简介:摘要目的研究肿瘤突变负荷(TMB)与肝细胞癌患者预后的相关性,以及TMB对肝细胞癌基因差异表达和肿瘤组织内浸润性免疫细胞占比的影响。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获取肝细胞癌患者的体细胞变异数据、基因转录表达数据和临床信息。采用R程序语言(3.6.1版本) maftools函数包分析样本的基因突变数据特征。利用VarScan2平台的肝细胞癌患者全外显子测序数据计算每个样本的TMB值,按TMB值大小排序,取中位值将全部样本分为高TMB组和低TMB组。采用Kaplan-Meier法绘制两组患者生存曲线并进行log-rank检验判断肿瘤突变负荷与预后的相关性。采用R语言Limma函数包筛选两组之间的差异表达基因(FDR=0.05并logFC=1),并采用R语言clusterProfiler函数包对差异基因进行基因本体论(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析(筛选标准均为P<0.05)。然后采用CIBERSORT工具对比分析两组之间浸润性免疫细胞的占比差异。结果从TCGA数据库中共获取了364例肝细胞癌患者的体细胞变异数据、基因转录表达数据和临床信息。其中327例(84%)样本存在突变,OBSCN与FLG的突变有协同相关性(P<0.05),而CTNNB1与AXIN1的突变相斥(P<0.05)。共363例患者纳入到TMB单因素生存分析中,按TMB值大小排序,按中位值2.9474将全部样本分为高TMB组(182例)和低TMB组(181例),TMB对肝细胞癌患者的预后没有明显影响(P>0.05)。高TMB组和低TMB组之间共筛选出差异表达基因198个(上调基因28个,下调基因170个)。GO富集分析中发现差异基因主要富集在细胞外基质组织、细胞外结构组织、细胞外基质、含胶原细胞外基质、细胞外基质结构成分等功能。KEGG富集分析中,差异基因在细胞外基质受体相互作用通路和黏着斑通路上高度富集。两组之间浸润性免疫细胞的占比差异分析,CD4+记忆性T细胞在低TMB组中浸润程度更高(P<0.05);单核细胞则是高TMB组中浸润程度更高(P<0.05)。结论TMB和肝细胞癌患者预后没有相关性,TMB对肝细胞癌基因差异表达和肿瘤组织内浸润性免疫细胞占比有明显的影响。
简介:摘要目的探讨影响高肿瘤负荷转移性激素敏感前列腺癌(HVD-mHSPC)患者预后的预测因素。方法分析2015年6月至2018年12月郑州大学附属肿瘤医院泌尿外科收治的97例HVD-mHSPC患者的临床资料。受试者工作特征(ROC)曲线确定中性粒细胞与淋巴细胞比值(NLR)、预后营养指数(PNI)、前列腺特异性抗原(PSA)、血红蛋白(Hb)及碱性磷酸酶(ALP)的最佳临界值,分别为3.0、48.3、507.0、12.3、94.0。单因素及多因素分析患者无进展生存期(PFS)和总生存期(OS)的预后影响因素。单因素分析采用Kaplan-Meier生存分析,多因素分析采用Cox回归。结果患者中位PFS为13个月,中位OS为49个月。单因素分析显示,年龄>70岁、PSA>507 ng/ml、Hb>12.3 g/dl、PNI>48.3、肿瘤分期>T2、PSA低值<0.2 ng/ml及联用化疗是HVD-mHSPC患者FPS的预测因素(χ2=5.334、5.665、10.289、10.522、5.002、57.789、20.217,P<0.05)。Hb>12.3 g/dl、PNI>48.3、PSA低值<0.2 ng/ml及联用化疗是患者OS的预测因素(χ2=7.562、8.436、24.698、7.218,P<0.01)。多因素Cox回归分析显示,肿瘤分期>T2风险比(HR)=1.76,95%置信区间(CI):1.00~3.10,P<0.05、PSA低值<0.2 ng/ml(HR=0.22,95%CI:0.12~0.40,P<0.01)及联用化疗(HR=0.41,95%CI:0.24~0.70,P<0.01)是患者PFS的独立预测因素。PSA低值<0.2 ng/ml是患者OS的独立预测因素(HR=0.26,95%CI:0.12~0.60,P<0.01)。结论肿瘤分期、是否联用化疗及PSA低值可以预测HVD-mHSPC患者的预后,有助于指导临床治疗。
简介:摘要肺癌是全球发病率最高、死亡人数最多的恶性肿瘤,非小细胞肺癌占肺癌发病率80%~85%,内科治疗是非小细胞肺癌综合治疗的重要组成部分。然而,相同类型的非小细胞肺癌患者在接受同种方案治疗时,疗效差异较大。虽然既往研究从肿瘤异质性、分子生物学个体化差异等角度探讨其原因,但目前临床仍缺乏有效的疗效预测标记物。在二代测序广泛应用的背景下,探索新型疗效预测标记物的研究已成为热点。前期多项研究发现,肿瘤突变负荷与非小细胞肺癌免疫治疗疗效呈正相关;近期相关研究发现,其对靶向治疗及化疗的疗效亦有一定的预测价值。现就肿瘤突变负荷对非小细胞肺癌系统性治疗疗效预测的相关研究进行综述,旨在更好地服务于个体化、精准化治疗。