简介：简单重复序列（SSR）广泛存在于基因组中,是亲缘关系分析、DNA指纹图谱构建和遗传多样性研究领域中非常重要的遗传标记之一。红豆树群体已处于濒危状态,且属无参基因组,其近缘种开发的SSR引物亦很少,为满足红豆树遗传多样性研究及制定合理的保护策略,本研究基于SLAF-seq（specific-locusamplifiedfragmentsequencing）技术对天然群体中典型红豆树进行简化测序,利用MISA软件对测序获得所有SLAF片段进行SSR位点搜索,并对SSR位点特征进行统计分析,最后利用PrimerPremier5.0软件进行引物批量设计。与日本晴水稻的测序数据相比,红豆树参考基因组的双端比对效率为90.14%,酶切效率为92.37%,说明SLAF建库正常;测序Q30为92.32%,GC含量为37.17%,说明达到测序要求。本研究共获得6426462reads和592221个SLAF标签,其中16653个多态性SLAF标签,含有17868个SSR位点,平均每6.98kb就分布有1个SSR位点。不同核苷酸重复类型的基元类型数量及SSR位点数量间差异较大,除单核苷酸外,二、三核苷酸重复类型数量较多,分别占总SSR位点的17.15%和15.02%,其中AT/TA和GAA/TTC基元重复数量最多,分别为1090个（43.1%）和349个（15.2%）。通过批量引物设计共得到2817对引物,以二、三核苷酸类型较多,两者所占比例高达94.8%。结果表明：SLAF-seq技术可以很好的应用于红豆树（无参基因组）SSR位点的开发,基于简化基因组测序数据发掘的SSR位点能够为SSR分子标记开发提供信息,并有助于后续群体遗传多样性和交配系统分析等。

简介：本文在以滞后时间为权重的经典尺度化时间滞后法（SLAF）基础上,提出了一种改进方法,将滞后预报与控制预报之间差值场的均方根误差（RMSE）作为尺度化因子,构成集合预报成员,对比分析经典SLAF和改进SLAF方法对2007年4月23—24日广东地区一次飑线过程集合预报试验的模拟效果。结果表明：改进SLAF方法预报的各变量RMSE值有所降低,成员间离散度普遍增加;改进SLAF方法对强降水中心位置及降水强度的预报均优于经典SLAF方法。另外,多组加扰变量试验结果表明,对位温进行扰动的预报效果明显优于其他变量;不同的扰动变量对预报结果的影响不同,正确地选择扰动变量可明显提高预报效果。

简介：Honeybees(Apismellifera)havehaplodiploidsexdetermination:malesdevelopfromunfertilizedeggsandfemalesdevelopfromfertilizedones.Thedifferencesinlarvalfoodalsodeterminethedevelopmentoffemales.Herewecomparedthetotalsomaticgeneexpressionprofilesof2-dayand4-day-olddrone,queenandworkerlarvaebyRNASeq.Theresultsfromaco-expressionnetworkanalysisonallexpressedgenesshowedthat2-day-olddroneandworkerlarvaewerecloseringeneexpressionprofilesthan2-day-oldqueenlarvae.Thisindicatedthatforyounglarvae(2-day-old)environmentalfactorssuchaslarvaldiethaveagreatereffectongeneexpressionprofilesthanploidyorsexdetermination.Droneshadthemostdistinctgeneexpressionprofilesatthe4-daylarvalstage,suggestingthathaploidy,orsexdramaticallyaffectsthegeneexpressionofhoneybeelarvae.Dronelarvaeshowedfewerdifferencesingeneexpressionprofilesatthe2-dayand4-daytimepointsthantheworkerandqueenlarvalcomparisons(598against1190and1181),suggestingadifferentpatternofgeneexpressionregulationduringthelarvaldevelopmentofhaploidmalescomparedtodiploidfemales.Thisstudyindicatesthatearlyindevelopmentthequeencastehasthemostdistinctgeneexpressionprofile,perhapsreflectingtheveryrapidgrowthandmorphologicalspecializationofthiscastecomparedtoworkersanddrones.Laterindevelopmentthehaploidmaledroneshavethemostdistinctgeneexpressionprofile,perhapsreflectingtheinfluenceofploidyorsexdeterminationongeneexpression.

简介：茶树是重要的叶用经济作物,但是茶树每年都要开花结实,消耗大量的养分,导致茶树鲜叶产量减少和品质降低。雌蕊缺失茶树资源是天然的不结实茶树品种。采用IlluminaHiSeqTM2500高通量测序技术,对雌蕊缺失茶树花花芽、花蕾、花进行转录组分析。经组装获得237484条Transcripts,取最长Transcripts作为Unigene,有182123条,将获得的Unigene与Nr、Nt、Pfam、KOG/COG、Swiss-prot、KEGG、GO等七种数据库进行注释,有22049条Unigene被注释上26种KOG分类,注释到KEGG的Unigene条数为21315,涉及的pathway有130条。此外,发掘出与花器官形态建成的ABCDE模型的功能基因31个,这些注释信息的完成为茶树花器官发育基因及性别决定相关基因的发掘提供了重要依据。

简介：摘要目的建立转座子突变文库，筛选高毒力肺炎克雷伯菌(hypervirulent Klebsiella pneumoniae, hvKp)的新毒力基因。方法构建转座子突变文库，血清处理，通过转座子测序(transposon sequencing, Tn-seq)比较分析血清处理前后各基因突变株在文库中丰度变化，并对筛选出的基因进行KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)注释和富集分析。结果以处理后丰度低于初始丰度20%为界，共筛选出405个基因，其中351个基因在HS11286、NJST258_1、NTUH-K2044和RJF293等4株参考菌株中保守存在，占86.7%，10个基因为NTUH-K2044和RJF293两株高毒力株共有而低毒力株HS11286和NJST258_1缺失；荚膜多糖基因簇中基因如糖基转移酶基因wzy、聚集蛋白基因wzi、荚膜转运蛋白基因wza等突变株在血清处理后不能检出，气杆菌素、沙门氏菌素等铁载体基因簇在各文库中的丰度变化不超过1倍；KEGG注释结果显示，注释最多的基因为参与氨基酸代谢、辅助因子和维生素代谢、碳水化合物代谢等。结论Tn-seq是功能基因筛选的可靠方法，本研究成功筛选出405个hvKp的候选新毒力基因，为后续深入研究hvKp的新毒力基因功能和调控机制提供实验依据。

简介：摘要目的探讨低深度全基因组拷贝数变异测序(CNV-seq)在高危孕妇产前诊断中的应用价值。方法选取2018年7月至2019年11月于本院就诊的271例高危孕妇为研究对象。根据无创产前检测(NIPT)的结果，将271例高危孕妇分为NIPT阳性组(n＝83)和其他异常组(高龄、唐筛高风险、NIPT两次检测失败、不良孕产史、超声提示异常、自身表型异常)(n＝188)，应用CNV-seq技术对两组孕妇进行羊水细胞DNA的拷贝数变异(CNVs)检测，同时进行羊水细胞染色体核型分析，将二者的结果进行比对。结果在271例孕妇中，CNV-seq共检出致病性CNVs 56例(20.66%)，核型分析共发现染色体畸变52例(19.19%)，二者差异有统计学意义(P<0.05)。CNV-seq检测发现两组的CNVs的分型和分布差异具有统计学意义(P<0.05)。与NIPT阳性组相比，其他异常组的可能致病和意义未明CNVs的占比[2.41%(2/83) vs. 5.32%(10/188)]显著偏高(P<0.05)。结论可将CNV-seq作为高危孕妇的一线产前诊断方法，并作为羊水细胞染色体核型分析的补充诊断工具。因其他异常因素就诊的NIPT阴性高危孕妇中，可能致病及意义未明的CNVs的检出率偏高。

简介：摘要目的探讨先天性唇腭裂与染色体拷贝数变异(copy number variation，CNVs)的关系及筛选可疑候选基因。方法采用拷贝数变异测序(CNV sequencing，CNV-seq)技术对先天性唇腭裂外周血或羊水标本进行全基因组CNVs检测。结果42例样本检测成功率100%，共检出5例致病性CNVs(11.9%)，均发生在综合征型唇腭裂(22.7%，5/22)，非综合征型唇腭裂未检出致病性CNVs(0，0/20)，差异具有统计学意义(P＝0.023)。本研究共检出7个致病性CNVs，分别为14q32.31q32.33微缺失、18q21.31q23微缺失、4p16.3p14微缺失、18q22.1q23微重复、5p15.33微缺失、9p24.3p13.2微重复和17q12微缺失。在检出的致病性CNVs区间，共筛选出5个可能与唇腭裂相关的可疑候选基因，分别为BRF1、TXNL4A、FGFR3、NSD2和BNC2。结论先天性唇腭裂的发生与染色体CNV密切相关，本研究发现5个可能与唇腭裂相关的候选基因。

简介：[目的]蜡蚧轮枝菌是一种防治植物病原物和害虫的生防菌，弄清其致病的分子基础具有重要的意义。[方法]利用IlluminaHiSeq技术测序蜡蚧轮枝菌的cDNA文库，并进行RNA-Seq序列拼接和功能注释。[结果]共获得1634670条高品质reads，碱基GC含量48.50%。14856条Unigene经组装拼接后，在Nr、Swiss-Prot、COG和KEGG数据库中分别比对得到1467、9379、6518和4188条Unigenes。采用GO分类工具将21403条Unigenes分成24个功能组，主要包含在细胞组成（1369）、分子功能（1679）和生物学过程（1928）3个大类里，在COG数据库注释的基础上，把6518条Unigenes分成38个功能组，通过GO和COG丰度识别分类，聚类的主要是一般功能预测、次生代谢产物的合成、运输和分解代谢以及信号转导机制起作用的独立基因。能与KEGG路径匹配的108条Unigenes中大部分和新陈代谢途径及次生代谢产物的合成有关。[结论]这些结果将有助于找寻蜡蚧轮枝菌的致病因子，从而丰富其致病机理。

简介：摘要RNA-seq技术是一种使用深度测序技术的转录组学分析方法，利用高通量下一代测序技术来调查、表征和量化转录组，可以迅速全面检测某一物种特定组织特定细胞在某一状态下的几乎所有的转录本和基因序列，已广泛应用于基础研究、临床诊断以及药物研发等领域。多项研究证实其测量精度可与微阵列和定量聚合酶链式反应相媲美。RNA-seq技术可以准确检测在糖尿病视网膜病变(DR)的发病机制中发挥重要作用的mRNA和非编码RNA。利用这一技术研究DR的基因调控及分子机制，有助于寻找DR早期诊断和预测预后的生物标志物，全面系统的研究并分析特定生物学过程中的分子作用机制并寻找新的治疗靶点，对DR的基础研究和临床治疗都将具有重要意义。本文从RNA-seq技术的优势、测序平台的选择、文库制备和数据分析3个方面对该技术进行全面系统的阐述，并对该技术在DR中取得的进展进行总结和分析。

简介：摘要目的：探讨晚期离焦识别的分子机制。方法：实验研究。将30只7 d龄白来航鸡随机分为负镜组、正镜组和对照组，分别给予雏鸡右眼-10 D/+10 D/0 D透镜诱导，干预时间为6 d。所有动物均在光学干预前后测量屈光度、眼轴和后极部各组织厚度等生物学参数。采用单因素方差分析对数据进行分析。眼球生物学参数测量完毕后分离眼后极部组织，提取RNA，应用RNA-seq技术筛选差异表达基因，并对其进行GO功能注释、KEGG通路分析及PPI网络分析，观察离焦干预对雏鸡后极部各组织转录组的影响。结果：负镜组、正镜组雏鸡的屈光度、眼轴长度以及脉络膜厚度，与对照组相比，差异具有统计学意义（P<0.05）；以P<0.05和|log2FC|>1为筛选标准，负镜组与对照组相比，视网膜有203个差异表达基因，脉络膜有757个差异表达基因，巩膜有1 509个差异表达基因；正镜组与对照组相比，视网膜有191个差异表达基因，脉络膜有378个差异表达基因，巩膜有1 918个差异表达基因。与对照组比，负镜组与正镜组的重叠基因除LOC121112941外均表现出相同的差异表达趋势，GO分析通路存在50%以上重合，KEGG分析视网膜水平的重叠通路是花生四烯酸代谢、酪氨酸代谢和视黄醇代谢；脉络膜水平的重叠通路是内质网中的蛋白质加工，精氨酸和脯氨酸代谢和视黄醇代谢；巩膜水平的重叠通路则为细胞粘附分子、ECM-受体相互作用、粘着斑、细胞因子-细胞因子受体相互作用、硫代谢、糖胺聚糖生物合成-硫酸软骨素/硫酸皮肤素、Toll样受体信号通路、TGF-β信号通路和MAPK信号通路。通过PPI蛋白互作网络分析鉴定出离焦识别过程中各组织的关键基因。结论：本研究在转录组水平上筛选出晚期离焦识别过程的绝大多数重叠基因保持着相同的上调或下调表达趋势，不同方向的离焦信号可能诱导部分通路的相似变化。

简介：摘要目的探讨低深度全基因组高通量测序技术(low-coverage massicely parallel copy number variation sequencing, CNV-seq)在产前超声提示侧脑室增宽胎儿产前诊断中的应用价值。方法回顾性分析186例侧脑室增宽胎儿的产前CNV-seq结果。根据侧脑室增宽是否伴随其他超声异常，分为孤立性123例和非孤立性63例。结果CNV-seq共检出染色体异常21例(11.29%，21/186)，包括数目异常3例(2例21-三体和1例克氏综合征)和结构异常18例，结构异常中包含9例致病性CNVs，其中4例来源于孤立性侧脑室增宽胎儿(4/123，3.3%)，5例来源于非孤立性侧脑室增宽胎儿(5/63，7.9%)。孤立性侧脑室增宽胎儿中检出染色体异常13例(13/123，10.6%)，非孤立性中检出8例(8/63，12.7%)。结论CNV-seq在侧脑室增宽胎儿的染色体异常检出率较高，尤其在非孤立性侧脑室增宽病例中检测出CNVs及其存在致病性的概率更高。

简介：无

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简介：摘要目的明确低深度高通量全基因组拷贝数变异测序（CNV-seq）发现的胎儿携带的DMD基因部分重复变异的致病性，为其遗传咨询及产前诊断提供依据。方法对2例染色体异常高风险的孕妇分别抽取羊水，提取羊水和外周血基因组DNA，应用CNV-seq技术检测胎儿DNA，并应用多重连接探针扩增（MLPA）技术验证DMD基因的重复情况。通过数据库及家系验证分析DMD基因重复片段的致病性。结果2例胎儿通过CNV-seq分别检出Xp21.1存在大小为1.38 Mb和0.36 Mb的重复，经MLPA验证分别覆盖DMD基因5′端非编码区的第1~11外显子和3′端非编码区的第64~79外显子。经家系验证，两家系中均有临床表现正常的男性携带相同的DMD基因部分重复变异，结合数据库和家系分析，此2例DMD基因重复变异为多态性变异的可能性大，2例男性胎儿均继续妊娠并足月分娩，随访无DMD基因变异的临床表现。结论CNV-seq技术可以检测出大片段缺失或重复的DMD基因变异，但需结合家系及常规基因检测进一步分析并验证其致病性，特别是包含DMD基因第1或第79外显子的重复变异，以免误诊。

简介：摘要目的分析7例低深度全基因组测序(copy number variation sequencing，CNV-seq)检出仅涉及NRXN1基因的2p16.3杂合缺失胎儿的遗传学检查结果、拷贝数变异(copy number variation, CNV)来源及妊娠结局，为产前诊断和遗传咨询提供依据。方法7例产前诊断样本均通过CNV-seq检测发现2p16.3杂合缺失，进一步通过实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR，qPCR)进行验证，明确涉及的NRXN1基因缺失的具体区域，并对CNV进行父母验证和妊娠结局的随访。结果在16 502例样本中共检出7例胎儿染色体2p16.3区存在120 ~ 900 kb的微缺失，发生率为0.424‰。该区域主要位于2号染色体的50 200 000-51 880 000位置，仅覆盖了NRXN1基因。qPCR验证了7例胎儿的CNV，其中2例涉及NRXN1基因第1 ~ 6外显子杂合缺失，1例涉及第1 ~ 19外显子杂合缺失，1例涉及第19 ~ 22外显子杂合缺失，3例涉及第6 ~ 7内含子杂合缺失。亲代验证发现父源性1例，母源性1例，新发2例，其余3例拒绝亲代验证。经随访，除1例引产，1例尚未出生外，其余5例均健康出生，年龄5个月~ 3岁，均未发现NRXN1相关的精神发育异常。结论CNV-seq检出7例胎儿涉及NRXN1基因的2p16.3杂合缺失，经qPCR验证NRXN1基因的具体缺失位置，通过结合CNV来源、家系分析以及妊娠结局，对每个家庭进行了个体化的遗传咨询及生育指导。

简介：摘要目的评估低深度全基因组拷贝数变异测序技术(copy number variation sequencing, CNV-seq)在胎儿肠管回声增强(echogenic fetal bowel, EB)孤立型及合并其他超声软指标(合并型)中的诊断价值及遗传病因分析，为临床遗传咨询提供指导。方法以2017年12月至2021年6月就诊于本中心共163例为研究对象。采集羊水(162例)或绒毛(1例)进行CNV-Seq检测，结合生物信息学分析其致病性CNVs情况。结果163例中共检出13例(8.0%)阳性，包括9例(5.5%)非整倍体及4例(2.4%)CNVs。其中孤立型EB组和合并型EB组阳性率分别为1.7%(1/58)和11.4%(12/105)，经卡方检验，两者存在显著差异(P<0.05)。两组中各发现一例Xp22.1重复，为女性DMD携带者，后健康出生。合并型EB组中发现9例非整倍体及2例致病性/疑似致病性CNVs，均引产。结论合并型EB胎儿的非整倍体及致病性CNVs阳性率远高于孤立型EB，且大部分终止妊娠。这提示在临床上相对于孤立型EB，需要更加关注合并型EB胎儿，及时进行产前诊断及遗传咨询。

简介：目的在验证不同浓度叶酸培养影响人正常肝细胞系增殖、周期和迁移能力的基础上,应用转录组测序（RNASeq）技术筛选差异表达基因,为进一步探讨叶酸缺乏与基因差异表达以及正常肝细胞恶性转化之间的相关性打下基础。方法不同浓度叶酸培养（无叶酸组0mg/L,正常叶酸组40mg/L）的人正常肝细胞系QSG-77016个月,应用CCK-8实验检测细胞增殖、流式细胞技术检测细胞周期、细胞凋亡、Transwell小室检测细胞迁移;利用RNA-Seq技术对两组细胞中的mRNA进行检测,筛选差异mRNA;通过用实时定量PCR对RNA-Seq的结果进行验证,并结合统计学和生物信息学方法分析差异mRNA。结果无叶酸培养显著提高QSG-7701细胞的增殖能力,促进细胞由静止期进入分裂期,促进细胞的迁移能力;RNA-Seq检测得到含有16774条差异mRNA的数据集,初步分析显示其中391条差异mRNA可能与不同浓度叶酸培养相关,其中上调的115条,下调的276条;随机对其中11条进行实时定量PCR验证,72.73%的结果与RNA-Seq一致;分析显示,差异mRNA相对应的基因与细胞周期等生理过程以及多种肿瘤的发生、发展密切相关。结论最终筛选出参与叶酸调控正常肝细胞恶性转化相关的基因,RNA-Seq技术能有效地用于差异基因地筛选。

简介：摘要目的探索拷贝数变异测序(copy number variation sequencing，CNV-seq)和核型分析在平衡易位携带者产前诊断中的应用价值。方法收集2018年5月至2019年12月在郑州大学第一附属医院同时行CNV-seq检测和核型分析的135例平衡易位携带者单胎羊水样本的病案资料，对两组数据进行对比分析。仅将明确导致出生缺陷的结果定为异常，包括染色体数目异常、大片段缺失/重复、致病性拷贝数变异(pathogenic copy number variations，pCNVs)。结果核型分析的异常检出率为4.44%(6/135)。CNV-seq的异常检出率为5.93%(8/135)，较核型分析高1.48%(2/135)。核型分析平衡易位检出率为50.37%(68/135)。结论对于平衡易位携带者，建议行羊膜腔穿刺取样后同时进行CNV-seq和核型分析检测，有利于胎儿染色体异常的全面检出及出生后的生育咨询。

简介：摘要 目的：探究基因组DNA污染及乳腺癌单样本预测器(single sample predictor, SSP)在RNA-seq中鉴定Basal-like亚型乳腺癌的一致性与稳健性。方法：使用4种SSP联合3种数据校正方法，按比例随机去掉一定比例的非Basal-like亚型样本，并使用正态分布模拟基因组DNA对基因表达量的影响。结果：数据校正方法影响乳腺癌SSP鉴定Basal-like亚型的一致性(κ=0.733-0.964)；乳腺癌SSP可以一致鉴定出Basal-like亚型(κ=0.846-0.958)，对Basal-like亚型鉴定的稳健性高；基因组DNA污染对Basal-like亚型鉴定的一致性影响较小(κ=0.922-1)。结论：Basal-like亚型的鉴定具有高度的一致性与稳健性且受基因组DNA污染影响较小。