简介:摘要目的探讨人类白细胞抗原(HLA)Ⅰ类(A、B、C)、Ⅱ类(DRB1、DQB1、DPB1)等位基因和单倍体多态性与中国南方汉族急性淋巴细胞白血病(ALL)、急性髓系白血病(AML)以及慢性粒细胞白血病(CML)的相关性。方法收集深圳市血液中心845例中国南方汉族白血病患者(323例ALL、350例AML及172例CML)和745名中国南方汉族健康献血者的外周血样本。应用聚合酶链反应反向序列特异性寡核苷酸探针杂交(PCR-rSSO)及测序分型(PCR-SBT)方法对HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1和-DPB1进行基因分型,鉴定HLA等位基因前4位数。采用Arlequin 3.5软件分析HLA单倍体;从HLA低分辨水平(等位基因前2位数)及高分辨水平(等位基因前4位数)分别统计分析HLA等位基因和单倍体多态性与3种白血病的相关性。结果经Bonferroni校正,ALL组A*02(36.22%比28.26%,χ2=13.41,PC<0.01)及其单倍体A*02-B*46-C*01(15.35%比10.23%,χ2=10.90,PC=0.02)、DRB1*12(15.79%比11.10%,χ2=9.02,PC=0.03)、A*02:03(9.75%比5.32%,χ2=14.25,PC=0.002)及其单倍体A*02:03-B*38:02-C*07:02(3.80%比1.51%,χ2=10.41,PC=0.02)的频率均高于对照组,是ALL易感因素;AML组A*11-B*15-C*08-DRB1*15-DQB1*06-DPB1*02的频率高于对照组(1.34%比0.07%,χ2=12.54,PC=0.003),是AML易感单倍体;CML组A*02(36.63%比28.26%,χ2=9.33,PC=0.02)及其单倍体A*02-B*15-C*04(2.17%比0.29%,χ2=11.74,PC=0.02)、DRB1*03:01-DQB1*02:01-DPB1*02:01(1.86%比0.14%,χ2=13.10,PC=0.01)的频率均高于对照组,是CML易感因素;CML组DRB1*13的频率低于对照组(1.45%比5.25%,χ2=9.29,PC=0.03),是CML拮抗基因。结论在HLA低分辨及高分辨水平发现了白血病易感或拮抗HLA等位基因和单倍体,可为探究中国南方汉族白血病发病机制并制订有效治疗策略提供参考。
简介:摘要目的探讨山东滨州地区汉族造血干细胞(HSC)捐献志愿者中人类白细胞抗原(HLA)-A、-B、-DRB1高分辨等位基因及其单体型的多态性分布特征。方法选择2010年1月至2018年12月,于滨州市中心血站行HLA-A、-B、-DRB1高分辨基因分型的2 620例无亲缘关系健康汉族HSC捐献志愿者为研究对象。HSC捐献志愿者年龄为18~45岁;男性志愿者为1 482例,女性为1 138例。采用PCR-序列特异的寡核苷酸探针杂交(SSOP)法,对HSC捐献志愿者全血基因组DNA标本的HLA-A、-B、-DRB1位点进行高分辨基因分型。采用直接计数法计算HSC捐献者HLA-A、-B、-DRB1的基因频率和基因型频率。采用Arlerquin 3.5统计学软件计算HLA-A、-B、-DRB1等位基因单倍型频率,并对HLA-A、-B、-DRB1的基因分布进行Hardy-Weinberg平衡检验。滨州地区汉族HSC捐献志愿者与文献报道的中国其他地区汉族人群的HLA-A、-B、-DRB1等位基因频率比较,采用χ2检验。本研究遵循的程序符合2013年修订版《世界医学协会赫尔辛基宣言》要求,并且与所有受试者签署《中国造血干细胞捐献者资料库志愿捐献者同意书》。结果①本组2 620例HSC志愿捐献者的HLA-A、-B、-DRB1基因分布的Hardy-Weinberg平衡检验结果显示,各基因位点基因频率的观察值与期望值分别比较,差异均无统计学意义(P>0.05),即本组HSC捐献志愿者HLA-A、-B、-DRB1基因分布,符合Hardy-Weinberg平衡定律。②本组2 620例HSC捐献者DNA标本中,检出的HLA-A、-B、-DRB1等位基因分别为52、89和52种,多态性最高基因组分别为A*02组(11种),B*15组(20种)和DRB1*14组(11种)。2 620例志愿者的血样DNA标本中,检出HLA-A-B-DRB1单倍型为2 604种,其中频率>0.10%的单倍型为133种,频率>1.00%的单倍型为A*30:01-B*13:02-DRB1*07:01(1.77%)和A*02:01-B*13:02-DRB1*07:01(1.13%)。③本组2 620例志愿者的血样DNA标本中,检出等位基因频率>1.00%的HLA-A、-B、-DRB1等位基因共计65个,并且在文献报道的广西、上海、江苏、河南、黑龙江、陕西等地区人群中亦均被检出,但是各地区HLA基因高频基因型(基因频率>5.00%)的分布比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论滨州地区HSC捐献汉族志愿者的HLA-A,-B,-DRB1基因单体型分布具有高度的遗传多态性和地域分布特点。阐明滨州地区HSC捐献汉族志愿者的HLA-A,-B,-DRB1高分辨等位基因及其单体型多态性,有助于寻找HLA相合的HSC捐献者,并且可对进一步进行本地区人群的人类学及免疫遗传学研究提供参考。
简介:摘要目的研究1例类孟买型血型的分子遗传机制。方法用血型血清学方法鉴定该献血者红细胞ABO和Lewis血型抗原表型,用PCR扩增类孟买表型个体的ABO基因第6、7外显子和FUT1基因全编码区,对PCR产物直接测序分析,并对FUT1基因的2处变异位点进行单倍体序列分析。结果血型血清学鉴定先证者为罕见的B型类孟买表型。直接测序发现先证者ABO基因为B.01/O.01.02杂合子;FUT1基因第881~882位和768位存在杂合性碱基缺失,进一步的单倍体分析显示其中1条单倍体存在c.881_882delTT,另1条单倍体存在c.768delC,基因型为FUT1*01N.13/01N.20杂合子,2个等位基因分别导致多肽链p.Phe294Cysfs*40和p.Val257Phefs*23移码变异。结论在献血人群中发现1例罕见的双等位基因复合杂合性碱基缺失导致的类孟买表型,其分子机制为c.881_882delTT和c.768delC所致的α-1,2岩藻糖基转移酶活性减弱。
简介:本研究旨在分析鉴定中国人群HLA—B位点一个新等位基因。应用PCR-序列特异性寡核苷酸探针(PCR—SSOP)技术检测到一个与HLA—B*35:03:01相关的未知基因,应用DNA序列分析技术鉴定并分析该基因与同源性最高的心等位基因的序列差异。结果表明,先证者HLA-B位点有1个等位基因的核苷酸序列与所有已知基因序列均不相同,与同源性最高的HLA-B*35:03:01相比,第3外显子387位碱基由C→G,并导致相应的105位密码子编码的氨基酸由CCC变为CCG,编码的氨基酸没有改变,仍为苯丙氨酸。结论:被测样本含有HLA-B新等位基因,WHOHLA因子命名委员会将其正式命名为HLA-B*35:03:07。
简介:摘要目的分析一例ABO血型重组等位基因的分子特性。方法ABO表型鉴定采用试管法。ABO基因和FUT1基因编码区序列检测采用PCR测序法。利用等位基因特异性引物扩增测序技术鉴别先证者ABO等位基因。先证者及其母亲ABO基因全长序列测定采用二代测序方法。结果先证者红细胞与抗H不凝集,FUT1基因为c.551_552del AG纯合,判定先证者为类孟买型。先证者ABO基因双链测序结果为c.261G/del、467C>T、c.526C>G、c.657C>T、c.703G>A、c.796C>A、c.803G>C、c.930G>A杂合。单链测序结果显示先证者有一个ABO*A1.02等位基因,另一个为ABO*O.01.01和ABO*B.01重组形成的等位基因。二代测序数据显示可能重组的位置在核苷酸c.375-269到c.526之间,家系分析显示先证者重组等位基因遗传自母亲。结论ABO血型等位基因存在重组现象。发现了1例ABO*O.01.01和ABO*B.01重组形成的新等位基因。
简介:目的:对1例血清学血型鉴定困难的患者进行ABO基因分型,分析引起血型鉴定困难的原因及其突变基因。方法:采用微柱凝胶法及全自动血型鉴定系统,对该例患者进行血清学血型鉴定及抗人球蛋白试验和抗体筛查,采用聚合酶链反应(polymerasechainreaction,PCR)扩增结合Sanger测序及PCR产物克隆的方法,分析该患者及其父母ABO基因的增强子、启动子、第1~7外显子区及其侧翼序列,寻找变异位点。结果:该例患者的血清学正定型为ABweak,ABO基因外显子分型结果为A102/B101,其B等位基因增强子CBF/NF-Y微卫星区比正常的4个43bp串联多了一个串联,B等位基因启动子缺少-35~-18的18bp序列。结论:该患者B等位基因调控区内的变异很可能是引起其B抗原弱表达的原因。
简介:摘要目的探讨突变等位基因肿瘤异质性(MATH)与子宫癌肉瘤(UCS)临床病理特征的关系及其对预后的预测意义。方法从癌症基因组图谱(TCGA)项目的公共数据库下载并使用maftools R软件预处理UCS的测序数据及临床资料数据;采用t检验分析MATH值与UCS临床病理特征的关系;Kaplan-Meier法生存分析影响UCS患者总生存时间(OS)的因素,单因素及多因素Cox回归模型分析MATH值对UCS患者预后的预测意义。结果(1)56例UCS患者的MATH值为47.1±15.6。UCS患者的MATH值,年龄≤68岁患者显著高于年龄>68岁者(分别为52.2±15.1、41.9±14.7,P=0.012),TP53基因突变型患者显著高于TP53基因野生型者(分别为48.8±15.1、29.8±10.0,P=0.009),PTEN基因突变型患者显著低于PTEN基因野生型者(分别为35.8±16.6、50.1±14.0,P=0.004);而不同体质指数、手术病理分期、种族以及FBXW7、PIK3CA、PPP2R1A基因突变状态UCS患者的MATH值比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。(2)以56份UCS组织标本的MATH均值(为47.1)作为界值,将MATH值>47.1判定为高MATH,MATH值≤47.1判定为低MATH。单因素分析显示,MATH值、手术病理分期、术后放疗及术后化疗是影响UCS患者OS的危险因素(P<0.05);多因素分析显示,MATH值(HR=0.32,95%CI为0.15~0.68)、手术病理分期(HR=2.23,95%CI为1.07~4.65)、术后放疗(HR=0.37,95%CI为0.17~0.78)是影响UCS患者OS的独立因素(P<0.05)。结论UCS患者的MATH值与患者年龄、PTEN基因及TP53基因突变型有关,且MATH值是UCS患者预后的潜在预测指标。
简介:目的:确认1个人类白细胞抗原(HLA)新等位基因。方法:应用多聚酶链反应-基于测序的分型技术(PCR-SBT)法对中华骨髓库河北地区捐献者进行HLA常规分型并利用序列特异性SSSP引物测序,鉴定HLA新等位基因。结果:发现该标本的HLA-B位点核苷酸序列与所有已知HLA-B位点等位基因核苷酸序列不一致,不能指定为任何等位基因,其中一个等位基因与同源性最高的等位基因B*15:01:01:01的差异是在第2外显子206位的T〉C,其突变导致密码子ATG〉ACG,结果造成B*15:01:01:01氨基酸序列中45位的甲硫氨酸(M)变为苏氨酸(T)。结论:该等位基因为HLA-B位点的1个新等位基因,该基因被世界卫生组织HLA命名委员会命名为HLA-B*15:202。