简介：摘要目的建立转座子突变文库，筛选高毒力肺炎克雷伯菌(hypervirulent Klebsiella pneumoniae, hvKp)的新毒力基因。方法构建转座子突变文库，血清处理，通过转座子测序(transposon sequencing, Tn-seq)比较分析血清处理前后各基因突变株在文库中丰度变化，并对筛选出的基因进行KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)注释和富集分析。结果以处理后丰度低于初始丰度20%为界，共筛选出405个基因，其中351个基因在HS11286、NJST258_1、NTUH-K2044和RJF293等4株参考菌株中保守存在，占86.7%，10个基因为NTUH-K2044和RJF293两株高毒力株共有而低毒力株HS11286和NJST258_1缺失；荚膜多糖基因簇中基因如糖基转移酶基因wzy、聚集蛋白基因wzi、荚膜转运蛋白基因wza等突变株在血清处理后不能检出，气杆菌素、沙门氏菌素等铁载体基因簇在各文库中的丰度变化不超过1倍；KEGG注释结果显示，注释最多的基因为参与氨基酸代谢、辅助因子和维生素代谢、碳水化合物代谢等。结论Tn-seq是功能基因筛选的可靠方法，本研究成功筛选出405个hvKp的候选新毒力基因，为后续深入研究hvKp的新毒力基因功能和调控机制提供实验依据。

简介：摘要目的探讨低深度全基因组拷贝数变异测序(CNV-seq)在高危孕妇产前诊断中的应用价值。方法选取2018年7月至2019年11月于本院就诊的271例高危孕妇为研究对象。根据无创产前检测(NIPT)的结果，将271例高危孕妇分为NIPT阳性组(n＝83)和其他异常组(高龄、唐筛高风险、NIPT两次检测失败、不良孕产史、超声提示异常、自身表型异常)(n＝188)，应用CNV-seq技术对两组孕妇进行羊水细胞DNA的拷贝数变异(CNVs)检测，同时进行羊水细胞染色体核型分析，将二者的结果进行比对。结果在271例孕妇中，CNV-seq共检出致病性CNVs 56例(20.66%)，核型分析共发现染色体畸变52例(19.19%)，二者差异有统计学意义(P<0.05)。CNV-seq检测发现两组的CNVs的分型和分布差异具有统计学意义(P<0.05)。与NIPT阳性组相比，其他异常组的可能致病和意义未明CNVs的占比[2.41%(2/83) vs. 5.32%(10/188)]显著偏高(P<0.05)。结论可将CNV-seq作为高危孕妇的一线产前诊断方法，并作为羊水细胞染色体核型分析的补充诊断工具。因其他异常因素就诊的NIPT阴性高危孕妇中，可能致病及意义未明的CNVs的检出率偏高。

简介：摘要目的探讨先天性唇腭裂与染色体拷贝数变异(copy number variation，CNVs)的关系及筛选可疑候选基因。方法采用拷贝数变异测序(CNV sequencing，CNV-seq)技术对先天性唇腭裂外周血或羊水标本进行全基因组CNVs检测。结果42例样本检测成功率100%，共检出5例致病性CNVs(11.9%)，均发生在综合征型唇腭裂(22.7%，5/22)，非综合征型唇腭裂未检出致病性CNVs(0，0/20)，差异具有统计学意义(P＝0.023)。本研究共检出7个致病性CNVs，分别为14q32.31q32.33微缺失、18q21.31q23微缺失、4p16.3p14微缺失、18q22.1q23微重复、5p15.33微缺失、9p24.3p13.2微重复和17q12微缺失。在检出的致病性CNVs区间，共筛选出5个可能与唇腭裂相关的可疑候选基因，分别为BRF1、TXNL4A、FGFR3、NSD2和BNC2。结论先天性唇腭裂的发生与染色体CNV密切相关，本研究发现5个可能与唇腭裂相关的候选基因。

简介：摘要RNA-seq技术是一种使用深度测序技术的转录组学分析方法，利用高通量下一代测序技术来调查、表征和量化转录组，可以迅速全面检测某一物种特定组织特定细胞在某一状态下的几乎所有的转录本和基因序列，已广泛应用于基础研究、临床诊断以及药物研发等领域。多项研究证实其测量精度可与微阵列和定量聚合酶链式反应相媲美。RNA-seq技术可以准确检测在糖尿病视网膜病变(DR)的发病机制中发挥重要作用的mRNA和非编码RNA。利用这一技术研究DR的基因调控及分子机制，有助于寻找DR早期诊断和预测预后的生物标志物，全面系统的研究并分析特定生物学过程中的分子作用机制并寻找新的治疗靶点，对DR的基础研究和临床治疗都将具有重要意义。本文从RNA-seq技术的优势、测序平台的选择、文库制备和数据分析3个方面对该技术进行全面系统的阐述，并对该技术在DR中取得的进展进行总结和分析。

简介：摘要目的：探讨晚期离焦识别的分子机制。方法：实验研究。将30只7 d龄白来航鸡随机分为负镜组、正镜组和对照组，分别给予雏鸡右眼-10 D/+10 D/0 D透镜诱导，干预时间为6 d。所有动物均在光学干预前后测量屈光度、眼轴和后极部各组织厚度等生物学参数。采用单因素方差分析对数据进行分析。眼球生物学参数测量完毕后分离眼后极部组织，提取RNA，应用RNA-seq技术筛选差异表达基因，并对其进行GO功能注释、KEGG通路分析及PPI网络分析，观察离焦干预对雏鸡后极部各组织转录组的影响。结果：负镜组、正镜组雏鸡的屈光度、眼轴长度以及脉络膜厚度，与对照组相比，差异具有统计学意义（P<0.05）；以P<0.05和|log2FC|>1为筛选标准，负镜组与对照组相比，视网膜有203个差异表达基因，脉络膜有757个差异表达基因，巩膜有1 509个差异表达基因；正镜组与对照组相比，视网膜有191个差异表达基因，脉络膜有378个差异表达基因，巩膜有1 918个差异表达基因。与对照组比，负镜组与正镜组的重叠基因除LOC121112941外均表现出相同的差异表达趋势，GO分析通路存在50%以上重合，KEGG分析视网膜水平的重叠通路是花生四烯酸代谢、酪氨酸代谢和视黄醇代谢；脉络膜水平的重叠通路是内质网中的蛋白质加工，精氨酸和脯氨酸代谢和视黄醇代谢；巩膜水平的重叠通路则为细胞粘附分子、ECM-受体相互作用、粘着斑、细胞因子-细胞因子受体相互作用、硫代谢、糖胺聚糖生物合成-硫酸软骨素/硫酸皮肤素、Toll样受体信号通路、TGF-β信号通路和MAPK信号通路。通过PPI蛋白互作网络分析鉴定出离焦识别过程中各组织的关键基因。结论：本研究在转录组水平上筛选出晚期离焦识别过程的绝大多数重叠基因保持着相同的上调或下调表达趋势，不同方向的离焦信号可能诱导部分通路的相似变化。

简介：摘要目的探讨低深度全基因组高通量测序技术(low-coverage massicely parallel copy number variation sequencing, CNV-seq)在产前超声提示侧脑室增宽胎儿产前诊断中的应用价值。方法回顾性分析186例侧脑室增宽胎儿的产前CNV-seq结果。根据侧脑室增宽是否伴随其他超声异常，分为孤立性123例和非孤立性63例。结果CNV-seq共检出染色体异常21例(11.29%，21/186)，包括数目异常3例(2例21-三体和1例克氏综合征)和结构异常18例，结构异常中包含9例致病性CNVs，其中4例来源于孤立性侧脑室增宽胎儿(4/123，3.3%)，5例来源于非孤立性侧脑室增宽胎儿(5/63，7.9%)。孤立性侧脑室增宽胎儿中检出染色体异常13例(13/123，10.6%)，非孤立性中检出8例(8/63，12.7%)。结论CNV-seq在侧脑室增宽胎儿的染色体异常检出率较高，尤其在非孤立性侧脑室增宽病例中检测出CNVs及其存在致病性的概率更高。

简介：无

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简介：摘要目的明确低深度高通量全基因组拷贝数变异测序（CNV-seq）发现的胎儿携带的DMD基因部分重复变异的致病性，为其遗传咨询及产前诊断提供依据。方法对2例染色体异常高风险的孕妇分别抽取羊水，提取羊水和外周血基因组DNA，应用CNV-seq技术检测胎儿DNA，并应用多重连接探针扩增（MLPA）技术验证DMD基因的重复情况。通过数据库及家系验证分析DMD基因重复片段的致病性。结果2例胎儿通过CNV-seq分别检出Xp21.1存在大小为1.38 Mb和0.36 Mb的重复，经MLPA验证分别覆盖DMD基因5′端非编码区的第1~11外显子和3′端非编码区的第64~79外显子。经家系验证，两家系中均有临床表现正常的男性携带相同的DMD基因部分重复变异，结合数据库和家系分析，此2例DMD基因重复变异为多态性变异的可能性大，2例男性胎儿均继续妊娠并足月分娩，随访无DMD基因变异的临床表现。结论CNV-seq技术可以检测出大片段缺失或重复的DMD基因变异，但需结合家系及常规基因检测进一步分析并验证其致病性，特别是包含DMD基因第1或第79外显子的重复变异，以免误诊。

简介：摘要目的分析7例低深度全基因组测序(copy number variation sequencing，CNV-seq)检出仅涉及NRXN1基因的2p16.3杂合缺失胎儿的遗传学检查结果、拷贝数变异(copy number variation, CNV)来源及妊娠结局，为产前诊断和遗传咨询提供依据。方法7例产前诊断样本均通过CNV-seq检测发现2p16.3杂合缺失，进一步通过实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR，qPCR)进行验证，明确涉及的NRXN1基因缺失的具体区域，并对CNV进行父母验证和妊娠结局的随访。结果在16 502例样本中共检出7例胎儿染色体2p16.3区存在120 ~ 900 kb的微缺失，发生率为0.424‰。该区域主要位于2号染色体的50 200 000-51 880 000位置，仅覆盖了NRXN1基因。qPCR验证了7例胎儿的CNV，其中2例涉及NRXN1基因第1 ~ 6外显子杂合缺失，1例涉及第1 ~ 19外显子杂合缺失，1例涉及第19 ~ 22外显子杂合缺失，3例涉及第6 ~ 7内含子杂合缺失。亲代验证发现父源性1例，母源性1例，新发2例，其余3例拒绝亲代验证。经随访，除1例引产，1例尚未出生外，其余5例均健康出生，年龄5个月~ 3岁，均未发现NRXN1相关的精神发育异常。结论CNV-seq检出7例胎儿涉及NRXN1基因的2p16.3杂合缺失，经qPCR验证NRXN1基因的具体缺失位置，通过结合CNV来源、家系分析以及妊娠结局，对每个家庭进行了个体化的遗传咨询及生育指导。

简介：摘要目的评估低深度全基因组拷贝数变异测序技术(copy number variation sequencing, CNV-seq)在胎儿肠管回声增强(echogenic fetal bowel, EB)孤立型及合并其他超声软指标(合并型)中的诊断价值及遗传病因分析，为临床遗传咨询提供指导。方法以2017年12月至2021年6月就诊于本中心共163例为研究对象。采集羊水(162例)或绒毛(1例)进行CNV-Seq检测，结合生物信息学分析其致病性CNVs情况。结果163例中共检出13例(8.0%)阳性，包括9例(5.5%)非整倍体及4例(2.4%)CNVs。其中孤立型EB组和合并型EB组阳性率分别为1.7%(1/58)和11.4%(12/105)，经卡方检验，两者存在显著差异(P<0.05)。两组中各发现一例Xp22.1重复，为女性DMD携带者，后健康出生。合并型EB组中发现9例非整倍体及2例致病性/疑似致病性CNVs，均引产。结论合并型EB胎儿的非整倍体及致病性CNVs阳性率远高于孤立型EB，且大部分终止妊娠。这提示在临床上相对于孤立型EB，需要更加关注合并型EB胎儿，及时进行产前诊断及遗传咨询。

简介：摘要目的探索拷贝数变异测序(copy number variation sequencing，CNV-seq)和核型分析在平衡易位携带者产前诊断中的应用价值。方法收集2018年5月至2019年12月在郑州大学第一附属医院同时行CNV-seq检测和核型分析的135例平衡易位携带者单胎羊水样本的病案资料，对两组数据进行对比分析。仅将明确导致出生缺陷的结果定为异常，包括染色体数目异常、大片段缺失/重复、致病性拷贝数变异(pathogenic copy number variations，pCNVs)。结果核型分析的异常检出率为4.44%(6/135)。CNV-seq的异常检出率为5.93%(8/135)，较核型分析高1.48%(2/135)。核型分析平衡易位检出率为50.37%(68/135)。结论对于平衡易位携带者，建议行羊膜腔穿刺取样后同时进行CNV-seq和核型分析检测，有利于胎儿染色体异常的全面检出及出生后的生育咨询。

简介：摘要目的评估低深度全基因组测序技术(copy number variations sequencing，CNV-seq)在鼻骨发育不良胎儿遗传学病因中的诊断价值。方法选择2017年12月至2020年12月本院发现的217例鼻骨发育不良胎儿为研究对象，分为孤立型鼻骨发育不良组及合并其他异常组，进行CNV-Seq检测，并分析拷贝数变异(copy number variations，CNVs)的情况。结果在217例胎儿中共检出40例异常，异常率为18.4%，其中包括31例非整倍体(14.3%，31/217)和9例CNVs(4.1%，9/217)。孤立组共检出5例21三体(3.5%, 5/144)和2例临床意义未明CNVs(1.4%，2/144)。合并组检出26例非整倍体(35.6%，26/73)，包括19例21三体、6例18三体及1例13三体，另发现5例致病性CNVs(6.8%，5/73)以及2例临床意义未明CNVs(2.7%，2/73)。经卡方检验，两组差异具有统计学意义(P<0.01)。结论CNV-Seq技术对于鼻骨发育不良的胎儿的染色体异常具有较高的检出率，尤其在合并其他超声异常的病例中检出非整倍体及致病性CNVs的概率更高。

简介：摘要目的借助全转录组测序(RNA-seq)技术对右眼形觉剥夺模型大鼠视皮层差异表达基因进行筛选和生物学功能分析。方法将18只14日龄SD幼鼠按照随机数字表法随机分为空白对照组和单眼形觉剥夺组，每组9只。其中单眼形觉剥夺组幼鼠采用右眼眼睑缝合方法制作单眼形觉剥夺模型，连续14 d。分别于造模前和造模后14 d记录各组大鼠右眼图形视觉诱发电位P100波的潜伏期和振幅。分别提取各组大鼠双侧视皮质组织，通过RNA-seq技术，筛选出弱视相关发病基因，利用基因本体论(GO)富集分析对上述基因进行生物学功能描述，并进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果与空白对照组相比，单眼形觉剥夺组P100波潜伏期明显延长，振幅明显下降(均P<0.05)，表明造模成功。共筛选出左侧视皮质差异表达基因40个，右侧视皮质差异表达基因63个，其中9个基因重叠。GO富集分析表明，差异表达基因主要参与转录DNA模板化、谷氨酸分泌、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录调控、蛋白磷酸化等生物学过程，参与DNA结合、ATP结合、蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性、钙离子结合、锌离子结合、磷脂酶A2活性、核酸绑定等分子功能，参与细胞内、内质网的膜等细胞组分。其中，Grm2、Pla2g2a基因的异常表达可能与视功能损伤改变过程密切相关，Grm2基因主要参与谷氨酸突触、长时程增强(LTP)、长时程抑制(LTD)等视觉信号通路过程，Pla2g2a基因主要参与α-亚麻酸代谢通路和花生四烯酸代谢通路。结论单眼形觉剥夺大鼠视觉发育敏感期内存在双侧视皮质基因的异常表达，导致视觉信号传导功能异常。基于特定响应基因调控的代谢通路改变可能是弱视发病的重要的分子生物学机制之一。