简介：摘要目的应用高通量测序和生物信息学分析技术，从一起经货轮输入的新冠肺炎(COVID-19)聚集性病例标本中直接测定新型冠状病毒(2019 novel coronavirus，2019-nCoV)全基因组序列，并从全基因组水平分析2019-nCoV的基因组变异特征，追溯病毒的潜在来源。方法采用2019-nCoV全基因组靶向扩增结合Ion S5二代测序的技术，对来源于同一艘货轮的8例COVID-19确诊病例咽拭子标本进行病毒全基因组测序。应用在线分析平台，判断病毒型别，分析病毒突变位点。利用进化分析软件，构建系统发育树，结合病例流行病学资料，推测病毒的来源。结果成功测序获得8条长度为29 822~29 865 bp的2019-nCoV全基因组序列，平均测序深度为11 928×~33 588×，基因组覆盖度为99.73%~99.87%；Pangolin分型结果显示8个2019-nCoV基因组均属于VOC/Delta(B.1.617.2)进化分支；全基因组突变分析显示，与武汉参考株(NC_045512.2)相比，8个2019-nCoV基因组序列核苷酸突变的中位数为35个(31个~38个)，氨基酸突变的中位数为26个(24个~28个)，突变位点分布于8个编码区(ORF1a、ORF1b、S、ORF3a、M、ORF7a、ORF8、N)；进一步分析发现8个2019-nCoV基因组中含有23个属于2019-nCoV Delta(B.1.617.2·AY.2)变异株的特征性突变位点；但因8个2019-nCoV基因组间的突变位点并非完全重合，且流调报告显示货轮中途经停多个口岸且有人员更替，故推测该起聚集性COVID-19疫情可能有不同传播来源；进化分析显示，8个2019-nCoV序列共同处于B.1.617.2进化分支的AY.2子分支上，同Pangolin分型及突变分析结果一致。结论本研究从一起经货轮输入的COVID-19聚集性疫情病例标本中测序获得8个Delta变异株全基因组序列，本研究所构建的测序方法和分析结果可在COVID-19防控中为2019-nCoV的变异分析和病例溯源提供参考。

简介：摘要目的基于健康老年人群的肠道菌群组成特征，探索宏基因组测序与16S rDNA测序在后续分析上的差异。方法采用定群研究设计，对山东济南76名健康老年人进行5次重复测量，采集粪便样本并提取基因组DNA，分别进行宏基因组与16S rDNA测序，比较两种测序肠道菌群的组成与多样性；采用Pearson相关分析物种丰度与α多样性的相关性，普氏分析判断β多样性的相关性。结果76名老年人年龄（65.07±2.75）岁，体重指数为（25.03±2.40）kg/m2；男、女各38名；5次重复测量共得到345人次的粪便样品。相较于16Sr DNA测序，宏基因组测序在各个水平的注释物种数更多，且水平越低，两种测序物种数量相差越大；两种测序的物种丰度存在差异，但在门（r=0.88，P<0.001）、属（r=0.77，P<0.001）水平上物种丰度呈高度相关，其中拟杆菌门、厚壁菌门等是共同的优势物种；老年人肠道菌群多样性分析显示，两种测序的α多样性指数存在显著正相关（r=0.70，P<0.001），两组β多样性也呈显著相关（M2=0.84，P<0.05）；结论宏基因组测序注释效率远高于16S rDNA测序；两种测序方法在门水平物种丰度、物种α多样性上具有较高的一致性。

简介：摘要患者因“胸痛、皮疹、淋巴结肿大2年余，全身疼痛8个月，体重近半年下降15 kg”于 2020年9月15日就诊于北京协和医院。患者有胸痛、咳嗽、咳痰等，经验性使用头孢类抗感染和对症治疗，症状缓解，但出现药物性皮疹，抗过敏治疗后皮疹缓解。颈部淋巴结肿大无缓解，活检提示多灶性肉芽肿性炎，予诊断性抗结核治疗，淋巴结有所缩小，但病情反复，继而出现全身疼痛，完善检查提示右肺上叶肺癌伴阻塞性肺炎，伴全身多部位转移。患者无明确免疫抑制病史，γ干扰素抗体强阳性，考虑成人起病的免疫缺陷综合征，淋巴瘤和感染不除外。为明确诊断需进行骨穿和组织活检，但患者不配合。既往右颈部淋巴结和左侧髂骨活检组织病理学弱抗酸阳性，疑似诺卡菌感染，经验性用磺胺和亚胺培南抗诺卡菌治疗好转，宏基因组高通量测序结果为马内菲蓝状菌，含量较低，对此少见病原菌，积极完善实验室病原学检查培养阳性后，停用抗诺卡菌治疗，开始抗真菌治疗（两性霉素B联合伊曲康唑），2个月后患者全身结节和包块消失，皮肤创面愈合。患者标本取材合格性、实验室与临床之间及时沟通，及宏基因组高通量测序技术结果的合理解读，对患者的诊治具有重要意义。

简介：摘要目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)在间质性肺病(ILD)伴肺部感染患者中的初步应用。方法本研究为病例对照研究。采用单纯随机抽样法，选取2018年1月至2019年8月南京大学医学院附属鼓楼医院呼吸与危重症医学科住院、诊断为ILD伴感染患者61例为研究对象。按照是否进行mNGS检测，分为mNGS组(n＝18)和对照组(n＝43)。收集研究对象的临床、实验室及胸部影像学资料，并进行电话随访。比较2组患者的临床资料，比较mNGS检测与传统病原微生物培养的差异。采用Kaplan-Meier法及Cox回归模型分析患者生存情况及预后因素。结果2组患者比较，除了mNGS组住院时间较对照组明显延长(P＝0.001)，其他临床变量间差异均无统计学意义(P值均>0.05)。mNGS组检测结果与临床综合判断结果符合率为83.3%，传统实验室培养结果与临床综合判断结果符合率为33.3%，差异有统计学意义(P＝0.008)。有50.0%(9/18)的患者根据mNGS检测结果调整治疗方案，44.4%(8/18)的患者经调整治疗后病情好转。Kaplan-Meier生存分析显示mNGS组患者总生存时间较对照组显著延长，差异有统计学意义(P＝0.031)，其中mNGS组患者30 d、180 d、360 d生存率明显高于对照组(P值均<0.05)。单因素Cox回归分析发现外周血白细胞计数、C反应蛋白、降钙素原、血清白蛋白、乳酸脱氢酶、氧合指数、丙种球蛋白使用、mNGS检测均与ILD伴感染患者生存时间有关(P值均<0.05)；多因素Cox回归分析显示血清乳酸脱氢酶水平(HR＝1.01，95% CI：1.00~1.01，P＝0.001)和mNGS检测(HR＝0.12，95% CI：0.02~0.98，P＝0.048)是ILD伴感染患者生存的独立预测因素。结论mNGS检测可以及时准确地明确ILD伴感染患者致病原，指导临床医师合理进行抗感染治疗，从而提高患者的生存率，改善患者预后。

简介：摘要肺孢子菌肺炎是免疫低下人群中常见的机会性感染，易造成进行性缺氧、急性呼吸衰竭，病死率较高。肺孢子菌肺炎的临床表现没有特异性，快速、准确的微生物学诊断对于早期治疗、改善预后极其重要。近年来研究显示，宏基因组学二代测序技术可应用于肺孢子菌检测，具有快速、全面、灵敏度高等优点，其诊断价值值得进一步研究、探讨。

简介：摘要目的分析北京市一株人呼吸道合胞病毒(human respiratory syncytial virus, HRSV)A亚型全基因组序列的变异和遗传特征。方法对北京友谊医院住院儿童鼻咽抽吸物样本核酸进行二代测序，获得了一株HRSV A亚型全基因组序列，与其他相关参考株构建系统发生树，并对主要蛋白编码区进行同源性分析、单核苷酸多态性分析以及N-糖基化位点预测。结果系统发生树和同源性分析结果提示，本研究获得的HRSV病毒株(RSVA/Beijing-China/2017)属于A亚型ON1基因型。核苷酸和氨基酸变异分析表明G蛋白、F蛋白和L蛋白变异性较大。氨基酸变异位点分析显示G蛋白第142位发生了氨基酸替换(L142S)。F蛋白P27肽中(110-136aa)有一处氨基酸替换(S105N)，在抗原位点Ø(62-69aa和196-210aa)中也发生了氨基酸替换(C69Y)。N-糖基化位点预测发现该毒株的F蛋白N-糖基化位点有5个，G蛋白N-糖基化位点有4个。结论本研究所得的HRSV毒株属于A亚型ON1基因型，G蛋白、F蛋白和L蛋白变异较大，G和F蛋白共发生22处氨基酸替换。

简介：摘要目的对1例表现为精神发育迟滞、语言运动发育迟缓的患儿进行临床及遗传学分析。方法对患儿进行常规染色体G显带核型以及高通量测序分析，对疑似致病变异进行Sanger测序验证和生物信息学分析。结果患儿ASXL3基因存在c.4090G>T(p.Gly1364X)杂合变异，其父母均未携带相同变异，为新生变异。结论ASXL3基因c.4090G>T(p.Gly1364X)变异可能是患儿的遗传学病因。

简介：摘要宏基因组高通量测序技术通过对临床样本中微生物和宿主核酸的测序分析，可以无偏倚地检测多种病原微生物，正在逐渐应用于临床感染性疾病病原检测，然而业界对该技术的临床适应证、实验流程、质量管理、性能验证和报告解读等方面仍有困惑。中华医学会检验医学分会临床微生物学组、中华医学会微生物学与免疫学分会临床微生物学组、中国医疗保健国际交流促进会临床微生物与感染分会组织专家对上述问题进行了讨论并撰写了专家共识，对一些关键问题给出了推荐意见和处理方法，希望有益于业界的良性互动，促进该技术规范和发展，为临床抗感染诊治提供帮助。

简介：摘要目的研究成年寻常型银屑病患者和健康人群之间肠道微生物的差异。方法采集2017年9月至2018年2月于中国医学科学院皮肤病医院确诊的22例寻常型银屑病患者和23例健康对照者粪便样本，提取肠道菌群总DNA扩增，并采用二代16S rRNA基因靶向测序技术测序，分析菌群多样性及菌群分布。对照Silva数据库进行物种注释及分类，采用秩和检验分析各层级样本物种差异；采用QIIME软件（Version 1.9.1）计算OTU数目及α多样性主要指数（Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数），t检验分析指数差异；PCoA分析反映样本β多样性差异，置换多元方差分析两组群落组成结构差异；秩和检验及LEfSe分析评估物种差异。结果银屑病组OTU数目（147.55 ± 57.07）与健康对照组（148.96 ± 50.45）比较，差异无统计学意义（t = 0.088，P = 0.930）。银屑病组Shannon指数（4.08 ± 0.80）、Chao1指数（169.52 ± 63.17）、Simpson指数（0.87 ± 0.07）与健康对照组（分别为4.11 ± 0.94、175.36 ± 53.59、0.86 ± 0.90）比较，差异均无统计学意义（t = 0.12、0.34、0.27，均P > 0.05）。PCoA分析银屑病组与健康对照组的第一主成分差异为49.8%，第二主成分差异为15.62%，置换多元方差分析显示两组间β多样性差异有统计学意义（P = 0.011）。银屑病组与健康对照组有差异的菌群包括在银屑病组中显著升高的厚壁菌门、梭菌纲、梭菌目，丹毒丝菌目、丹毒丝菌科，健康对照组中显著升高的艾普西隆变形杆菌纲、弯曲杆菌目、弯曲杆菌科、弯曲杆菌属，拟杆菌目、拟杆菌科。结论寻常型银屑病患者与健康人的肠道菌群存在一定差异，肠道菌群有可能成为寻常型银屑病的潜在生物标志物。

简介：摘要目的明确长沙地区GJB2或SLC26A4基因单杂合变异新生儿携带其他变异位点的情况，探究该地区耳聋基因的变异谱。方法应用Sanger测序技术对462例携带GJB2和(或)SLC26A4基因单杂合变异的新生儿进行耳聋相关基因的外显子测序，结合数据库和文献检索，综合分析变异位点的致病性。结果在305例GJB2杂合变异者中，有143人(46.49%)携带其他变异位点，其中29人(9.51%)携带c.109G>A可能致病变异，1人(6.48%)携带c.551G>A致病变异。在153例SLC26A4杂合变异者中，2人(1.31%)携带c.281C>T变异，1人(0.65%)携带c.1547_1548ins致病变异。在4例同时携带GJB2和SLC26A4变异的新生儿中，2人分别携带c.109G>A和c.844T>C(临床意义不明)变异。结论长沙地区携带GJB2和SLC26A4单杂合变异的新生儿中，其他变异位点的携带率较高，应用Sanger测序技术对耳聋基因杂合变异进行检测，能够有效提高耳聋高风险新生儿的检出率，丰富耳聋基因的变异谱。

简介：摘要目的探讨基于假体周围组织的宏基因组二代测序技术（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）在关节置换术后假体周围感染（periprosthetic joint infection，PJI）的诊断效率和价值。方法回顾性分析2019年6月至2020年6月接受髋或膝关节翻修术33例患者的病历资料。诊断为PJI的病例设为感染组共21例，男9例，女12例；年龄（59.14±14.55）岁（范围：28~84岁）；膝关节17例，髋关节4例；体质指数（body mass index，BMI）为（23.7±2.8） kg/m2（范围：17.7~29.4 kg/m2）。诊断为假体无菌性松动的病例设为对照组共12例，男4例，女8例；年龄为（53.08±10.05）岁（范围：39~70岁）；膝关节4例，髋关节8例；BMI为（25.2±2.9） kg/m2（范围：18.3~31.2 kg/m2）。收集所有病例关节液和组织微生物培养的结果，收集所有病例mNGS检测假体周围组织的结果。比较微生物培养和mNGS检测对膝或髋关节PJI诊断的敏感性和特异性，总结和比较两种技术检出致病菌的种类，比较取样前2周内抗生素的使用对两种技术检出率的影响。结果感染组21例中mNGS共检出13例阳性，微生物培养共检出6例阳性。对照组12例中mNGS仅检出1例阳性，微生物培养结果均为阴性。在PJI的诊断中，mNGS敏感性（61.9%）与微生物培养（28.6%）的差异有统计学意义（χ2=4.71，P=0.03）；mNGS特异性（91.7%）与微生物培养（100%）的差异无统计学意义（χ2=1.04，P=0.31）。在2周内有抗生素暴露的PJI病例中，mNGS阳性率（53.8%）明显高于微生物培养（15.4%），差异有统计学意义（χ2=4.25，P=0.04）；而在2周内无抗生素暴露的PJI病例中，mNGS阳性率（66.7%）与微生物培养（44.4%）的差异无统计学意义（χ2=0.90，P=0.34）。在致病菌检出上，mNGS共检出9种细菌（金黄色葡萄球菌、科氏葡萄球菌、奥斯陆莫拉菌、痤疮丙酸杆菌、毗邻颗粒链菌、表皮葡萄球菌、结核分枝杆菌、里昂葡萄球菌、脆弱拟杆菌）和2种真菌（烟曲霉菌、近平滑念珠菌）；微生物培养共检出3种细菌（金黄色葡萄球菌、卡他莫拉菌、结核分枝杆菌）和1种真菌（近平滑念珠菌）。mNGS和微生物培养均为阳性的患者共5例，3例检出完全一致的致病菌（金黄色葡萄球菌、结核分枝杆菌、近平滑念珠菌），1例部分一致（mNGS检出更多致病菌），1例完全不同。另外，mNGS在3例结核性PJI的诊断中表现出100%的特异性和敏感性，优于微生物培养。结论基于假体周围组织的mNGS检测技术是诊断PJI和确定致病菌的有效手段。取样前抗生素暴露对mNGS技术检出效力的影响小于微生物培养。

简介：摘要目的用单基因组测序技术分析HIV-1感染者体内基因型耐药动态变化，了解耐药相关突变发生特征。方法对4例抗逆转录病毒治疗失败病例及其基线冻存血浆样本进行标准基因型耐药检测和共享测序。采用倍比稀释法进行pol基因片段单基因组扩增和测序(SGS)，分析准种变异和耐药动态变化特征。获得的基因序列用斯坦福大学HIV耐药数据库判断基因型耐药及耐药程度解析。结果NA2302-00病例存在传播性耐药突变(TDR，M184//G190A突变型)，在治疗5个月后突变位点增多并导致治疗失败。3例未检测到TDR，但是CD4细胞计数均低于200个/μl，在治疗4～6个月后出现获得性耐药和治疗失败。所有病例均对所服用的拉米夫定和依非韦伦药物存在高度耐受，2例对替诺福韦高度耐受。从4个病例的治疗基线和失败两个采样时间点血浆样本中共获得291条pol基因SGS序列。2个无TDR的病例基线样本SGS序列存在劣势耐药相关突变(2.4%～2.9%)，但这些突变在随访样本中未检测到。NA2302-00的27条SGS序列均检测到该TDR突变型。治疗失败样本SGS序列表现出复杂的准种变异，进化为不同耐药突变型。2个病例的治疗失败样本SGS序列突变型为1～2个，另2个病例分别有4和13个突变型，>20%优势毒株突变型各2个。4个病例在更换蛋白酶抑制剂为主的二线药物后，维持较好的病毒抑制效果。结论单基因组测序可以揭示感染者体内毒株准种变异和耐药发生特征。在药物选择压力下，感染者体内病毒发生适应性进化，产生复杂的耐药相关突变模式，尤其需要加强艾滋病期感染者治疗第一年的随访和监测。

简介：摘要目的了解不同年龄段婴幼儿重症肺炎的病原体分布，为儿童重症肺炎早期诊断、精准治疗提供依据。方法应用宏基因组测序技术对2019年4月至2020年1月入住本院PICU的重症肺炎患儿肺泡灌洗液进行病原学检测，并对结果进行分析。结果77例重症肺炎儿童肺泡灌洗液病原检测阳性73例，总阳性率94.8%。小于6个月年龄组以呼吸道合胞病毒为主，占比15.3%；6个月～2岁和2～5岁组均以腺病毒7型为主，占比分别为30.4%和46.0%；大于5岁组以肺炎支原体为主，占比33.0%。结论广东地区儿童重症肺炎病原菌在6个月以下仍以呼吸道合胞病毒为主，经生殖道产时感染比例在此年龄段亦较高。6个月～5岁以腺病毒7型常见，大于5岁则以肺炎支原体常见。

简介：摘要目的利用宏基因二代测序(mNGS)技术，检测其和传统培养法的区别，探讨病原微生物及检出序列数与感染患者病情程度和预后的相关性。方法选取2018年5月至2019年9月在上海市第十人民医院就诊的94例患者样本。分别进行传统培养和mNGS检测，对2种技术的诊断效果、假阳性率、假阴性率进行了分析。然后收集感染组75例患者的血液标本和临床信息，根据mNGS是否检出病原体将患者分为检出组(51例)和未检出组(24例)。测定外周血白细胞、C反应蛋白、降钙素原和中性粒细胞计数，用酶联免疫吸附试验法测定血清中细胞因子的浓度。分析患者病原体检出率与病情严重程度、住院时间等相关性分析。结果纳入的94例样本中，感染组75例(79.79%)，非感染组16例(17.02%)，未知组3例(3.19%)。样本类型中血液占比最多(34/94)，其次为肺泡灌洗液(28/94)、组织、痰液、胸水、脓液等。下呼吸道感染所占比例最高(60/94)，其次是血流感染、胸水、中枢系统感染、心血管系统感染等。mNGS的敏感度显著高于培养法(χ2＝－223.107，P<0.05)。mNGS的特异度与培养法差异无统计学意义(χ2＝3.840，P＝0.05)。感染未检出组患者住院时间也明显高于检出组(t＝4.724，P<0.05)。单因素分析发现检出组患者外周血白细胞计数、中性粒细胞计数、C反应蛋白、降钙素原显著高于未检出组(t值分别为－8.848、－4.724、－4.335、－4.335，P值均<0.05)；检出组中肿瘤坏死因子α、白细胞介素2R、白细胞介素8水平均高于未检出组(t值分别为－5.585、－7.258、－4.678，P值均<0.05)。logistic多因素回归分析去除混杂因素后，显示性别、年龄、白细胞介素2R与病原体检出阳性有关。结论mNGS在结核、真菌、病毒和厌氧菌诊断方面优势更明显，其阳性率高于传统方法3倍以上。感染患者的病原体检出率较高，其检出病原体核酸序列是患者预后不良的高危因素，有显著的临床价值。

简介：摘要目的探讨儿童重症监护病房(PICU)重症结核病(TB)患儿的临床特点和宏基因组二代测序(mNGS)在诊断中的可行性。方法回顾性分析2018年1月至2020年12月安徽省儿童医院PICU收治的3例重症TB患儿的临床资料和mNGS检测结果，并在中国知网、万方、维普和PubMed数据库中检索应用mNGS诊断的儿童TB，检索时间均为建库至2021年3月，复习相关文献。结果1．在3例患儿中，男2例，女1例。3例均有发热。1例患有X-连锁重症联合免疫缺陷病(X-SCID)。3例患儿抗酸染色、结核菌素纯蛋白衍生物(PPD)皮肤试验和结核感染T细胞斑点试验(T-SPOT.TB)均阴性，经mNGS早期诊断。2例转专科抗结核治疗好转出院。2.共检索到3篇文献，报道7例TB患儿。1例X-SCID男婴患卡介苗相关噬血细胞综合征，6例结核性脑膜炎，均采用mNGS早期检出结核分枝杆菌复合群协助诊断。结论mNGS在儿童重症TB，尤其是免疫抑制患儿的快速病原诊断方面具有一定应用前景，有助于优化早期诊断和抢先治疗，以改善预后。

简介：摘要目的探讨肾移植术后肺部感染病原学特点和宏基因组二代测序技术(mNGS)的诊断价值。方法选取2018年1月至2021年1月在西安交通大学第一附属医院肾移植科确诊的40例肺部感染受者，并通过常规病原体检测方法和mNGS明确病原体。常规病原体检测方法包括：血培养、支气管肺泡灌洗液(BALF)和痰培养及涂片染色、肺部组织病理、抗原检测和PCR等，mNGS则进行BALF检测寻找病原体。通过比较两种检测方法的结果，给予精准抗感染治疗，并对其临床资料进行回顾性分析。结果最终36例受者治愈出院，4例死亡。40例肺部感染受者，BALF的mNGS病原体检测呈阳性者37例，阴性3例，其检测敏感性92.5%，其中单一型肺部感染15例，混合型肺部感染22例，包括8例以细菌感染为主，9例病毒感染为主和20例真菌感染为主，耶氏肺孢子菌(20/40，50%)和人巨细胞病毒(10/40，25%)是最为常见的病原体。相比之下，通过常规病原体检测方法阳性者12例，检出率仅为30%，两种检测方法差异有统计学意义(χ2＝32.92，P<0.05)；对于混合型肺部感染两种检测方法诊断率分别为55%和10%，两者差异具有统计学意义(χ2＝18.46，P<0.05)，而单一型肺部感染诊断率分别为30%和20%，两者差异无统计学意义(χ2＝2.99，P>0.05)。结论与常规病原体检测方法相比，mNGS在病原体种类和分布、检测时效、敏感性、混合型感染诊断率及受益等方面更具优势，利用mNGS可更加高效寻找肾移植术后肺部感染的病原体，采取精准化治疗，减少费用，提高治愈率，值得广泛推广应用。

简介：摘要目的探讨基于下一代测序技术的基因组拷贝数变异测序（CNV-seq）联合染色体核型分析技术在产前诊断中的应用价值。方法将2019年1月至2020年6月在大连市妇女儿童医疗中心进行产前诊断的329例孕妇的羊水标本送检进行染色体核型分析，同时行CNV-seq检测，比较两种方法的检测结果。结果CNV-seq联合染色体核型分析技术共检出异常染色体53例，异常检出率为16.11%（53/329），其中26例检测结果一致，分别为22例非整倍体、2例结构异常以及2例嵌合体；CNV-seq检出23例核型分析漏检的染色体拷贝数变异（CNVs），包括17例微缺失、6例微重复；染色体核型分析检测出4例CNV-seq漏检的染色体结构异常，包括3例平衡易位、1例倒位。结论CNV-seq在检测微小CNVs片段方面具有明显优势，可弥补核型分析在分辨率方面的不足；CNV-seq联合染色体核型分析可以提高异常染色体检出率，对产前诊断具有重要的　意义。

简介：摘要猪链球菌是一种人畜共患的兼性厌氧性革兰阳性菌，人感染猪链球菌最常见的是脑膜炎和败血症，可导致链球菌性中毒性休克样综合征而迅速死亡。猪链球菌脑膜炎确诊需要脑脊液及血液培养确诊，培养阳性率低下是导致病情延误的原因。宏基因组二代测序技术可以快速、准确地识别致病性病原体，为中枢神经系统感染性疾病的有效诊治提供条件。本文报道一例宏基因组二代测序确诊猪链球菌脑膜脑炎患者。

简介：摘要目的探讨纳米孔测序对2例非经典型21-羟化酶缺乏症（NC 21-OHD）患者基因诊断的性能及应用。方法2例NC 21-OHD患者于2019年5月就诊于郑州大学第一附属医院，收集其临床资料，采集患者及其父母外周血并提取基因组DNA，应用纳米孔测序技术和生物学信息分析患者的基因变异情况，进一步通过一代测序对患者检测到的致病性CYP21A2基因变异进行验证。结果患者1平均测序读长12 792 bp，测序深度27.19 ×，携带CYP21A2基因c.293-13C>G/c.844G>T（p.Val282Leu）复合变异。患者2平均测序读长13 123 bp，测序深度21.34 ×，携带CYP21A2基因c.332_339delGAGACTAC（p.Gly111Valfs）/c.844G>T（p.Val282Leu）复合杂合变异。进一步验证显示，例1的c.293-13C>G变异遗传自父亲，c.844G>T（p.Val282Leu）遗传自母亲；例2的c.844G>T（p.Val282Leu）遗传自父亲，c.332_339delGAGACTAC（p.Gly111Valfs）遗传自母亲。2例患者基因检测均符合非经典型先天性肾上腺皮质增生临床表型。结论CYP21A2基因复合杂合突变是两例非经典型21羟化酶缺陷症患者的病因，纳米孔测序为其基因诊断提供新的检测方法。

简介：摘要目的探讨基于下一代测序技术的基因组拷贝数变异测序（CNV-seq）联合染色体核型分析技术在产前诊断中的应用价值。方法将2019年1月至2020年6月在大连市妇女儿童医疗中心进行产前诊断的329例孕妇的羊水标本送检进行染色体核型分析，同时行CNV-seq检测，比较两种方法的检测结果。结果CNV-seq联合染色体核型分析技术共检出异常染色体53例，异常检出率为16.11%（53/329），其中26例检测结果一致，分别为22例非整倍体、2例结构异常以及2例嵌合体；CNV-seq检出23例核型分析漏检的染色体拷贝数变异（CNVs），包括17例微缺失、6例微重复；染色体核型分析检测出4例CNV-seq漏检的染色体结构异常，包括3例平衡易位、1例倒位。结论CNV-seq在检测微小CNVs片段方面具有明显优势，可弥补核型分析在分辨率方面的不足；CNV-seq联合染色体核型分析可以提高异常染色体检出率，对产前诊断具有重要的　意义。