简介：摘要：研究者对污水处理厂中用于氮和磷去除的微生物群落进行了从基因组学到生态学的综合分析，通过微生物群落的基因组测序和分析，发现了与氮和磷去除相关的基因，同时比较了不同微生物群落的基因组差异。在微生物群落的生态学分析中，探究了群落结构、多样性、功能基因以及稳定性和适应性等方面的内容。进一步研究了微生物群落的氮和磷去除机制，包括氮和磷去除相关基因的鉴定，代谢通路和生物化学反应的分析。本文讨论了微生物群落的优化策略、应用价值和前景，以及存在问题和未来展望。

简介：无

简介：摘要目的验证全基因组关联分析所发现的7个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms，SNPs)，包括rs13278062(TNFRSF10A)、rs3750846(ARMS2-HTRA1)、rs429358(APOE)、rs5817082(CEPT)、rs2043085(LIPC)、rs1626340(TGFBR1)以及rs8135665(SLC16A8)与四川汉族人群年龄相关性黄斑变性(age-related macular degeneration，AMD)的相关性。方法采用病例-对照研究，用飞行质谱对576例湿性AMD患者和572例健康对照进行SNPs分型并通过Sanger测序进行验证。在两组各SNP位点基因型分布均满足Hardy-Weinberg平衡的前提下，分析各位点的遗传模式，并比较其等位基因与基因型频率的分布。结果TNFRSF10A rs13278062在杂合子模型(P＝0.000，OR＝1.529，95%CI＝1.196-1.954)和显性模型(P＝0.002，OR＝1.459，95%CI＝1.154-1.865)下在两组之间存在显著的差异。结论TNFRSF10A rs13278062在杂合或显性模式下与AMD相关，携带rs13278062GT和rs13278062TT+GT的个体更容易患AMD。

简介：摘要目的探讨外周血病原宏基因组二代测序(mNGS)在重症肺孢子菌肺炎(PCP)诊断中的应用价值，并提高临床医师对此类疾病的认识。方法本研究为横断面研究。采用非随机抽样法，分析2020年1月至2022年1月在南京鼓楼医院呼吸与危重症医学科重症监护病房通过外周血mNGS确诊的7例重症非HIV感染者PCP患者的临床资料，分析临床特征、影像学表现、治疗以及预后。结果7例患者，男2例，女5例，年龄64(57，65)岁，年龄范围为36~66岁，均有长期服用激素药物史，其中3例患者同时服用免疫抑制剂，主要症状包括发热、气喘、咳嗽，实验室检查显示外周血淋巴细胞绝对计数均降低，外周血CD4+T淋巴细胞绝对计数均小于0.2×109/L，外周血CD8+T淋巴细胞绝对计数均小于0.3×109/L，血清G试验、乳酸脱氢酶均增高，血气分析均提示Ⅰ型呼吸衰竭，影像学主要表现为两肺弥漫性磨玻璃影，并可见囊状影、实变影。7例患者外周血mNGS均检出肺孢子菌，治疗上7例患者均给予口服复方磺胺甲恶唑并联合克林霉素及卡泊芬净治疗PCP，同时给予注射用甲泼尼龙琥珀酸钠抗炎平喘，并联合其他抗生素抗感染治疗，6例患者给予气管插管有创呼吸支持治疗，1例患者给予无创机械通气治疗，最终2例患者好转出院，其余5例患者死亡。结论重症非HIV者PCP起病急、预后差、病死率高，主要发生在免疫抑制人群，临床表现主要为发热、气喘、影像学表现为磨玻璃影、囊状影及实变影，外周血mNGS检查能够为诊断重症PCP提供依据，为治疗争取时间，减少病死率。

简介：无

简介：党的十七大于10月15日在北京开幕以后，10月16日下午3时，大会新闻中心在梅地亚中心二楼多功能厅B段举行首场记者招待会，教育部部长周济和科技部副部长李学勇介绍中国科技教育发展情况，并回答记者提问。记者招待会由十七大新闻组成员兼大会新闻发言人、国务院新闻办公室副主任李冰主持。十七大新闻中心网站、人民网、新华网、中国网、央视国际等对记者招待会进行现场图文网络直播。

简介：摘要目的构建乙型肝炎病毒（HBV）C启动子近端肝富集转录因子结合位点突变的重组HBV复制型质粒，以期阐明其在HBx增强HBV复制中的作用。方法利用定点突变技术在野生型HBV复制型质粒和HBx表达缺失的HBV复制型质粒基础上构建HBV C启动子近端肝富集转录因子结合位点突变的重组质粒。随后在HBV肝癌细胞复制模型和小鼠复制模型中进行质粒转染，提取细胞和小鼠肝组织的HBV复制中间体进行检测。结果在HBV复制型质粒的基础上成功构建HBV C启动子近端肝富集转录因子结合位点突变的HBV复制型质粒。在HBV肝癌复制模型和小鼠复制模型中均发现HBx增强HBV的复制。突变HBV C启动子肝富集转录因子结合位点以后，HBx对于HBV复制增强的作用并未受到显著影响。结论HBx增强HBV复制可能不通过肝富集转录因子和与HBV C启动子近端的结合位点而起作用，其他肝富集转录因子结合位点在HBx增强HBV复制中的作用仍需进一步研究。

简介：目的：为了评价CYP2D6的基因型和表型的联系以及基因芯片在CYP2D6多基因分析中的应用。方法：242健康志愿者，口服dextromethorphan后收集认测定其代谢率，收集20ml血提取DNA，并通过基因特异性PCR和／（或）基因芯片分析CYP2D6＊2－＊11，＊17和多拷贝CYP2D6基因，其中5个基因（＊3，＊4，＊6，＊7和＊9）用PCR和CYD450基因芯片同时分析。结果：CYP2D6基因型比表型更富有信息和更能反映CYP2D6酶的表达。CYP2D6＊3，＊4，＊6，＊6和＊9的基因检测在CYP450基因芯片和基因特异性PCR中显示高度的一致性。结论：基因芯片在检测基因多位点的多基因中是一个有发展前途和可靠的方法。

简介：基因组测序是当今生物学领域的一个重要研究手段,而基因组组装是其首要问题。2014年'深圳杯'数学建模夏令营B题要求学生对一个相对短的基因组(细菌人工染色体BAC)的下一代测序数据建立基因组组装算法,并编制程序加以实现。本文对学生所提交解答的情况进行了一个简单评述。

简介：摘要目的从基因组水平上探讨尿路致病性大肠埃希菌UPEC132株的耐药性和致病机制。方法采用MIC法测定菌株UPEC132对16种抗菌药物的敏感性，多位点序列分型(MLST)方法对其分型，利用三代测序平台对其进行全基因组测序和组装，并用Prodigal软件预测和数据库筛选进行耐药和毒力基因功能注释，然后收集GenBank上23株UPEC菌株的染色体基因组序列，利用RAxML软件对UPEC132进行系统进化分析并构建系统进化树。结果UPEC132菌株对氨苄青霉素、氨苄青霉素/舒巴坦、四环素、红霉素、氯霉素、头孢唑林耐药，其MLST分型为ST10522型。该株全基因组包括一条完整的基因组(染色体)序列及两条质粒序列，染色体、质粒P1和P2的序列大小分别为5 234 468 bp、117 139 bp和101 356 bp，鸟嘌呤-胞嘧啶(GC)含量分别为50.48%、49.05%和54.04%。该株染色体、质粒P1和P2分别有4 856、140和116个基因。其耐药基因多位于染色体，主要为耐多药外排泵基因簇，P2仅携带β-内酰胺酶基因blaTEM-1和四环素耐药基因tetG。UPEC132毒力基因也位于染色体，主要为菌毛黏附素9种、铁摄取系统5种和分泌性毒素3种。Afa菌毛和Ⅳ型菌毛基因簇分别位于质粒P1和P2上。系统进化树分析显示UPEC132与23株UPEC均不在同一分支。结论UPEC132株的ST10522型为国内外首次报道的大肠埃希菌新ST型，其全基因组遗传信息被全面揭示，耐药性和致病性与其携带的多种耐药基因和毒力基因相关。

简介：正在发育的胎儿的完整基因组，潜藏在它妈妈的血液里，这给准父母提供了一种潜在的非入侵方法，来检测婴儿是否患有某种先天疾病。研究论文发表在近期的《科学一转化医学》（ScienceTranslationalMedicine）网站上。

简介：Rh血型系统是目前被国际输血协会确认的30个红细胞血型系统中最具复杂性和多态性的血型系统，在临床输血中的重要性仅次于ABO血型。RhD抗原表型除正常D阳性和阴性表型外，还存在多种D变异型。D变异体主要包括弱D（weakD）、部分D（partialD）和DEL型[1]。为避免在血清学上RhD变异体被误定Rh阴性，采用DNA基因分型技术鉴定D变异型变得越来越重要。

简介：摘要目的探讨1个先天性重度耳聋家系的致病基因变异类型，明确其可能的遗传学病因。方法运用高通量测序的方法对家系中的先证者进行415个遗传性耳聋相关基因的序列检测，应用Sanger测序法对高通量测序结果进行验证并对先证者父母和妹妹进行基因变异位点验证。结果先证者基因组DNA中检测到与双基因Usher综合征1D/F型耳聋相关的CDH23基因c.5131G>A(p.Val1711Ile)杂合变异和PCDH15基因c.2884C>T(p.Arg962Cys)杂合变异，先证者父亲携带PCDH15基因c.2884C>T(p.Arg962Cys)杂合变异，先证者母亲携带CDH23基因c.5131G>A(p.Val1711Ile)杂合变异。先证者妹妹听力正常，携带CDH23基因c.5131G>A(p.Val1711Ile)杂合变异，不携带PCDH15基因c.2884C>T(p.Arg962Cys)杂合变异。按照美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南进行致病性评级，CDH23基因c.5131G>A(p.Val1711Ile)变异和PCDH15基因c.2884C>T(p.Arg962Cys)变异均为可能致病性变异(PS1+PM2+PP3+PP4)。结论CDH23基因c.5131G>A(p.Val1711Ile)变异和PCDH15基因c.2884C>T(p.Arg962Cys)变异可能为该家系耳聋发生的遗传学原因。

简介：摘要目的分离提纯1株新型耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）的噬菌体，并对其基因组学信息和生物学特性进行分析。方法采用实验研究方法。取分离自陆军军医大学（第三军医大学）第二附属医院收治的1例胸骨正中切口感染的63岁女性患者创面的MRSA（下称宿主菌）液，采用污水共培养法和双层琼脂平板法从该院污水中分离提纯得到噬菌体，并命名为噬菌体SAP23，观察噬菌斑形态。采用磷钨酸负染法将噬菌体SAP23染色，采用透射电子显微镜观察其形态。采用十二烷基磺酸钠/蛋白酶裂解方案制备噬菌体SAP23 DNA，在Illumina NovaSeq PE150平台下进行全基因组测序，并完成序列组装、注释、系统发生树等基因组学分析。将噬菌体SAP23液分别按10.000 0、1.000 0、0.100 0、0.010 0、0.001 0、0.000 1感染复数与宿主菌液共培养4 h后，采用点滴法测定噬菌体效价，筛选最佳感染复数，此处及以下样本数均为3。按测得的最佳感染复数取噬菌体SAP23液与宿主菌液分别共同孵育5、10、15 min后，同前测定噬菌体效价，筛选最佳吸附时间。按测得的最佳感染复数取噬菌体SAP23液与宿主菌液按最佳吸附时间孵育后，分别于培养0（即刻）、5、10、15、20、30、40、50、60、80、100、120 min，同前测定噬菌体效价，绘制一步生长曲线。取噬菌体SAP23液分别在温度为4、37、50、60、70、80 ℃下，在pH值为2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12下孵育1 h，测定稳定性。取陆军军医大学（第三军医大学）微生物教研室储存的41株MRSA，完成噬菌体SAP23的宿主谱范围检测。结果噬菌体SAP23能在宿主菌双层琼脂板上形成透明噬菌斑。噬菌体SAP23头部是直径为（88±4）nm的多面体，其尾部长度为（279±21）nm、宽度为（22.6±2.6）nm。噬菌体SAP23基因组为全长151 618 bp的线状双链DNA，序列两端有11 681 bp的长末端重复序列，预测出220个开放阅读框，噬菌体可编码4个转运RNA，未预测出毒力因子或抗性基因，注释功能的噬菌体SAP23基因可分为5个组，GenBank登录号为MZ427930，噬菌体SAP23全基因组序列与共线性分析中的6个葡萄球菌噬菌体全基因组序列有5个局部共线区域，但在局部共线区域内部或外部存在差异。噬菌体SAP23属于Herelleviridae科Twortvirinae亚科Kayvirus病毒属。噬菌体SAP23的最佳感染复数为0.010 0，最佳吸附时间为10 min，潜伏期约为20 min，裂解期约为80 min；在4~37 ℃温度条件及pH值为4~9的条件中，稳定性较好。噬菌体SAP23可裂解41株MRSA中的3株。结论噬菌体SAP23为Herelleviridae科Twortvirinae亚科Kayvirus病毒属成员，潜伏期短，其对温度和酸碱耐受性好，可有效裂解MRSA，为不含毒力因子和抗性基因的新型烈性窄谱噬菌体。

简介：目的研究乙肝病毒／黄曲霉毒素B1双暴露相关性肝细胞性肝癌（hepatocellularcarcinoma，HCC）染色体遗传学畸变的特点。方法将32例手术切除经病理证实为HCC的癌组织，按照乙肝病毒与黄曲霉毒素的暴露情况分为4个亚组：A组为HBV（＋）／AFB，（＋）10例；B组为HBV（＋）／AFB1（-）10例；C组为HBV（-）／AFB1（＋）6例；D组为HBV（-）／AFB1（-）6例。应用微阵列比较基因组杂交技术（ArrayCGH）检测分析其22对染色体DNA拷贝数的变化。结果32例HCC样本中，共发现573个染色体畸变区段（chromosomalaberrations，CNAs）。其中1q、4p、5p、6p、7p、8q、10p、17q、20p、20q和X主要表现为扩增区段；1p、2q、4q、8p、9p、10q、11q、13q、14q、16p、16q、17p、19p、19q、21q、22q和Y主要表现为缺失区段。同时，共检测出25个染色体发生高频畸变的区段（recurrentlyalteredregions，RARs），其中lq21．1-q44、5p13．2-p15．3、6p12．1-p25．2、7q11．2-q35、8q11．2-q24．3、17q12-q25．2、18q12．3-q22．3和x为高频率扩增区段，而lp31．1-p36．2、2q23．2-q37．2、4q12-q35．2、6q14．1-q26、8p12-p23．2、9p21．1-p24．2、10q21.3-q26．2、13q12．1-q21．1、14q21．3-q32．2、16p12．1-p13．2、16q12．1-q24．1、17p12-p1313、19p13．1-p13．3、19q13．2-q13．4、21q21．3-q22．2、22q11．2-q13．2和Y染色体为高频缺失区段。8p12-p23．2缺失的发生率在进展期HCC（TNM分期为Ⅲ～Ⅳ期）中明显高于早期HCC（TNM分期为I～Ⅱ期）（仁0．038）。4q12-q35．2、13q12．1-q21．1的缺失及7q21．1-q35的扩增发生率在A组中最高。Cox模型分析结果示：在单因素分析中AFP水平、肿瘤大小、TNM分期、BCLC分期、侵袭与转移的发生、8p12-p23．2的缺失以及19p13．1-p13．3的缺失等为影响患者无瘤生存时间的危险因素（P〈0．05）.而在多因素分析中AFP水平、TNM分期以及8p12-p23．2的缺失等为影响患者无瘤生�

简介：摘要目的了解杭州地区临床和食品来源德尔卑沙门菌的耐药特征，并进行溯源分析。方法对2015—2020年杭州地区分离的60株德尔卑沙门菌进行药敏分析、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型和全基因组测序，并下载公共数据库基因组进行比较；利用测序数据对菌株进行多位点序列分型(MLST)、核心基因组多位点序列分型(cgMLST)和耐药基因扫描，并构建基于单核苷酸多态性(SNP)位点的系统发育树。结果杭州地区德尔卑沙门菌临床株和食品株对28种药物的耐药率差异均无统计学意义，多重耐药率为76.7%(46/60)；所有菌株均检出氨基糖苷乙酰转移酶基因aac(6′)-Iaa和磷霉素耐药基因fosA7；60株德尔卑沙门菌共分为46种PFGE带型、53种cgMLST(HC2)型别，除1株为ST3220型外，其余均为ST40型；基于439株德尔卑沙门菌(包括60株杭州菌株和379株公共数据库菌株)SNP位点构建的系统发育树显示：部分杭州菌株与东南亚菌株进化距离较近，提示可能存在跨境传播，食品株主要来自猪肉和水产类；其他杭州菌株与北京、广州、湖北、重庆等省市的菌株距离较近，提示可能存在跨省传播，食品株主要来自猪肉、牛肉和鸡肉。结论杭州地区德尔卑沙门菌的流行主要由ST40型引起，其多重耐药现象普遍，推测其临床感染与猪牛肉、鸡肉和水产类的消费密切相关，与东南亚地区和境内其他省市可能存在跨地传播。

简介：利用PCR以实验室构建的原核重组表达质粒pProEX-OCIF为模板扩增得到N末端融合有6×His标签和rTEV蛋白酶识别序列的人破骨细胞形成抑制因子(OsteoclastogenesisInhibitoryFactor,简称OCIF)结构域D1～D6(简称OCIFm)编码基因片段;将其与pMD18-T连接,转化大肠杆菌TOP10,筛选得到阳性重组质粒pMD18-OCIFm,双酶切重组克隆质粒pMD18-OCIFm得到OCIFm基因片段;将其定向插入甲醇营养型酵母分泌表达载体pPIC9中,构建获得重组表达质粒pPIC9-OCIFm.测序验证后,以限制性内切酶SalⅠ线化,电穿孔转化酵母宿主菌GS115.筛选得到阳性表达菌株后,甲醇诱导表达4d,SDS-PAGE和Westernblot对表达情况进行分析和确认.所获得的OCIFm基因片段在甲醇营养型酵母中表达量占菌体总蛋白的30%以上.利用Ni-NTA树脂对表达产物进行一步亲和层析纯化.活性测定表明纯化的表达产物可诱导体外培养的成熟破骨细胞样细胞的凋亡.表达产物的生物学活性较利用原核表达系统明显提高.

简介：本文应用STR复合扩增技术扩增,调查了261份山东汉族人群D6S1043、D12S391基因座的分布,获得相关遗传学数据,报道如下。1材料和方法261份无关个体血样,系本实验室日常办案积累。所有血样均采用chelex-100法提取DNA。按Sinofiler（AB公司,美国）试剂盒说明书进行复合扩增,反应体系为10μL,其中混合液4μL,引物2.2μL,金标Taq酶0.2μL,模板DNA适量,加去离子水至l0μL，置于9700扩增仪中扩增。

简介：TBC1D24基因编码含TBC结构域和TLDc结构域的蛋白质。该基因具有基因多效性,所涉及的基因型-表型关联复杂,不同突变可分别导致重度-极重度先天性耳聋、迟发性/渐进性耳聋等不同听力表型及在神经、骨骼等系统的不同发育障碍。在内耳中,TBC1D24表达于螺旋神经节及毛细胞静纤毛,具有特异的表达位置和表达时间。对该基因的功能学研究有助于人们了解听觉及神经系统的发育及相关遗传性疾病的分子发病机制。

简介：摘要目的探讨维生素D受体FokⅠ基因与儿童氟牙症的相关性。方法在2017年5月到2018年5月，调查齐齐哈尔市5个高氟饮水区的自然村的儿童，其中，中、重度氟牙症80名儿童为试验组，健康儿童为对照组，在空腹状态下进行抽血，化验并分析维生素D受体FokⅠ基因多态性。结果氟牙症儿童FF基因型分布频率高于健康儿童，ff基因型分布频率低于健康儿童。结论维生素D受体FokⅠ基因与氟牙症有相关性。