地方本科高校转型发展的方向是建设应用型大学。中世纪大学以及英美高等教育发展的历史表明，应用性是大学与生俱来的鲜明特征，应用型大学则是科技进步和经济社会发展到特定阶段的必然产物。在知识生产模式转型的意义上，当今所有的大学都面临应用转型任务。这一新的高等教育谱系的左端是理论为主型院校，右端是实践为主型院校，中间是理实结合型院校。培养高层次的“应用型人才”已经成为各级各类高等教育共同面对的时代课题。从狭义上理解，应用型大学既不是高等教育系统中的一个特定层级，也不是一种大学的称谓，而是一类大学的集合。这类大学有国别、办学层次、发展模式以及名称上的差异，但都具有与纯粹学术研究相对的显著的“应用性”特征。当前地方本科院校转型的主要障碍来自高等教育的系统性缺陷、非完全理性的计划管理体制和高等教育理论研究本身的孱弱。因此必须站在健全高等教育系统的高度，完善顶层设计，增加高等教育系统的开放性和融通性，尊重大学的理性和逻辑，改善理论研究的品格和质量，培育良好的高等教育生态，让各类高校在应用转型的道路上自主抉择，自主发展。
