简介:摘要目的调查我国实验室开展血液标本微生物细胞游离DNA(mcfDNA)宏基因组高通量测序(mNGS)的检测方法及质量保证情况。方法2020年10月向来自全国的80家实验室发放了mNGS检测血液标本中mcfDNA的调查问卷。问卷内容包括mNGS分析前、分析中、分析后及性能确认开展情况4个部分。(1)分析前:对标本质量的要求,如对标本的采集、储存及运输条件等;(2)分析中:mcfDNA的提取流程、文库的质量要求、测序平台的使用及生物信息学分析软件等;(3)分析后:对mNGS的结果解释标准;(4)性能确认开展情况:对各类病原体的最低检出限。要求各实验室依据实际情况填写调查问卷。对上述调查问卷的回报结果进行统计分析。结果80家实验室包括20家医疗单位和60家独立医学实验室。80.0%(64/80)的mNGS实验室检测血液中的mcfDNA时表示血浆及血清标本均可使用,其余实验室(16/80,20.0%)只采用血浆标本。参与调查的mNGS实验室所用的测序平台包括illumina 49家(61.3%),华大基因16家(20.0%),Ion Torrent 13家(16.3%),纳米孔测序2家(2.5%)。87.5%(70/80)的实验室使用第三方实验室搭建的集成分析工具,其他实验室(12.5%,10/80)使用开源软件自主搭建了分析平台。实验室间对mNGS结果的解释标准不一,其中标准化后病原体特异性序列数、相对丰度、基因组覆盖率及阴性对照中该微生物的检出情况是实验室考虑的主要因素。大部分实验室(76.3%,61/80)做过mcfDNA测序流程的性能确认实验,各实验室自建mNGS检测流程对革兰阳性菌、革兰阴性菌、真菌、寄生虫及其他病原体的最低检出限主要分布在10~100 拷贝/ml,对DNA病毒的检出限主要分布在500~1 000拷贝/ml。结论各实验室之间的检测流程具有很大差异,为了确保检测结果的及时准确,需要各实验室积极优化mNGS检测流程,完善质量保证措施,应用于临床前规范开展性能确认工作。
简介:摘要目的评估基于小波变换的肿瘤全域T1加权像(T1WI)、T2WI与表观扩散系数(ADC)序列的特征参数对于鉴别儿童颅后窝三种常见脑肿瘤的价值。方法回顾性分析2014年1月至2019年2月在南京医科大学附属儿童医院就诊经病理证实的59例髓母细胞瘤、13例室管膜瘤与27例星形细胞瘤患者的术前MRI图像以及年龄、性别、症状等临床资料,进行不同序列间的配准,获得T1WI、T2WI、ADC三个序列感兴趣区的小波特征参数,得到对分类贡献排名前十的特征参数,并利用随机森林分类器进行特征训练和测试。结果对分类器贡献排名前十的小波特征均来自ADC序列,随机森林分类器在训练集中准确度100%,测试集中由排名第一和第三的小波特征构建的模型对三种脑肿瘤鉴别的准确度最优为86.8%,室管膜瘤、髓母细胞瘤和星形细胞瘤三种脑肿瘤的敏感度分别为100%、94.8%、76.9%;特异度分别为97.6%、88.0%、98.8%。结论基于肿瘤全域ADC序列感兴趣区的小波特征能提供更多量化信息,帮助鉴别儿童三种常见颅后窝脑肿瘤,诊断效能最高的是ADC序列的第6及第12个小波特征的组合。