仓单质押对出质人的效力，主要表现为出质人对仓储物处分权受到限制。仓单作为一种物权证券，是提取仓储物的凭证，取得仓单意味着取得了仓储物的所有权。但仓单一经出质，质权人即占有出质人交付的仓单，此时质权人取得的并不是仓储物的所有权而仅为质权，而出质人则暂时丧失了对仓单的占有，尽管其对仓储物依然享有所有权，但若想处分该仓储物，则 自然 会受到限制。出质人若想对仓储物进行处分，应当向质权人另行提供相应的担保，或者经质权人同意而取回仓单，从而实现自己对仓储物的处分权。
仓单质押对中间服务人的效力主要体现为协助、保证质押合同的顺利执行。对此，质押合同可以有不同的规定，交易所、经纪公司、指定交割仓库主要为仓单的转移、登记、冻结及解冻提供服务。回购担保方主要为质押合同的执行提供保证，出质人不能在合同到期履行质押合同时，回购担保方应先期履行并取得相应的追索权。
质押权利生效的方式有权利凭证登记生效和权利凭证移交生效两种形式。依据质押权利生效的方式，质权人根据风险控制的需要，可以签订多方协议。
(一)银行与期货经纪公司和借款人签订三方协议的方式
这类做法主要适用于无纸化的标准仓单，仓单通过等级升贴水、地区升贴水的调整，在交易所注册成为标准化的仓单，仓单持有人可以自主地选择仓库提货，标准仓单与指定交割仓库不存在一一对应关系。其操作方式为：1．三方签订协议，明确三方的权利与义务；2．质押权利凭证的登记；3．银行发放贷款；4．质押期结束时收回贷款本息或处置仓单。该方式中的焦点是仓单的转移，银行能否真正拥有仓单或拥有仓单的处置权，对于银行来说至关重要。办理财产的过户，即出质登记，当前面临着一个技术上的难题，仓单进行出质登记，我国还没有法规或者条例明确办理仓单质押登记手续的机构，因此这个政策上的缺陷将使商业银行开展业务时变得困难，而采用一些变通 方法 很可能存在争议，为可能出现的纠纷埋下伏笔，商业银行贷款的质押品不能有效确认保全，风险就会随之而来。 目前 ，可行的有效方式有三种：借款人授权，期货经纪公司协助到交易所冻结仓单，仓单的处置权归银行所有；银行在交易所开设会员特别席位，仓单的所有权过户到银行名下；银行在期货经纪公司开立法人账户，通过仓单过户，实现仓单真正意义上的占有。
(二)银行与借款人、期货经纪公司、交割仓库签订四方协议
这类做法主要适用于有纸化的标准仓单。这类仓单与其代表的货物一一对应，可以背书转让，其主要操作步骤是： 1．四方签订协议，明确四方的权利与义务；2．质押权利凭证的过户登记；3．银行发放贷款；4．质押期结束时收回贷款本息或处置仓单。对于有纸化的标准仓单，登记过户在交割仓库，交割仓库对仓单质押所有权的转移至关重要。
在上述模式中，作为保证质押合同顺利进行的中间人，应依据质押权利生效方式的不同，以及质押合同的操作成本合理的取舍，如回购担保方，是在出质人不能按质押合同按时足额偿付本息时，回购担保方首先要按合同替出质人代为偿付本息，然后取得质押物的处置权，回购担保方的存在，为维护质权人的利益上了一道保险，但势必增加出质人的贷款成本，提高了质押贷款的门槛。
仓单质押的实行，也就是质权人在主债权已到清偿期而出质人未履行时，依法对质押标的进行处分并优先受偿自己到期债权的行为。仓单质押担保的最终目的和最主要的功能即在于以此种担保来确保债权人的债权能够如期获得清偿，因而，在债权人的债权到期不能获得清偿时，质权人有必要实行质权以实现仓单质押担保的目的和功能。也正因如此，在仓单质押时，质权人所享有的质权实行权应当是仓单质押的最主要效力。仓单质押的实行应当依法进行。依据我国《担保法》第71条的规定，债务履行期届满质权人未受清偿的，可以与出质人协议以质物折价，也可以依法拍卖、变卖质物；质物折价或者拍卖、变卖后，其价款超过债权数额的部分归出质人所有，不足部分由债务人清偿。也就是说仓单质押的实行方法包括折价、拍卖、变卖三种方式。需要指出的是质权人在质权存续期间，未经出质人同意，擅自使用、出租、处分质物，因此给出质人造成损失的，由质权人承担赔偿责任，质权人只有占有权，除另有约定外，不得使用质物。另外，我国《担保法》对流质契约作出了禁止性规定：“出质人和质权人在合同中不得约定在债务履行期届满质权人未受清偿时，质物的所有权转移给质权人所有。”
