同靶点，蛋白相互作用网络分析提示，v-akt鼠科胸腺瘤病毒癌基因同源物Ⅰ (v-akt murine thymoma viral oncogene homolog 1, AKT1)基因、肿瘤蛋白p53(tumor protein p53, TP53)基因、JUN、MAPK1、人v-rel禽网状内皮细胞过多症病毒癌基因同源物(AV-Rel Reticuloendotheliosis Viral Oncogene Homolog A, RELA)等为核心靶点。GO富集分析得到虎杖干预RA的分子功能共35个，包括ATP结合、锌离子结合、转录因子活性等。KEGG富集分析得到虎杖干预RA的相关信号通路共117条，包括PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、癌症通路等。分子对接显示，有效成分均与基因AKT1、TP53、JUN、MAPK1、RELA对接良好，其中大黄素甲醚双葡萄糖苷与JUN显示出较好的结合能力。结论基于网络药理学和分子对接法分析虎杖可多靶点、多通路干预RA，为其药品研发提供参考。

简介：摘要: 目的 基于网络药理学和分子对接探讨刺五加治疗结直肠癌作用机制 方法 利用Pubchem数据库和Swiss Target Prediction网络平台进行刺五加作用靶点预测；通过 GeneCards、OMIM、DiGseE 数据库获取治疗结直肠癌靶点蛋白，借助 Cytoscape 3.7.2 软件构建“刺五加-主要活性成分-结直肠癌靶点”网络图，并通过Degree值排名前10筛选核心成分；使用 STRING 平台进行蛋白质相互作用分析；采用 DAVID 数据库对刺五加治疗结直肠癌的作用靶点进行基因富集分析和通路富集分析；使用 AutoDock vina 软件对核心成分与关键靶点进行分子对接验证。 结果 刺五加治疗结直肠癌的主要活性成分为硬脂酸、山奈酚等；预测得到“刺五加-结直肠癌”AKT1、GAPDH、ALB、TNF、CTNNB1，5个关键靶点；基因富集分析得到GO功能条目1329个 (P＜0.05)，包括细胞成分184个、生物学过程695个、分子功能450个；KEGG通路富集得到信号通路195条(P＜0.05)；分子对接验证说明靶点与其成分的结合能较强。 结论 初步研究表明刺五加通过多成分、多靶点、多通路的方式调控和治疗结直肠癌，为研究中药刺五加治疗癌症的作用机制提供了科学依据和参考。