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7 个结果
  • 简介:硬酯酰辅酶A脱氢酶(Stearoyl-CoADesaturase,SCD)是参与脂肪酸脱氢反应的限速酶和关键酶,此酶编码基因SCD对增加膜磷脂的不饱和脂肪酸成分,提高细胞膜在低温下的流动性发挥重要作用,可能是抗寒过程中的关键基因成员。本研究采用cDNA末端快速扩增技术(RapidAmplificationsofcDNAEnds,RACE)克隆了鲤(Cyprinuscarpio)脑组织CcSCD基因的全长cDNA序列,采用实时荧光定量PCR技术检测该基因在低温(6℃)和常温(23℃)条件下的转录表达差异,对其蛋白编码序列的结构和功能进行了预测分析。结果显示,CcSCD基因cDNA全长2618bp,包含一个由324个氨基酸残基组成的长度为975bp的阅读框(ORF);蛋白分子进化树显示鲤的SCD和草鱼(Ctenopharyngodonidella)的SCD蛋白同源性最高,相似性达88%;实时荧光定量结果表明,低温刺激下(6℃),CcSCD基因表达水平是常温条件下(23℃)的13.9倍,差异非常显著(P〈0.01)。本研究旨在为今后构建表达载体,通过遗传操作等研究手段鉴定其抗寒功能奠定基础。

  • 标签: 硬酯酰辅酶A脱氢酶 低温 荧光定量PCR
  • 简介:本文提出DNA序列相似度指标,建立DNA序列比对算法。首先,将水生生物DNA样本序列与现有的基因库中的DNA序列逐项比对;其次,在满足特定阈值条件下,确认样本序列的分类。利用Java编程语言来实现算法,通过MonteCarlo模拟和实际应用,验证算法的有效性。理论结果表明:在满足特定阈值条件下,通过计算DNA序列相似度,能够确定数据库中与未知DNA样本序列最相似的序列,判断样本序列的分类。模拟实验、对比研究和应用结果表明:相似度指标算法在有效判别DNA序列的分类,提高DNA序列匹配成功率,降低程序复杂度等方面具有优良特征。

  • 标签: DNA序列相似度指标 水生生物 MONTECARLO模拟
  • 简介:由于广西一些养殖场频繁发生以母猪流产、死胎、木乃伊、仔猪呼吸道症状等为特征的流行性传染病,怀疑为猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染所致.广西大学动物科学技术学院黄伟坚等从病猪中采集材料,经RT—PCR检测为硝、性后,接种于Marc-145细胞,经过六代盲传,发现典型的细胞病理变化(CPE),经鉴定为PRRSV,命名为GXA株,其毒价为105.33TCID50/mL.参考VR-2332和CH-la株基因序列,设计了3对特异性引物。分别对GXA株的E、M、N基因同时进行了RT—PCR扩增、克隆和测序.应用DNAstar生物学软件拼接得到GX丸株的E,M和N3个基因片段共长为1473bp.同源性分析表明。GXA株与VR-233、MLV和RJ-4的同源性为99.7%-100%,而与欧洲型代袭株LV的同源性只有66.4%.表明GXA与VR-233、MLV和RJ-4株亲缘关系比较密切;与欧洲代表株LV亲缘关系较最远。属于美洲型毒株,有可能来源于疫苗株.

  • 标签: 序列分析 结构基因 猪繁殖与呼吸综合征病毒 克隆 细胞病理变化 同源性分析
  • 简介:设计合成两对覆盖PCV2基因组奎长的引物,对PCV2分离株S2、P11、L进行全基因测序。将所测序列与GenBank上已公布的PCV2毒株序列进行同泺性比较,并绘制系统发育进化树。结果显示。所测毒株与其它地城的24株PCV2分离株的基因组序列同源性很高。3个分离株之问的奎基因核苷酸同源性在95.4%-99.3%。序列分析表明欧洲分离株和美洲分离株分别构成PCV2的两个夫的分支:欧洲系和美洲系。S2、P11属于欧洲系,L属于美洲系。

  • 标签: 猪圆环病毒 克隆 序列测定与分析
  • 简介:分布在黑龙江上游呼玛河和额木尔河等水域的北极茴鱼一新纪录种Thymallussp,种群数量少、分布范围狭小,群体资源面临濒危。本研究采用PCR技术分析了黑龙江上游的北极茴鱼线粒体DNA控制区的序列,共获得了1104bp核苷酸全序列,与分布于勒拿河的该种茴鱼群体进行比较。结果显示:在23尾个体中共检测到3个单倍型(Hap1、Hap2,及Hap3),其中Hap3为黑龙江和勒拿河共享;利用单倍型构建的分子系统树和网络图显示,黑龙江群体可能起源于勒拿河。黑龙江上游群体的遗传多样性较低,单倍型多样性指数(0.530)和核苷酸多样性(0.00053)远低于同域分布的其它种茴鱼;黑龙江群体与勒拿河群体的Fst为38.56%(P〈0.05),已产生一定的遗传分化。

  • 标签: 北极茴鱼 D—loop遗传多样性 黑龙江上游
  • 简介:从黑龙江莱猪场疑似猪流行性腹泻猪的粪便中提取总RNA,采用RT-RCR方法扩增,首次荻得中国地方流行株PEDVM全基因序列,将其克隆到pMD18-T载体中进行测序,克隆的M基因核苷酸序烈由681个核苷酸组成,含有一个完整的开放阅读框架,编码226个氨基酸。与国外已发表的其他毒株进行基因进化分析,GenBank中的6株PEDV形成的基因进化树具有3个分支。其中分离株LJB/03形成一个独立的分支,说明LJB/03的M基因序列与其他毒株相比,发生了一定的变异。

  • 标签: 猪流行性腹泻病毒 M基因 流行株 序列分析 克隆 中国
  • 简介:用线粒体DNA的D-loop和Cytb基因序列分析方法研究了吉林延吉、敦化和辽宁法台3个区域的29尾拉氏PhoxinuslagowskiiDybowsky的遗传多样性。经PCR扩增和测序,获得了783~785bpD-loop和818bpCytb的同源序列。两者多态性遗传参数统计显示,29尾个体分别存在47(D-loop)和89(Cytb)个变异位点,分别检测出15(D-loop)和11(Cytb)个单倍型,总群体单倍型(H_d)分别为0.8966(D-loop)和0.8990(Cytb),核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.0246(D-loop)和0.0498(Cytb),平均核苷酸差异数(K)分别为19.2857(D-loop)和40.7365(Cytb)。分子方差分析(AMOVA)结果表明,79.02%(D-loop)和81.69%(Cytb)变异来自群体间,20.98%(D-loop)和18.31%(Cytb)来自群体内。单倍型呈明显的地理差异,分成2个分支,一个以延吉群体为主,一个以法台群体为主。拉氏的遗传多样性水平较高,群体间遗传分化明显。该结果可为拉氏的种质资源保护提供参考。

  • 标签: 拉氏 D-LOOP CYT b 遗传多样性 遗传分化