简介:本文提出DNA序列相似度指标,建立DNA序列比对算法。首先,将水生生物DNA样本序列与现有的基因库中的DNA序列逐项比对;其次,在满足特定阈值条件下,确认样本序列的分类。利用Java编程语言来实现算法,通过MonteCarlo模拟和实际应用,验证算法的有效性。理论结果表明:在满足特定阈值条件下,通过计算DNA序列相似度,能够确定数据库中与未知DNA样本序列最相似的序列,判断样本序列的分类。模拟实验、对比研究和应用结果表明:相似度指标算法在有效判别DNA序列的分类,提高DNA序列匹配成功率,降低程序复杂度等方面具有优良特征。
简介:目的获得东方田鼠的特异DNA序列.方法Aβ基因使用PCR,基因克隆,斑点杂交,DNA序列分析,生物信息学技术.结果根据小鼠MHCⅡ外显子2及其两侧序列,合成引物并扩增东方田鼠基因组DNA,将PCR产物回收、测序后,分别设计内引物扩增东方田鼠基因组DNA,其中一对引物可得到特异性扩增带,将得到的DNA片段插入PGEM-Teasy载体,进行序列分析.用这对引物扩增人、昆明小鼠、BALB/c小鼠及C57BL/6J小鼠基因组DNA,均无扩增产物.以东方田鼠特异性扩增产物为探针进行斑点杂交,除东方田鼠基因组DNA外,其他几种动物基因组DNA均为阴性结果.进一步对该DNA片段进行了BLAST同源性搜索和外显子预测,在Genbank中没有发现高度同源序列,并且找到一个可能的外显子,该外显子由69个氨基酸组成.结论获得的DNA片段为东方田鼠的特异片段,这将为从分子水平深入研究东方田鼠的遗传背景、生物进化规律以及东方田鼠抗日本血吸虫的机理奠定基础.
简介:利用共有峰率和变异峰率双指标,以番薯属六种样品的红外光谱为依据,计算出所测样品的共有峰率和变异峰率,建立番薯属六种样品的共有峰率和变异峰率双指标序列,揭示了番薯属六种样品之间的关系.结果表明紫薯果皮与紫薯果肉,白薯果皮与白薯果肉,红薯果皮与红薯果肉共有峰率分别为66.7%、37.5%、44.4%;三种番薯的果肉与果皮差距较大.通过比较三种果肉与三种果皮,可以发现它们的共有峰率在50%左右,这说明同属三种番薯的组成成分较为相近.该方法能从整体水平分析出番薯属的成分,具有速度快、重现性好、操作简单、破坏性小、样品量少等优点,从而为解决番薯属内在差异和植物同属鉴别提供了一种新的方法.