简介:目的:对远志属3种药用植物进行分子鉴定。方法:利用PCR直接测序法对远志ITS序列进行测定,结合Genbank中远志、卵叶远志和瓜子金的ITS序列,经Clustalx比对后,用软件MEGA3.1计算了Kimura2-Parameter(K2P)距离,并构建了NJ(邻接)树。结果:远志属3种药用植物ITS1长度为269bp~271bp,ITS2长度为216bp~217bp,变异位点26个,信息位点1个;瓜子金与其他样品的遗传距离最大,卵叶远志与远志2个Genbank样品遗传距离最小。结论:ITS序列无法区别卵叶远志和远志,但可以作为瓜子金的分子鉴定依据。
简介:测定了盘桑2号、固桑2号、固桑lO号、圃桑14号、固桑6号、圃桑11号、圃桑12号等7个特殊桑树品种资源的ITS序列,长度均为576bp,A+T%=40.45[233],c+G%=59.55[343],其中114a,176c,167g,119t,无变异位点。最大简略法(MaximumParsimonyMethod,MP)分析亲缘关系,均分在一个分支,亲缘关系差异不大。用分子方法分析桑树品种的亲缘关系时,可先用ITS分析品种的大致的亲缘关系范围,再用RAPD、AFLP、SSR、ISSR等方法进行细分。
简介:目的:研究蜀葵与药蜀葵特征DNA序列的差异,为鉴定维吾尔药材蜀葵及药蜀葵提供依据。方法:采用试剂盒法提取蜀葵及药蜀葵基因组DNA,PCR扩增ITS2片段,双向测序,应用Mega6.0软件分析序列,计算种内及种间遗传距离,构建NJ鉴别树。结果:蜀葵ITS2序列长度为233bp,与药蜀葵231—232bp存在差异;蜀葵种内最大K2P遗传距离为0.004,药蜀葵种内K2P遗传距离为0,蜀葵与药蜀葵种间平均K2P遗传距离为0.0732;NJ树结果表明蜀葵与药蜀葵均单独聚为一支。结论:ITS2序列可用于维吾尔药材蜀葵真伪鉴定的DNA条形码,为保障临床正确用药提供了新的方法。
简介:采用PCR法扩增来自国内5个不同产地的裂叶荆芥ITS全序列,测序后以产自河北的裂叶荆芥代表中国裂叶荆芥与来自不同国家的裂叶荆芥ITS序列进行比较,构建分子系统发育树,探讨国内5个不同产地及不同国家的裂叶荆芥的亲缘关系和系统进化。结果表明:国内5个不同产地的裂叶荆芥ITS1和ITS2序列均有较高的G/C含量;5个产地的裂叶荆芥的扩增序列长度均为749bp,且序列完全相同;其中ITS1序列长231bp,5.8S序列长168bp,ITS2序列长236bp。中国裂叶荆芥与日本、韩国裂叶荆芥ITS序列一致性为100%,与美国裂叶荆芥ITS序列一致性为99.0%。与美国裂叶荆芥相比,中国裂叶荆芥ITS序列有7个碱基发生变异。来自不同国家的裂叶荆芥形成单系群和2个分支(中、日、韩3国为1个分支,美国单独形成1个分支)。ITS序列的一致性表明国内5个不同产地裂叶荆芥为同一个种。
简介:目的建立以分子生物学技术为基础的华支睾吸虫与扇棘单睾吸虫的ITS-2序列分析鉴别方法。方法在华支睾吸虫流行区采集华支睾吸虫和扇棘单睾吸虫成虫,从成虫虫体分离并收集虫卵。以蛔虫、鞭虫、钩虫、蛲虫做对照虫种,按不同虫种和虫卵数分成5个实验组,各组分别提取DNA,并扩增ITS-2序列,对扩增产物进行测序并作同源性分析以确保为目标片段,根据PCR扩增产物电泳获得的条带判定虫种。结果以华支睾吸虫和扇棘单睾吸虫虫卵DNA为模板的PCR产物电泳图谱分别在400bp、500bp左右各显示一条明显条带;在以两种虫卵DNA混合液为模板的PCR产物中,电泳图谱在400bp左右和500bp左右各显示明显条带。将测序得到的两种核苷酸序列进行Blast比对后,显示与GenBank中相应的华支睾吸虫和扇棘单睾吸虫序列高度同源。混入四种肠道线虫虫卵DNA的PCR产物中,除目的条带外,无其他条带。结论该方法可以对华支睾吸虫及扇棘单睾吸虫虫卵进行鉴别,且结果不受常见四种肠道线虫虫卵干扰,敏感性和特异性较高,可作为两虫种的鉴别检测方法。
简介:以采自浙江省丽水地区的7个鹅膏菌属菌株作为研究材料,在基于形态特征进行初步鉴定的基础上,对7种鹅膏菌的rDNAITS区段进行克隆测序和序列特征比较分析。进一步对ITS序列进行核酸序列数据库GenBank同源性检索比对,将从GenBank检索获得的9个最相似物种的ITS序列连同7种鹅膏菌的ITS序列一起作系统发育分析。结果表明:基于ITS序列对f6、丹和f493个菌株的分子鉴定支持了基于形态特征的鉴定结果,对巧的分子鉴定不支持形态鉴定的结果.琚为鹅膏菌属内某种,f66为鹅膏菌属内某种,并与Amanitafulva,A,atrofusca,A.orientifulva3种鹅膏菌的亲缘关系较近,f7与另外6种鹅膏菌的亲缘关系相差甚远。研究结果提示基于分子水平上的ITS序列分析不能单方面作为大型真菌分类鉴定的可靠依据,可以作为基于传统形态学分类鉴定的辅助参考依据。
简介:霜霉菌是一种在十字花科作物中寄主范围很广的专性寄生菌。本研究综合运用病菌形态学观察、病菌致病性测试和rDNA-ITS序列分析三种方法对北京地区的大白菜和甘蓝寄生霜霉菌进行比较,以期发现二者的进化关系。结果显示:两种病原菌在形态学上没有明显区别;但是对大白菜的致病力具有显著差异:大白菜霜霉菌对大多数参试的大白菜材料具有致病性,而甘蓝霜霉菌只是诱导大多数大白菜材料产生过敏反应,对个别易感大白菜材料具有较弱致病力;将rDNA—ITS序列提交至NCBI,大白菜和甘蓝霜霉菌的rDNA—ITS序列登录号分别为JF975613和JF975614,序列比对发现二者的序列一致性高达99.59%;利用19个十字花科霜霉病菌的ITS序列构建系统进化树,结果表明二者与寄生在甘蓝和甘蓝型油菜上的霜霉菌以100%的支持率聚在同一分支。
简介:【背景】植物根结线虫病是世界性分布的土传病害,常造成农作物的重大经济损失。目前分布于热带亚热带区域的象耳豆根结线虫,由于其致病性和分子特征以及与植物互作关系的独特性,被认为是一种对农作物具有潜在危害性的重要病原根结线虫,因而引起国内外植物寄生线虫学者的广泛关注。【方法】用形态学、同工酶技术和分子生物学技术相结合的方法,对从海南岛农作物上采集到的10个根结线虫纯化种群进行分类鉴定。【结果】象耳豆根结线虫在海南岛大面积栽培的10种农作物和南药植物,包括黄瓜、南瓜、苦瓜、丝瓜、葫芦瓜、辣椒、番石榴、海巴戟、沈香和丁香上均有寄生,其形态学、酯酶表型和mtDNA-PCR扩增产物均有别于常见的根结线虫种类;用引物18S和28S扩增象耳豆根结线虫种群的rDNA-ITS区序列,并对其进行克隆、测序和比对分析,结果表明,象耳豆根结线虫4HBJ种群分别与南方根结线虫、爪哇根结线虫和花生根结线虫的同源性均仅为88%左右。【结论与意义】本文准确鉴定了象耳豆根结线虫,首次阐述其对海南岛多种农作物的致害性;阐释了象耳豆根结线虫的形态和分子特征,并明确了其与3种常见根结线虫的系统发育关系。本研究对今后进一步开展象耳豆根结线虫的基础研究和防治工作具有重要参考价值。